Constructing Subgraphs in Graphein#

Graphein provides utilities for extracting various subgraphs. These are composable to enable selection of quite specific subsets.

We first start by constructing a graph with a bunch of different edge types. This will be the basis graph upon which all of the selections are made

Open In Colab

[1]:

# Install Graphein if necessary
# !pip install graphein
# Install DSSP if necessary
# !sudo apt-get install dssp (better for colab) OR !conda install -c salilab dssp

[2]:

import plotly.io as pio
pio.renderers.default

[2]:

'sphinx_gallery'

[3]:

from graphein.protein.config import ProteinGraphConfig
from graphein.protein.edges.distance import *
from graphein.protein.graphs import construct_graph

edge_fns = [
    add_aromatic_interactions,
    add_hydrophobic_interactions,
    add_aromatic_sulphur_interactions,
    add_cation_pi_interactions,
    add_disulfide_interactions,
    add_hydrogen_bond_interactions,
    add_ionic_interactions,
    add_peptide_bonds
    ]
config = ProteinGraphConfig(edge_construction_functions=edge_fns)

g = construct_graph(config=config, pdb_code="4hhb")

DEBUG:graphein.protein.graphs:Deprotonating protein. This removes H atoms from the pdb_df dataframe
DEBUG:graphein.protein.graphs:Detected 574 total nodes
DEBUG:graphein.protein.features.nodes.amino_acid:Reading meiler embeddings from: /Users/arianjamasb/github/graphein/graphein/protein/features/nodes/meiler_embeddings.csv
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found: 84 aromatic-aromatic interactions
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found 1284 hydrophobic interactions.
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found 6 disulfide interactions.
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found 208 hbond interactions.
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found 12 hbond interactions.
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found 4566 ionic interactions.

574

[4]:

from graphein.protein.visualisation import plotly_protein_structure_graph
plotly_protein_structure_graph(g, node_size_min=4, node_size_multiplier=2)

Subsetting with a list of nodes#

The simplest method of constructing a subgraph is when we already have a defined list of nodes that we wish to extract. The naming convention for nodes is:

CHAIN:RESIDUE_NAME:POSITION

e.g: A:ALA:110

We can use the extract_subgraph_from_node_list() function to achieve this.

extract_subgraph_from_node_list(
    g,
    node_list: Optional[List[str]],
    filter_dataframe: bool = True,
    inverse: bool = False,
    return_node_list: bool = False
)

  • Selections can be inverted with the inverse parameter

  • Whether or not we wish to filter the pdb_df dataframe associated with the graph (accessed via g.graph["pdb_df"]) is controlled by the filter_dataframe parameter

  • If we just wish to retrieve a list of nodes identified by the selection, instead of returning the subgraph itself we specify this with the return_node_list parameter.

This is the core subsetting function. The other subsetting functions described below are based on different methods for computing a list of nodes to subset the graph to. If you wish to implement a subsetting method not described here, you simply need to compute a list of node_ids and provide them to this function.

[5]:

from graphein.protein.subgraphs import extract_subgraph_from_node_list

NODE_LIST = ['B:LYS:82', 'B:GLY:83', 'B:THR:84', 'B:PHE:85', 'B:ALA:86', 'B:THR:87', 'B:LEU:88', 'B:SER:89', 'B:GLU:90', 'B:LEU:91', 'B:HIS:92', 'B:CYS:93', 'B:ASP:94', 'B:LYS:95', 'B:LEU:96', 'B:HIS:97', 'B:VAL:98', 'B:ASP:99', 'B:PRO:100', 'B:GLU:101', 'B:ASN:102', 'B:PHE:103', 'B:ARG:104', 'B:LEU:105', 'B:LEU:106', 'B:GLY:107', 'B:ASN:108', 'B:VAL:109', 'B:LEU:110', 'B:VAL:111', 'B:CYS:112', 'B:VAL:113', 'B:LEU:114', 'B:ALA:115', 'B:HIS:116', 'B:HIS:117', 'B:PHE:118', 'B:GLY:119', 'B:LYS:120', 'B:GLU:121', 'B:PHE:122', 'B:THR:123', 'B:PRO:124', 'B:PRO:125', 'B:VAL:126', 'B:GLN:127', 'B:ALA:128', 'B:ALA:129', 'B:TYR:130', 'B:GLN:131', 'B:LYS:132', 'B:VAL:133', 'B:VAL:134', 'B:ALA:135', 'B:GLY:136', 'B:VAL:137', 'B:ALA:138', 'B:ASN:139', 'B:ALA:140', 'B:LEU:141', 'B:ALA:142', 'B:HIS:143', 'B:LYS:144', 'B:TYR:145', 'B:HIS:146', 'C:VAL:1', 'C:LEU:2', 'C:SER:3', 'C:PRO:4', 'C:ALA:5', 'C:ASP:6', 'C:LYS:7', 'C:THR:8', 'C:ASN:9', 'C:VAL:10', 'C:LYS:11', 'C:ALA:12', 'C:ALA:13', 'C:TRP:14', 'C:GLY:15', 'C:LYS:16', 'C:VAL:17', 'C:GLY:18', 'C:ALA:19', 'C:HIS:20', 'C:ALA:21', 'C:GLY:22', 'C:GLU:23', 'C:TYR:24', 'C:GLY:25', 'C:ALA:26', 'C:GLU:27', 'C:ALA:28', 'C:LEU:29', 'C:GLU:30', 'C:ARG:31', 'C:MET:32', 'C:PHE:33', 'C:LEU:34', 'C:SER:35', 'C:PHE:36', 'C:PRO:37', 'C:THR:38', 'C:THR:39', 'C:LYS:40', 'C:THR:41', 'C:TYR:42', 'C:PHE:43', 'C:PRO:44', 'C:HIS:45', 'C:PHE:46', 'C:ASP:47', 'C:LEU:48', 'C:SER:49', 'C:HIS:50', 'C:GLY:51', 'C:SER:52', 'C:ALA:53', 'C:GLN:54', 'C:VAL:55', 'C:LYS:56', 'C:GLY:57', 'C:HIS:58', 'C:GLY:59', 'C:LYS:60', 'C:LYS:61', 'C:VAL:62', 'C:ALA:63', 'C:ASP:64', 'C:ALA:65', 'C:LEU:66', 'C:THR:67', 'C:ASN:68', 'C:ALA:69', 'C:VAL:70', 'C:ALA:71']

s_g = extract_subgraph_from_node_list(
    g,
    NODE_LIST
    )

# Test our extraction worked
for n in s_g.nodes():
    assert n in NODE_LIST

for n in NODE_LIST:
    assert n in g.nodes()

# Visualise the subgraph
plotly_protein_structure_graph(s_g, node_size_min=4, node_size_multiplier=2)

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['B:LYS:82', 'B:GLY:83', 'B:THR:84', 'B:PHE:85', 'B:ALA:86', 'B:THR:87', 'B:LEU:88', 'B:SER:89', 'B:GLU:90', 'B:LEU:91', 'B:HIS:92', 'B:CYS:93', 'B:ASP:94', 'B:LYS:95', 'B:LEU:96', 'B:HIS:97', 'B:VAL:98', 'B:ASP:99', 'B:PRO:100', 'B:GLU:101', 'B:ASN:102', 'B:PHE:103', 'B:ARG:104', 'B:LEU:105', 'B:LEU:106', 'B:GLY:107', 'B:ASN:108', 'B:VAL:109', 'B:LEU:110', 'B:VAL:111', 'B:CYS:112', 'B:VAL:113', 'B:LEU:114', 'B:ALA:115', 'B:HIS:116', 'B:HIS:117', 'B:PHE:118', 'B:GLY:119', 'B:LYS:120', 'B:GLU:121', 'B:PHE:122', 'B:THR:123', 'B:PRO:124', 'B:PRO:125', 'B:VAL:126', 'B:GLN:127', 'B:ALA:128', 'B:ALA:129', 'B:TYR:130', 'B:GLN:131', 'B:LYS:132', 'B:VAL:133', 'B:VAL:134', 'B:ALA:135', 'B:GLY:136', 'B:VAL:137', 'B:ALA:138', 'B:ASN:139', 'B:ALA:140', 'B:LEU:141', 'B:ALA:142', 'B:HIS:143', 'B:LYS:144', 'B:TYR:145', 'B:HIS:146', 'C:VAL:1', 'C:LEU:2', 'C:SER:3', 'C:PRO:4', 'C:ALA:5', 'C:ASP:6', 'C:LYS:7', 'C:THR:8', 'C:ASN:9', 'C:VAL:10', 'C:LYS:11', 'C:ALA:12', 'C:ALA:13', 'C:TRP:14', 'C:GLY:15', 'C:LYS:16', 'C:VAL:17', 'C:GLY:18', 'C:ALA:19', 'C:HIS:20', 'C:ALA:21', 'C:GLY:22', 'C:GLU:23', 'C:TYR:24', 'C:GLY:25', 'C:ALA:26', 'C:GLU:27', 'C:ALA:28', 'C:LEU:29', 'C:GLU:30', 'C:ARG:31', 'C:MET:32', 'C:PHE:33', 'C:LEU:34', 'C:SER:35', 'C:PHE:36', 'C:PRO:37', 'C:THR:38', 'C:THR:39', 'C:LYS:40', 'C:THR:41', 'C:TYR:42', 'C:PHE:43', 'C:PRO:44', 'C:HIS:45', 'C:PHE:46', 'C:ASP:47', 'C:LEU:48', 'C:SER:49', 'C:HIS:50', 'C:GLY:51', 'C:SER:52', 'C:ALA:53', 'C:GLN:54', 'C:VAL:55', 'C:LYS:56', 'C:GLY:57', 'C:HIS:58', 'C:GLY:59', 'C:LYS:60', 'C:LYS:61', 'C:VAL:62', 'C:ALA:63', 'C:ASP:64', 'C:ALA:65', 'C:LEU:66', 'C:THR:67', 'C:ASN:68', 'C:ALA:69', 'C:VAL:70', 'C:ALA:71'].

[6]:

# The associated dataframe is filtered to only include the remaining nodes by default.
# If this is not desired, set filter_dataframe=False
s_g.graph["pdb_df"]

[6]:
record_name atom_number blank_1 atom_name alt_loc residue_name blank_2 chain_id residue_number insertion ... y_coord z_coord occupancy b_factor blank_4 segment_id element_symbol charge line_idx node_id
222 ATOM 1689 CA LYS B 82 ... -20.862 8.452 1.0 24.25 C NaN 2572 B:LYS:82
223 ATOM 1698 CA GLY B 83 ... -23.724 10.746 1.0 41.64 C NaN 2581 B:GLY:83
224 ATOM 1702 CA THR B 84 ... -22.242 11.744 1.0 25.47 C NaN 2585 B:THR:84
225 ATOM 1709 CA PHE B 85 ... -18.963 12.749 1.0 21.59 C NaN 2592 B:PHE:85
226 ATOM 1720 CA ALA B 86 ... -20.242 13.948 1.0 23.14 C NaN 2603 B:ALA:86
... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
353 ATOM 2694 CA THR C 67 ... 16.119 9.983 1.0 15.27 C NaN 3577 C:THR:67
354 ATOM 2701 CA ASN C 68 ... 18.613 11.088 1.0 21.49 C NaN 3584 C:ASN:68
355 ATOM 2709 CA ALA C 69 ... 17.929 8.006 1.0 15.27 C NaN 3592 C:ALA:69
356 ATOM 2714 CA VAL C 70 ... 18.432 5.673 1.0 21.72 C NaN 3597 C:VAL:70
357 ATOM 2721 CA ALA C 71 ... 21.922 7.494 1.0 22.92 C NaN 3604 C:ALA:71

136 rows × 22 columns

[7]:

# Inversing the selection.
s_g = extract_subgraph_from_node_list(
    g,
    NODE_LIST,
    inverse=True
    )
plotly_protein_structure_graph(s_g, node_size_min=4, node_size_multiplier=2)

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['A:VAL:1', 'A:LEU:2', 'A:SER:3', 'A:PRO:4', 'A:ALA:5', 'A:ASP:6', 'A:LYS:7', 'A:THR:8', 'A:ASN:9', 'A:VAL:10', 'A:LYS:11', 'A:ALA:12', 'A:ALA:13', 'A:TRP:14', 'A:GLY:15', 'A:LYS:16', 'A:VAL:17', 'A:GLY:18', 'A:ALA:19', 'A:HIS:20', 'A:ALA:21', 'A:GLY:22', 'A:GLU:23', 'A:TYR:24', 'A:GLY:25', 'A:ALA:26', 'A:GLU:27', 'A:ALA:28', 'A:LEU:29', 'A:GLU:30', 'A:ARG:31', 'A:MET:32', 'A:PHE:33', 'A:LEU:34', 'A:SER:35', 'A:PHE:36', 'A:PRO:37', 'A:THR:38', 'A:THR:39', 'A:LYS:40', 'A:THR:41', 'A:TYR:42', 'A:PHE:43', 'A:PRO:44', 'A:HIS:45', 'A:PHE:46', 'A:ASP:47', 'A:LEU:48', 'A:SER:49', 'A:HIS:50', 'A:GLY:51', 'A:SER:52', 'A:ALA:53', 'A:GLN:54', 'A:VAL:55', 'A:LYS:56', 'A:GLY:57', 'A:HIS:58', 'A:GLY:59', 'A:LYS:60', 'A:LYS:61', 'A:VAL:62', 'A:ALA:63', 'A:ASP:64', 'A:ALA:65', 'A:LEU:66', 'A:THR:67', 'A:ASN:68', 'A:ALA:69', 'A:VAL:70', 'A:ALA:71', 'A:HIS:72', 'A:VAL:73', 'A:ASP:74', 'A:ASP:75', 'A:MET:76', 'A:PRO:77', 'A:ASN:78', 'A:ALA:79', 'A:LEU:80', 'A:SER:81', 'A:ALA:82', 'A:LEU:83', 'A:SER:84', 'A:ASP:85', 'A:LEU:86', 'A:HIS:87', 'A:ALA:88', 'A:HIS:89', 'A:LYS:90', 'A:LEU:91', 'A:ARG:92', 'A:VAL:93', 'A:ASP:94', 'A:PRO:95', 'A:VAL:96', 'A:ASN:97', 'A:PHE:98', 'A:LYS:99', 'A:LEU:100', 'A:LEU:101', 'A:SER:102', 'A:HIS:103', 'A:CYS:104', 'A:LEU:105', 'A:LEU:106', 'A:VAL:107', 'A:THR:108', 'A:LEU:109', 'A:ALA:110', 'A:ALA:111', 'A:HIS:112', 'A:LEU:113', 'A:PRO:114', 'A:ALA:115', 'A:GLU:116', 'A:PHE:117', 'A:THR:118', 'A:PRO:119', 'A:ALA:120', 'A:VAL:121', 'A:HIS:122', 'A:ALA:123', 'A:SER:124', 'A:LEU:125', 'A:ASP:126', 'A:LYS:127', 'A:PHE:128', 'A:LEU:129', 'A:ALA:130', 'A:SER:131', 'A:VAL:132', 'A:SER:133', 'A:THR:134', 'A:VAL:135', 'A:LEU:136', 'A:THR:137', 'A:SER:138', 'A:LYS:139', 'A:TYR:140', 'A:ARG:141', 'B:VAL:1', 'B:HIS:2', 'B:LEU:3', 'B:THR:4', 'B:PRO:5', 'B:GLU:6', 'B:GLU:7', 'B:LYS:8', 'B:SER:9', 'B:ALA:10', 'B:VAL:11', 'B:THR:12', 'B:ALA:13', 'B:LEU:14', 'B:TRP:15', 'B:GLY:16', 'B:LYS:17', 'B:VAL:18', 'B:ASN:19', 'B:VAL:20', 'B:ASP:21', 'B:GLU:22', 'B:VAL:23', 'B:GLY:24', 'B:GLY:25', 'B:GLU:26', 'B:ALA:27', 'B:LEU:28', 'B:GLY:29', 'B:ARG:30', 'B:LEU:31', 'B:LEU:32', 'B:VAL:33', 'B:VAL:34', 'B:TYR:35', 'B:PRO:36', 'B:TRP:37', 'B:THR:38', 'B:GLN:39', 'B:ARG:40', 'B:PHE:41', 'B:PHE:42', 'B:GLU:43', 'B:SER:44', 'B:PHE:45', 'B:GLY:46', 'B:ASP:47', 'B:LEU:48', 'B:SER:49', 'B:THR:50', 'B:PRO:51', 'B:ASP:52', 'B:ALA:53', 'B:VAL:54', 'B:MET:55', 'B:GLY:56', 'B:ASN:57', 'B:PRO:58', 'B:LYS:59', 'B:VAL:60', 'B:LYS:61', 'B:ALA:62', 'B:HIS:63', 'B:GLY:64', 'B:LYS:65', 'B:LYS:66', 'B:VAL:67', 'B:LEU:68', 'B:GLY:69', 'B:ALA:70', 'B:PHE:71', 'B:SER:72', 'B:ASP:73', 'B:GLY:74', 'B:LEU:75', 'B:ALA:76', 'B:HIS:77', 'B:LEU:78', 'B:ASP:79', 'B:ASN:80', 'B:LEU:81', 'C:HIS:72', 'C:VAL:73', 'C:ASP:74', 'C:ASP:75', 'C:MET:76', 'C:PRO:77', 'C:ASN:78', 'C:ALA:79', 'C:LEU:80', 'C:SER:81', 'C:ALA:82', 'C:LEU:83', 'C:SER:84', 'C:ASP:85', 'C:LEU:86', 'C:HIS:87', 'C:ALA:88', 'C:HIS:89', 'C:LYS:90', 'C:LEU:91', 'C:ARG:92', 'C:VAL:93', 'C:ASP:94', 'C:PRO:95', 'C:VAL:96', 'C:ASN:97', 'C:PHE:98', 'C:LYS:99', 'C:LEU:100', 'C:LEU:101', 'C:SER:102', 'C:HIS:103', 'C:CYS:104', 'C:LEU:105', 'C:LEU:106', 'C:VAL:107', 'C:THR:108', 'C:LEU:109', 'C:ALA:110', 'C:ALA:111', 'C:HIS:112', 'C:LEU:113', 'C:PRO:114', 'C:ALA:115', 'C:GLU:116', 'C:PHE:117', 'C:THR:118', 'C:PRO:119', 'C:ALA:120', 'C:VAL:121', 'C:HIS:122', 'C:ALA:123', 'C:SER:124', 'C:LEU:125', 'C:ASP:126', 'C:LYS:127', 'C:PHE:128', 'C:LEU:129', 'C:ALA:130', 'C:SER:131', 'C:VAL:132', 'C:SER:133', 'C:THR:134', 'C:VAL:135', 'C:LEU:136', 'C:THR:137', 'C:SER:138', 'C:LYS:139', 'C:TYR:140', 'C:ARG:141', 'D:VAL:1', 'D:HIS:2', 'D:LEU:3', 'D:THR:4', 'D:PRO:5', 'D:GLU:6', 'D:GLU:7', 'D:LYS:8', 'D:SER:9', 'D:ALA:10', 'D:VAL:11', 'D:THR:12', 'D:ALA:13', 'D:LEU:14', 'D:TRP:15', 'D:GLY:16', 'D:LYS:17', 'D:VAL:18', 'D:ASN:19', 'D:VAL:20', 'D:ASP:21', 'D:GLU:22', 'D:VAL:23', 'D:GLY:24', 'D:GLY:25', 'D:GLU:26', 'D:ALA:27', 'D:LEU:28', 'D:GLY:29', 'D:ARG:30', 'D:LEU:31', 'D:LEU:32', 'D:VAL:33', 'D:VAL:34', 'D:TYR:35', 'D:PRO:36', 'D:TRP:37', 'D:THR:38', 'D:GLN:39', 'D:ARG:40', 'D:PHE:41', 'D:PHE:42', 'D:GLU:43', 'D:SER:44', 'D:PHE:45', 'D:GLY:46', 'D:ASP:47', 'D:LEU:48', 'D:SER:49', 'D:THR:50', 'D:PRO:51', 'D:ASP:52', 'D:ALA:53', 'D:VAL:54', 'D:MET:55', 'D:GLY:56', 'D:ASN:57', 'D:PRO:58', 'D:LYS:59', 'D:VAL:60', 'D:LYS:61', 'D:ALA:62', 'D:HIS:63', 'D:GLY:64', 'D:LYS:65', 'D:LYS:66', 'D:VAL:67', 'D:LEU:68', 'D:GLY:69', 'D:ALA:70', 'D:PHE:71', 'D:SER:72', 'D:ASP:73', 'D:GLY:74', 'D:LEU:75', 'D:ALA:76', 'D:HIS:77', 'D:LEU:78', 'D:ASP:79', 'D:ASN:80', 'D:LEU:81', 'D:LYS:82', 'D:GLY:83', 'D:THR:84', 'D:PHE:85', 'D:ALA:86', 'D:THR:87', 'D:LEU:88', 'D:SER:89', 'D:GLU:90', 'D:LEU:91', 'D:HIS:92', 'D:CYS:93', 'D:ASP:94', 'D:LYS:95', 'D:LEU:96', 'D:HIS:97', 'D:VAL:98', 'D:ASP:99', 'D:PRO:100', 'D:GLU:101', 'D:ASN:102', 'D:PHE:103', 'D:ARG:104', 'D:LEU:105', 'D:LEU:106', 'D:GLY:107', 'D:ASN:108', 'D:VAL:109', 'D:LEU:110', 'D:VAL:111', 'D:CYS:112', 'D:VAL:113', 'D:LEU:114', 'D:ALA:115', 'D:HIS:116', 'D:HIS:117', 'D:PHE:118', 'D:GLY:119', 'D:LYS:120', 'D:GLU:121', 'D:PHE:122', 'D:THR:123', 'D:PRO:124', 'D:PRO:125', 'D:VAL:126', 'D:GLN:127', 'D:ALA:128', 'D:ALA:129', 'D:TYR:130', 'D:GLN:131', 'D:LYS:132', 'D:VAL:133', 'D:VAL:134', 'D:ALA:135', 'D:GLY:136', 'D:VAL:137', 'D:ALA:138', 'D:ASN:139', 'D:ALA:140', 'D:LEU:141', 'D:ALA:142', 'D:HIS:143', 'D:LYS:144', 'D:TYR:145', 'D:HIS:146'].

Spatial Subgraphing#

We can construct spatial subgraphs by specifying a central point and a radius. All nodes within that radius (euclidean distance) will be selected. This selection can be inversed as before.

Here we select all nodes within 20 \(\mathring A\) of the origin:

N.B. different proteins may use different co-ordinate spaces

[8]:

from graphein.protein.subgraphs import extract_subgraph_from_point

s_g = extract_subgraph_from_point(g, centre_point=(0, 0, 0), radius=20)

plotly_protein_structure_graph(s_g, node_size_min=4, node_size_multiplier=2)

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 177 nodes in the spatial point-radius subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['D:LEU:105', 'C:ARG:31', 'D:VAL:134', 'A:MET:32', 'B:TYR:145', 'C:HIS:87', 'C:THR:137', 'A:VAL:132', 'B:LEU:105', 'A:VAL:93', 'C:SER:35', 'A:PHE:98', 'C:THR:41', 'A:PRO:95', 'B:VAL:98', 'A:LEU:136', 'B:ASN:139', 'B:HIS:143', 'C:LEU:125', 'A:CYS:104', 'B:LEU:110', 'D:HIS:143', 'D:TYR:35', 'C:LEU:34', 'A:LEU:34', 'D:TRP:37', 'B:LEU:141', 'C:LEU:136', 'C:VAL:93', 'D:GLU:101', 'B:TYR:35', 'B:LEU:106', 'A:LEU:100', 'C:LEU:106', 'D:VAL:133', 'D:VAL:111', 'C:ARG:141', 'A:VAL:1', 'D:GLY:136', 'A:VAL:107', 'B:VAL:34', 'A:LYS:127', 'D:ALA:140', 'A:SER:102', 'C:THR:38', 'C:VAL:135', 'A:LEU:106', 'D:ALA:142', 'A:ASN:97', 'C:VAL:1', 'B:ALA:142', 'A:ALA:130', 'C:LEU:29', 'B:PRO:36', 'C:VAL:107', 'A:VAL:96', 'B:THR:38', 'B:VAL:133', 'D:LEU:106', 'A:ARG:141', 'A:ALA:88', 'C:PHE:128', 'C:ASP:94', 'D:LEU:31', 'D:TYR:145', 'C:THR:39', 'C:MET:32', 'B:TRP:37', 'A:ASP:126', 'A:TYR:42', 'D:VAL:34', 'A:LEU:125', 'A:PHE:33', 'C:THR:134', 'B:LYS:132', 'D:PHE:103', 'B:VAL:134', 'A:LYS:40', 'B:ALA:138', 'C:ALA:28', 'D:ASP:99', 'D:VAL:98', 'C:ALA:130', 'C:LYS:139', 'A:PHE:36', 'A:LYS:139', 'A:ASP:94', 'C:SER:133', 'C:ARG:92', 'B:ASP:99', 'D:LEU:110', 'A:THR:41', 'B:ASN:102', 'C:LEU:101', 'C:ASP:126', 'A:LEU:101', 'D:ASN:102', 'C:PHE:98', 'A:SER:138', 'A:TYR:140', 'A:LEU:105', 'C:PRO:37', 'B:GLY:107', 'A:HIS:87', 'D:THR:38', 'A:LEU:129', 'D:CYS:112', 'A:HIS:103', 'D:LEU:32', 'C:LYS:99', 'A:THR:38', 'A:SER:133', 'D:ARG:104', 'A:ARG:31', 'C:VAL:96', 'C:VAL:132', 'C:LEU:91', 'D:PRO:36', 'C:LEU:105', 'C:SER:102', 'A:THR:137', 'D:ASN:139', 'D:PRO:100', 'A:PRO:37', 'C:LYS:40', 'B:GLY:136', 'A:THR:39', 'B:GLU:101', 'A:ALA:123', 'C:PHE:33', 'D:LYS:132', 'D:ALA:138', 'B:ALA:135', 'A:SER:131', 'D:LEU:141', 'D:VAL:109', 'C:TYR:42', 'B:CYS:112', 'B:PHE:103', 'C:LEU:100', 'D:VAL:137', 'D:GLN:131', 'B:ALA:140', 'A:PHE:128', 'A:THR:134', 'B:VAL:111', 'C:PRO:95', 'B:ARG:104', 'C:ASN:97', 'B:PRO:100', 'C:TYR:140', 'A:LEU:91', 'C:ALA:88', 'A:LEU:29', 'B:VAL:137', 'C:SER:138', 'C:PHE:36', 'C:ALA:123', 'D:ALA:135', 'B:LEU:31', 'A:SER:35', 'A:ARG:92', 'B:VAL:109', 'D:GLY:107', 'D:ASN:108', 'D:ALA:128', 'B:ASN:108', 'C:SER:131', 'C:LYS:127', 'A:VAL:135', 'C:CYS:104', 'B:ALA:128', 'C:LEU:129', 'C:HIS:103', 'A:LYS:99', 'B:GLN:131', 'B:LEU:32'].

[9]:

# Again, we can inverse this selection
s_g = extract_subgraph_from_point(g, centre_point=(0, 0, 0), radius=20, inverse=True)
plotly_protein_structure_graph(s_g, node_size_min=4, node_size_multiplier=2)

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 177 nodes in the spatial point-radius subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['A:LEU:2', 'A:SER:3', 'A:PRO:4', 'A:ALA:5', 'A:ASP:6', 'A:LYS:7', 'A:THR:8', 'A:ASN:9', 'A:VAL:10', 'A:LYS:11', 'A:ALA:12', 'A:ALA:13', 'A:TRP:14', 'A:GLY:15', 'A:LYS:16', 'A:VAL:17', 'A:GLY:18', 'A:ALA:19', 'A:HIS:20', 'A:ALA:21', 'A:GLY:22', 'A:GLU:23', 'A:TYR:24', 'A:GLY:25', 'A:ALA:26', 'A:GLU:27', 'A:ALA:28', 'A:GLU:30', 'A:PHE:43', 'A:PRO:44', 'A:HIS:45', 'A:PHE:46', 'A:ASP:47', 'A:LEU:48', 'A:SER:49', 'A:HIS:50', 'A:GLY:51', 'A:SER:52', 'A:ALA:53', 'A:GLN:54', 'A:VAL:55', 'A:LYS:56', 'A:GLY:57', 'A:HIS:58', 'A:GLY:59', 'A:LYS:60', 'A:LYS:61', 'A:VAL:62', 'A:ALA:63', 'A:ASP:64', 'A:ALA:65', 'A:LEU:66', 'A:THR:67', 'A:ASN:68', 'A:ALA:69', 'A:VAL:70', 'A:ALA:71', 'A:HIS:72', 'A:VAL:73', 'A:ASP:74', 'A:ASP:75', 'A:MET:76', 'A:PRO:77', 'A:ASN:78', 'A:ALA:79', 'A:LEU:80', 'A:SER:81', 'A:ALA:82', 'A:LEU:83', 'A:SER:84', 'A:ASP:85', 'A:LEU:86', 'A:HIS:89', 'A:LYS:90', 'A:THR:108', 'A:LEU:109', 'A:ALA:110', 'A:ALA:111', 'A:HIS:112', 'A:LEU:113', 'A:PRO:114', 'A:ALA:115', 'A:GLU:116', 'A:PHE:117', 'A:THR:118', 'A:PRO:119', 'A:ALA:120', 'A:VAL:121', 'A:HIS:122', 'A:SER:124', 'B:VAL:1', 'B:HIS:2', 'B:LEU:3', 'B:THR:4', 'B:PRO:5', 'B:GLU:6', 'B:GLU:7', 'B:LYS:8', 'B:SER:9', 'B:ALA:10', 'B:VAL:11', 'B:THR:12', 'B:ALA:13', 'B:LEU:14', 'B:TRP:15', 'B:GLY:16', 'B:LYS:17', 'B:VAL:18', 'B:ASN:19', 'B:VAL:20', 'B:ASP:21', 'B:GLU:22', 'B:VAL:23', 'B:GLY:24', 'B:GLY:25', 'B:GLU:26', 'B:ALA:27', 'B:LEU:28', 'B:GLY:29', 'B:ARG:30', 'B:VAL:33', 'B:GLN:39', 'B:ARG:40', 'B:PHE:41', 'B:PHE:42', 'B:GLU:43', 'B:SER:44', 'B:PHE:45', 'B:GLY:46', 'B:ASP:47', 'B:LEU:48', 'B:SER:49', 'B:THR:50', 'B:PRO:51', 'B:ASP:52', 'B:ALA:53', 'B:VAL:54', 'B:MET:55', 'B:GLY:56', 'B:ASN:57', 'B:PRO:58', 'B:LYS:59', 'B:VAL:60', 'B:LYS:61', 'B:ALA:62', 'B:HIS:63', 'B:GLY:64', 'B:LYS:65', 'B:LYS:66', 'B:VAL:67', 'B:LEU:68', 'B:GLY:69', 'B:ALA:70', 'B:PHE:71', 'B:SER:72', 'B:ASP:73', 'B:GLY:74', 'B:LEU:75', 'B:ALA:76', 'B:HIS:77', 'B:LEU:78', 'B:ASP:79', 'B:ASN:80', 'B:LEU:81', 'B:LYS:82', 'B:GLY:83', 'B:THR:84', 'B:PHE:85', 'B:ALA:86', 'B:THR:87', 'B:LEU:88', 'B:SER:89', 'B:GLU:90', 'B:LEU:91', 'B:HIS:92', 'B:CYS:93', 'B:ASP:94', 'B:LYS:95', 'B:LEU:96', 'B:HIS:97', 'B:VAL:113', 'B:LEU:114', 'B:ALA:115', 'B:HIS:116', 'B:HIS:117', 'B:PHE:118', 'B:GLY:119', 'B:LYS:120', 'B:GLU:121', 'B:PHE:122', 'B:THR:123', 'B:PRO:124', 'B:PRO:125', 'B:VAL:126', 'B:GLN:127', 'B:ALA:129', 'B:TYR:130', 'B:LYS:144', 'B:HIS:146', 'C:LEU:2', 'C:SER:3', 'C:PRO:4', 'C:ALA:5', 'C:ASP:6', 'C:LYS:7', 'C:THR:8', 'C:ASN:9', 'C:VAL:10', 'C:LYS:11', 'C:ALA:12', 'C:ALA:13', 'C:TRP:14', 'C:GLY:15', 'C:LYS:16', 'C:VAL:17', 'C:GLY:18', 'C:ALA:19', 'C:HIS:20', 'C:ALA:21', 'C:GLY:22', 'C:GLU:23', 'C:TYR:24', 'C:GLY:25', 'C:ALA:26', 'C:GLU:27', 'C:GLU:30', 'C:PHE:43', 'C:PRO:44', 'C:HIS:45', 'C:PHE:46', 'C:ASP:47', 'C:LEU:48', 'C:SER:49', 'C:HIS:50', 'C:GLY:51', 'C:SER:52', 'C:ALA:53', 'C:GLN:54', 'C:VAL:55', 'C:LYS:56', 'C:GLY:57', 'C:HIS:58', 'C:GLY:59', 'C:LYS:60', 'C:LYS:61', 'C:VAL:62', 'C:ALA:63', 'C:ASP:64', 'C:ALA:65', 'C:LEU:66', 'C:THR:67', 'C:ASN:68', 'C:ALA:69', 'C:VAL:70', 'C:ALA:71', 'C:HIS:72', 'C:VAL:73', 'C:ASP:74', 'C:ASP:75', 'C:MET:76', 'C:PRO:77', 'C:ASN:78', 'C:ALA:79', 'C:LEU:80', 'C:SER:81', 'C:ALA:82', 'C:LEU:83', 'C:SER:84', 'C:ASP:85', 'C:LEU:86', 'C:HIS:89', 'C:LYS:90', 'C:THR:108', 'C:LEU:109', 'C:ALA:110', 'C:ALA:111', 'C:HIS:112', 'C:LEU:113', 'C:PRO:114', 'C:ALA:115', 'C:GLU:116', 'C:PHE:117', 'C:THR:118', 'C:PRO:119', 'C:ALA:120', 'C:VAL:121', 'C:HIS:122', 'C:SER:124', 'D:VAL:1', 'D:HIS:2', 'D:LEU:3', 'D:THR:4', 'D:PRO:5', 'D:GLU:6', 'D:GLU:7', 'D:LYS:8', 'D:SER:9', 'D:ALA:10', 'D:VAL:11', 'D:THR:12', 'D:ALA:13', 'D:LEU:14', 'D:TRP:15', 'D:GLY:16', 'D:LYS:17', 'D:VAL:18', 'D:ASN:19', 'D:VAL:20', 'D:ASP:21', 'D:GLU:22', 'D:VAL:23', 'D:GLY:24', 'D:GLY:25', 'D:GLU:26', 'D:ALA:27', 'D:LEU:28', 'D:GLY:29', 'D:ARG:30', 'D:VAL:33', 'D:GLN:39', 'D:ARG:40', 'D:PHE:41', 'D:PHE:42', 'D:GLU:43', 'D:SER:44', 'D:PHE:45', 'D:GLY:46', 'D:ASP:47', 'D:LEU:48', 'D:SER:49', 'D:THR:50', 'D:PRO:51', 'D:ASP:52', 'D:ALA:53', 'D:VAL:54', 'D:MET:55', 'D:GLY:56', 'D:ASN:57', 'D:PRO:58', 'D:LYS:59', 'D:VAL:60', 'D:LYS:61', 'D:ALA:62', 'D:HIS:63', 'D:GLY:64', 'D:LYS:65', 'D:LYS:66', 'D:VAL:67', 'D:LEU:68', 'D:GLY:69', 'D:ALA:70', 'D:PHE:71', 'D:SER:72', 'D:ASP:73', 'D:GLY:74', 'D:LEU:75', 'D:ALA:76', 'D:HIS:77', 'D:LEU:78', 'D:ASP:79', 'D:ASN:80', 'D:LEU:81', 'D:LYS:82', 'D:GLY:83', 'D:THR:84', 'D:PHE:85', 'D:ALA:86', 'D:THR:87', 'D:LEU:88', 'D:SER:89', 'D:GLU:90', 'D:LEU:91', 'D:HIS:92', 'D:CYS:93', 'D:ASP:94', 'D:LYS:95', 'D:LEU:96', 'D:HIS:97', 'D:VAL:113', 'D:LEU:114', 'D:ALA:115', 'D:HIS:116', 'D:HIS:117', 'D:PHE:118', 'D:GLY:119', 'D:LYS:120', 'D:GLU:121', 'D:PHE:122', 'D:THR:123', 'D:PRO:124', 'D:PRO:125', 'D:VAL:126', 'D:GLN:127', 'D:ALA:129', 'D:TYR:130', 'D:LYS:144', 'D:HIS:146'].

Subgraphing based on Residue Types#

[10]:

from graphein.protein.subgraphs import extract_subgraph_from_residue_types
residue_types = ["SER", "ALA", "GLY"]

s_g = extract_subgraph_from_residue_types(g, residue_types)
plotly_protein_structure_graph(s_g, colour_nodes_by="residue_name")

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 144 nodes in the residue type subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['B:ALA:10', 'A:ALA:79', 'B:ALA:53', 'C:ALA:115', 'C:GLY:22', 'C:SER:35', 'B:ALA:86', 'D:GLY:74', 'C:ALA:12', 'A:SER:49', 'C:GLY:51', 'C:ALA:69', 'B:SER:49', 'D:GLY:119', 'A:ALA:13', 'A:ALA:65', 'A:SER:52', 'D:ALA:53', 'C:ALA:82', 'D:GLY:136', 'B:ALA:115', 'D:GLY:25', 'A:ALA:120', 'A:ALA:69', 'D:ALA:140', 'A:SER:102', 'C:ALA:110', 'B:GLY:16', 'D:ALA:86', 'A:ALA:115', 'C:ALA:21', 'D:ALA:142', 'B:ALA:129', 'A:GLY:59', 'B:ALA:13', 'B:ALA:142', 'A:ALA:130', 'B:ALA:76', 'D:SER:9', 'A:ALA:12', 'B:GLY:25', 'C:ALA:5', 'C:ALA:71', 'A:ALA:88', 'B:ALA:70', 'A:GLY:51', 'B:GLY:74', 'C:ALA:53', 'D:GLY:16', 'C:SER:52', 'A:SER:124', 'B:GLY:83', 'B:GLY:69', 'D:SER:44', 'B:ALA:138', 'D:ALA:70', 'C:ALA:26', 'C:ALA:28', 'C:GLY:59', 'D:ALA:115', 'C:ALA:130', 'D:ALA:129', 'B:GLY:56', 'A:SER:81', 'C:SER:49', 'B:GLY:46', 'C:SER:133', 'D:ALA:62', 'D:GLY:29', 'A:GLY:25', 'A:ALA:110', 'A:ALA:19', 'D:ALA:13', 'C:GLY:15', 'A:GLY:57', 'A:SER:138', 'D:ALA:76', 'B:GLY:107', 'C:ALA:79', 'A:ALA:82', 'D:GLY:24', 'D:SER:49', 'D:SER:89', 'A:SER:133', 'C:SER:81', 'C:GLY:57', 'C:ALA:65', 'C:SER:84', 'A:GLY:15', 'A:GLY:18', 'B:GLY:29', 'C:SER:102', 'C:ALA:120', 'B:ALA:27', 'D:GLY:64', 'C:GLY:18', 'B:GLY:136', 'A:SER:3', 'A:ALA:123', 'B:GLY:24', 'A:ALA:26', 'C:ALA:63', 'D:ALA:138', 'D:GLY:56', 'A:GLY:22', 'A:ALA:71', 'D:GLY:83', 'C:ALA:19', 'B:ALA:135', 'A:SER:131', 'C:ALA:111', 'C:GLY:25', 'D:SER:72', 'D:ALA:10', 'A:ALA:28', 'C:SER:3', 'A:ALA:5', 'B:SER:9', 'A:SER:84', 'B:ALA:140', 'A:ALA:111', 'B:SER:89', 'C:ALA:13', 'A:ALA:53', 'D:ALA:27', 'B:GLY:119', 'C:ALA:88', 'B:SER:44', 'C:SER:138', 'B:ALA:62', 'C:ALA:123', 'A:ALA:63', 'D:ALA:135', 'A:SER:35', 'C:SER:124', 'D:GLY:107', 'D:ALA:128', 'C:SER:131', 'D:GLY:46', 'D:GLY:69', 'B:ALA:128', 'B:GLY:64', 'A:ALA:21', 'B:SER:72'].

[11]:

# Inverse the selection
s_g = extract_subgraph_from_residue_types(g, residue_types, inverse=True)
plotly_protein_structure_graph(s_g, colour_nodes_by="residue_name", node_size_min=4, node_size_multiplier=2)

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 144 nodes in the residue type subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['A:VAL:1', 'A:LEU:2', 'A:PRO:4', 'A:ASP:6', 'A:LYS:7', 'A:THR:8', 'A:ASN:9', 'A:VAL:10', 'A:LYS:11', 'A:TRP:14', 'A:LYS:16', 'A:VAL:17', 'A:HIS:20', 'A:GLU:23', 'A:TYR:24', 'A:GLU:27', 'A:LEU:29', 'A:GLU:30', 'A:ARG:31', 'A:MET:32', 'A:PHE:33', 'A:LEU:34', 'A:PHE:36', 'A:PRO:37', 'A:THR:38', 'A:THR:39', 'A:LYS:40', 'A:THR:41', 'A:TYR:42', 'A:PHE:43', 'A:PRO:44', 'A:HIS:45', 'A:PHE:46', 'A:ASP:47', 'A:LEU:48', 'A:HIS:50', 'A:GLN:54', 'A:VAL:55', 'A:LYS:56', 'A:HIS:58', 'A:LYS:60', 'A:LYS:61', 'A:VAL:62', 'A:ASP:64', 'A:LEU:66', 'A:THR:67', 'A:ASN:68', 'A:VAL:70', 'A:HIS:72', 'A:VAL:73', 'A:ASP:74', 'A:ASP:75', 'A:MET:76', 'A:PRO:77', 'A:ASN:78', 'A:LEU:80', 'A:LEU:83', 'A:ASP:85', 'A:LEU:86', 'A:HIS:87', 'A:HIS:89', 'A:LYS:90', 'A:LEU:91', 'A:ARG:92', 'A:VAL:93', 'A:ASP:94', 'A:PRO:95', 'A:VAL:96', 'A:ASN:97', 'A:PHE:98', 'A:LYS:99', 'A:LEU:100', 'A:LEU:101', 'A:HIS:103', 'A:CYS:104', 'A:LEU:105', 'A:LEU:106', 'A:VAL:107', 'A:THR:108', 'A:LEU:109', 'A:HIS:112', 'A:LEU:113', 'A:PRO:114', 'A:GLU:116', 'A:PHE:117', 'A:THR:118', 'A:PRO:119', 'A:VAL:121', 'A:HIS:122', 'A:LEU:125', 'A:ASP:126', 'A:LYS:127', 'A:PHE:128', 'A:LEU:129', 'A:VAL:132', 'A:THR:134', 'A:VAL:135', 'A:LEU:136', 'A:THR:137', 'A:LYS:139', 'A:TYR:140', 'A:ARG:141', 'B:VAL:1', 'B:HIS:2', 'B:LEU:3', 'B:THR:4', 'B:PRO:5', 'B:GLU:6', 'B:GLU:7', 'B:LYS:8', 'B:VAL:11', 'B:THR:12', 'B:LEU:14', 'B:TRP:15', 'B:LYS:17', 'B:VAL:18', 'B:ASN:19', 'B:VAL:20', 'B:ASP:21', 'B:GLU:22', 'B:VAL:23', 'B:GLU:26', 'B:LEU:28', 'B:ARG:30', 'B:LEU:31', 'B:LEU:32', 'B:VAL:33', 'B:VAL:34', 'B:TYR:35', 'B:PRO:36', 'B:TRP:37', 'B:THR:38', 'B:GLN:39', 'B:ARG:40', 'B:PHE:41', 'B:PHE:42', 'B:GLU:43', 'B:PHE:45', 'B:ASP:47', 'B:LEU:48', 'B:THR:50', 'B:PRO:51', 'B:ASP:52', 'B:VAL:54', 'B:MET:55', 'B:ASN:57', 'B:PRO:58', 'B:LYS:59', 'B:VAL:60', 'B:LYS:61', 'B:HIS:63', 'B:LYS:65', 'B:LYS:66', 'B:VAL:67', 'B:LEU:68', 'B:PHE:71', 'B:ASP:73', 'B:LEU:75', 'B:HIS:77', 'B:LEU:78', 'B:ASP:79', 'B:ASN:80', 'B:LEU:81', 'B:LYS:82', 'B:THR:84', 'B:PHE:85', 'B:THR:87', 'B:LEU:88', 'B:GLU:90', 'B:LEU:91', 'B:HIS:92', 'B:CYS:93', 'B:ASP:94', 'B:LYS:95', 'B:LEU:96', 'B:HIS:97', 'B:VAL:98', 'B:ASP:99', 'B:PRO:100', 'B:GLU:101', 'B:ASN:102', 'B:PHE:103', 'B:ARG:104', 'B:LEU:105', 'B:LEU:106', 'B:ASN:108', 'B:VAL:109', 'B:LEU:110', 'B:VAL:111', 'B:CYS:112', 'B:VAL:113', 'B:LEU:114', 'B:HIS:116', 'B:HIS:117', 'B:PHE:118', 'B:LYS:120', 'B:GLU:121', 'B:PHE:122', 'B:THR:123', 'B:PRO:124', 'B:PRO:125', 'B:VAL:126', 'B:GLN:127', 'B:TYR:130', 'B:GLN:131', 'B:LYS:132', 'B:VAL:133', 'B:VAL:134', 'B:VAL:137', 'B:ASN:139', 'B:LEU:141', 'B:HIS:143', 'B:LYS:144', 'B:TYR:145', 'B:HIS:146', 'C:VAL:1', 'C:LEU:2', 'C:PRO:4', 'C:ASP:6', 'C:LYS:7', 'C:THR:8', 'C:ASN:9', 'C:VAL:10', 'C:LYS:11', 'C:TRP:14', 'C:LYS:16', 'C:VAL:17', 'C:HIS:20', 'C:GLU:23', 'C:TYR:24', 'C:GLU:27', 'C:LEU:29', 'C:GLU:30', 'C:ARG:31', 'C:MET:32', 'C:PHE:33', 'C:LEU:34', 'C:PHE:36', 'C:PRO:37', 'C:THR:38', 'C:THR:39', 'C:LYS:40', 'C:THR:41', 'C:TYR:42', 'C:PHE:43', 'C:PRO:44', 'C:HIS:45', 'C:PHE:46', 'C:ASP:47', 'C:LEU:48', 'C:HIS:50', 'C:GLN:54', 'C:VAL:55', 'C:LYS:56', 'C:HIS:58', 'C:LYS:60', 'C:LYS:61', 'C:VAL:62', 'C:ASP:64', 'C:LEU:66', 'C:THR:67', 'C:ASN:68', 'C:VAL:70', 'C:HIS:72', 'C:VAL:73', 'C:ASP:74', 'C:ASP:75', 'C:MET:76', 'C:PRO:77', 'C:ASN:78', 'C:LEU:80', 'C:LEU:83', 'C:ASP:85', 'C:LEU:86', 'C:HIS:87', 'C:HIS:89', 'C:LYS:90', 'C:LEU:91', 'C:ARG:92', 'C:VAL:93', 'C:ASP:94', 'C:PRO:95', 'C:VAL:96', 'C:ASN:97', 'C:PHE:98', 'C:LYS:99', 'C:LEU:100', 'C:LEU:101', 'C:HIS:103', 'C:CYS:104', 'C:LEU:105', 'C:LEU:106', 'C:VAL:107', 'C:THR:108', 'C:LEU:109', 'C:HIS:112', 'C:LEU:113', 'C:PRO:114', 'C:GLU:116', 'C:PHE:117', 'C:THR:118', 'C:PRO:119', 'C:VAL:121', 'C:HIS:122', 'C:LEU:125', 'C:ASP:126', 'C:LYS:127', 'C:PHE:128', 'C:LEU:129', 'C:VAL:132', 'C:THR:134', 'C:VAL:135', 'C:LEU:136', 'C:THR:137', 'C:LYS:139', 'C:TYR:140', 'C:ARG:141', 'D:VAL:1', 'D:HIS:2', 'D:LEU:3', 'D:THR:4', 'D:PRO:5', 'D:GLU:6', 'D:GLU:7', 'D:LYS:8', 'D:VAL:11', 'D:THR:12', 'D:LEU:14', 'D:TRP:15', 'D:LYS:17', 'D:VAL:18', 'D:ASN:19', 'D:VAL:20', 'D:ASP:21', 'D:GLU:22', 'D:VAL:23', 'D:GLU:26', 'D:LEU:28', 'D:ARG:30', 'D:LEU:31', 'D:LEU:32', 'D:VAL:33', 'D:VAL:34', 'D:TYR:35', 'D:PRO:36', 'D:TRP:37', 'D:THR:38', 'D:GLN:39', 'D:ARG:40', 'D:PHE:41', 'D:PHE:42', 'D:GLU:43', 'D:PHE:45', 'D:ASP:47', 'D:LEU:48', 'D:THR:50', 'D:PRO:51', 'D:ASP:52', 'D:VAL:54', 'D:MET:55', 'D:ASN:57', 'D:PRO:58', 'D:LYS:59', 'D:VAL:60', 'D:LYS:61', 'D:HIS:63', 'D:LYS:65', 'D:LYS:66', 'D:VAL:67', 'D:LEU:68', 'D:PHE:71', 'D:ASP:73', 'D:LEU:75', 'D:HIS:77', 'D:LEU:78', 'D:ASP:79', 'D:ASN:80', 'D:LEU:81', 'D:LYS:82', 'D:THR:84', 'D:PHE:85', 'D:THR:87', 'D:LEU:88', 'D:GLU:90', 'D:LEU:91', 'D:HIS:92', 'D:CYS:93', 'D:ASP:94', 'D:LYS:95', 'D:LEU:96', 'D:HIS:97', 'D:VAL:98', 'D:ASP:99', 'D:PRO:100', 'D:GLU:101', 'D:ASN:102', 'D:PHE:103', 'D:ARG:104', 'D:LEU:105', 'D:LEU:106', 'D:ASN:108', 'D:VAL:109', 'D:LEU:110', 'D:VAL:111', 'D:CYS:112', 'D:VAL:113', 'D:LEU:114', 'D:HIS:116', 'D:HIS:117', 'D:PHE:118', 'D:LYS:120', 'D:GLU:121', 'D:PHE:122', 'D:THR:123', 'D:PRO:124', 'D:PRO:125', 'D:VAL:126', 'D:GLN:127', 'D:TYR:130', 'D:GLN:131', 'D:LYS:132', 'D:VAL:133', 'D:VAL:134', 'D:VAL:137', 'D:ASN:139', 'D:LEU:141', 'D:HIS:143', 'D:LYS:144', 'D:TYR:145', 'D:HIS:146'].

Subgraphing based on Chains#

We can extract graphs of individual chains in a complexed structure graph.

First, let’s recap what original protein looks like when coloured by chain:

[12]:

plotly_protein_structure_graph(g, colour_nodes_by="chain_id", node_size_min=20, node_size_multiplier=1)

And now we extract the subgraph:

[13]:

from graphein.protein.subgraphs import extract_subgraph_from_chains

s_g = extract_subgraph_from_chains(g, ["A", "B"])
plotly_protein_structure_graph(s_g, colour_nodes_by="chain_id", node_size_min=20, node_size_multiplier=1)

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 287 nodes in the chain subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['B:ALA:10', 'A:ALA:79', 'B:ALA:53', 'B:VAL:23', 'A:MET:32', 'B:TYR:145', 'B:PRO:58', 'A:ASN:9', 'A:VAL:132', 'A:VAL:93', 'B:PHE:45', 'B:HIS:92', 'B:ALA:86', 'B:LEU:105', 'A:PHE:98', 'A:PRO:95', 'B:VAL:98', 'A:LEU:136', 'A:LEU:48', 'B:ASN:139', 'B:LYS:8', 'B:VAL:126', 'B:HIS:116', 'A:CYS:104', 'A:ASP:47', 'B:HIS:143', 'B:LEU:110', 'A:SER:49', 'A:LEU:34', 'B:LEU:141', 'B:THR:50', 'A:PHE:43', 'A:LEU:80', 'B:PRO:5', 'B:LEU:28', 'B:GLU:6', 'B:TYR:35', 'B:THR:12', 'A:LEU:100', 'A:GLN:54', 'B:SER:49', 'B:ASP:73', 'B:LYS:95', 'A:ALA:13', 'A:ALA:65', 'A:SER:52', 'A:VAL:1', 'A:LYS:7', 'A:PRO:4', 'B:MET:55', 'B:VAL:67', 'A:HIS:58', 'A:LEU:109', 'B:ALA:115', 'B:PHE:41', 'A:VAL:107', 'A:ALA:120', 'B:VAL:34', 'A:LYS:56', 'A:ALA:69', 'A:LYS:127', 'B:PHE:85', 'A:SER:102', 'B:GLY:16', 'B:VAL:20', 'A:ALA:115', 'B:HIS:117', 'A:LEU:106', 'A:ASN:97', 'B:ALA:129', 'A:GLY:59', 'B:ALA:13', 'B:PHE:71', 'B:ALA:142', 'A:ALA:130', 'B:PRO:36', 'B:ALA:76', 'B:ALA:140', 'A:ALA:12', 'B:VAL:33', 'B:GLY:25', 'A:VAL:96', 'B:THR:38', 'B:HIS:77', 'B:VAL:133', 'A:ARG:141', 'B:GLN:39', 'A:ALA:88', 'B:LEU:96', 'A:PHE:117', 'A:LEU:83', 'A:VAL:121', 'A:GLY:51', 'B:ASP:52', 'B:VAL:60', 'B:ALA:70', 'B:GLY:74', 'B:TRP:15', 'A:MET:76', 'A:SER:124', 'B:CYS:93', 'B:TRP:37', 'A:ASP:126', 'A:TYR:42', 'B:VAL:113', 'A:ASN:78', 'B:GLU:43', 'B:GLY:83', 'B:LYS:17', 'B:LEU:68', 'A:LEU:2', 'A:LEU:125', 'A:PHE:33', 'B:PHE:42', 'B:ASP:21', 'B:GLY:69', 'B:ASN:80', 'B:TYR:130', 'B:LYS:132', 'A:LEU:66', 'A:ASP:75', 'A:LYS:40', 'B:VAL:134', 'B:ALA:138', 'A:LYS:11', 'A:HIS:72', 'B:ARG:30', 'B:LYS:61', 'B:HIS:97', 'B:GLY:56', 'A:PHE:36', 'B:LEU:75', 'A:LYS:139', 'A:SER:81', 'A:ASP:94', 'B:GLY:46', 'B:ASP:99', 'B:PHE:122', 'B:PHE:118', 'A:PRO:114', 'A:LYS:61', 'A:HIS:89', 'B:PRO:124', 'B:LEU:81', 'A:GLY:25', 'A:THR:41', 'A:VAL:62', 'A:LEU:113', 'A:ALA:110', 'A:ALA:19', 'B:HIS:146', 'A:GLU:27', 'B:ASN:102', 'A:LEU:101', 'A:GLY:57', 'B:HIS:2', 'A:SER:138', 'A:TYR:140', 'A:ASP:74', 'B:VAL:18', 'A:LEU:105', 'B:LYS:82', 'B:GLY:107', 'A:HIS:87', 'A:ALA:82', 'A:LEU:129', 'B:LYS:66', 'A:PRO:119', 'A:HIS:20', 'A:ASP:64', 'A:HIS:103', 'B:ASP:47', 'A:PRO:77', 'A:THR:38', 'A:SER:133', 'B:THR:87', 'B:GLN:127', 'A:ARG:31', 'A:GLY:15', 'A:GLY:18', 'B:GLY:29', 'B:ARG:40', 'A:THR:137', 'B:ALA:27', 'A:VAL:17', 'B:LEU:88', 'B:LEU:14', 'A:VAL:73', 'A:PRO:37', 'A:THR:67', 'B:GLY:136', 'A:SER:3', 'A:THR:39', 'A:GLU:116', 'A:ALA:123', 'A:ALA:26', 'B:GLY:24', 'B:GLU:26', 'B:GLU:101', 'A:HIS:112', 'A:THR:118', 'B:THR:123', 'A:GLY:22', 'A:ALA:71', 'A:LYS:60', 'B:LEU:3', 'B:ALA:135', 'A:PRO:44', 'A:SER:131', 'A:ASP:6', 'B:LEU:48', 'A:ALA:28', 'B:CYS:112', 'B:PHE:103', 'A:LYS:16', 'A:ALA:5', 'A:LYS:90', 'A:PHE:46', 'A:HIS:45', 'B:GLU:7', 'B:SER:9', 'B:ASN:19', 'A:SER:84', 'B:VAL:54', 'B:ASN:57', 'A:ALA:111', 'A:PHE:128', 'A:THR:134', 'B:ASP:79', 'B:SER:89', 'A:VAL:55', 'B:LEU:91', 'B:PRO:100', 'B:ARG:104', 'A:ALA:53', 'B:VAL:111', 'B:ASP:94', 'B:GLY:119', 'A:LEU:91', 'A:THR:8', 'B:SER:44', 'A:LEU:29', 'B:VAL:137', 'B:PRO:125', 'A:VAL:70', 'A:LEU:86', 'B:LEU:32', 'B:LEU:78', 'A:HIS:50', 'B:ALA:62', 'A:TRP:14', 'A:ALA:63', 'B:VAL:11', 'B:LEU:106', 'B:GLU:90', 'A:THR:108', 'B:GLU:121', 'B:THR:4', 'B:LEU:31', 'A:SER:35', 'A:GLU:30', 'A:ARG:92', 'B:VAL:109', 'B:LYS:65', 'A:VAL:10', 'B:ASN:108', 'B:GLU:22', 'A:HIS:122', 'A:ASN:68', 'B:LYS:144', 'B:THR:84', 'A:VAL:135', 'B:LYS:120', 'B:ALA:128', 'B:GLY:64', 'A:TYR:24', 'B:HIS:63', 'B:PRO:51', 'B:VAL:1', 'B:LEU:114', 'A:LYS:99', 'B:GLN:131', 'A:ASP:85', 'A:ALA:21', 'A:GLU:23', 'B:LYS:59', 'B:SER:72'].

Subgraphing to Protein Surface#

This can be achieved with extract_subgraph_from_atom_types(). Here, we require a graph with the Relative Solvent Accessibility (RSA, computed by DSSP) feature. One can define a threshold value of RSA, above which a residue will be considered accessible/on the surface.

[14]:

from graphein.protein.config import DSSPConfig
from graphein.protein.subgraphs import extract_surface_subgraph
from graphein.protein.features.nodes import rsa

config = ProteinGraphConfig(edge_construction_functions=edge_fns, graph_metadata_functions=[rsa], dssp_config=DSSPConfig())
graph_with_rsa = construct_graph(pdb_code="4hhb", config=config)

RSA_THRESHOLD = 0.2

s_g = extract_surface_subgraph(graph_with_rsa, RSA_THRESHOLD)
plotly_protein_structure_graph(s_g, colour_nodes_by="chain_id", node_size_min=20, node_size_multiplier=1)

DEBUG:graphein.protein.graphs:Deprotonating protein. This removes H atoms from the pdb_df dataframe
DEBUG:graphein.protein.graphs:Detected 574 total nodes
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found: 84 aromatic-aromatic interactions
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found 1284 hydrophobic interactions.
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found 6 disulfide interactions.
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found 208 hbond interactions.
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found 12 hbond interactions.
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found 4566 ionic interactions.

574
Downloading PDB structure '4hhb'...

INFO:graphein.protein.utils:Downloaded PDB file for: 4hhb
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 294 nodes in the surface subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['B:ALA:10', 'D:LYS:82', 'A:ALA:79', 'C:ALA:115', 'C:HIS:87', 'C:THR:137', 'B:PRO:58', 'A:ASN:9', 'B:HIS:92', 'C:LYS:11', 'A:PRO:95', 'C:ALA:12', 'A:LEU:48', 'B:ASN:139', 'B:LYS:8', 'B:HIS:143', 'B:HIS:116', 'D:THR:4', 'A:ASP:47', 'D:HIS:143', 'A:SER:49', 'C:LEU:34', 'A:LEU:34', 'D:HIS:146', 'D:LYS:65', 'C:GLY:51', 'C:ASP:75', 'B:THR:50', 'B:PRO:5', 'D:VAL:20', 'B:LEU:106', 'D:GLU:101', 'B:GLU:6', 'B:LYS:95', 'B:THR:12', 'A:LEU:100', 'A:GLN:54', 'B:SER:49', 'B:ASP:73', 'C:HIS:20', 'D:LYS:17', 'D:PRO:51', 'C:ASP:74', 'D:ARG:40', 'A:ALA:65', 'D:ASP:94', 'C:ARG:141', 'D:PRO:5', 'A:VAL:1', 'A:LYS:7', 'A:PRO:4', 'B:MET:55', 'B:VAL:67', 'A:HIS:58', 'C:ALA:82', 'D:PRO:58', 'B:PHE:41', 'A:ALA:120', 'D:LEU:96', 'A:LYS:56', 'C:LEU:83', 'C:ASP:47', 'D:ALA:86', 'B:GLY:16', 'B:VAL:20', 'A:ALA:115', 'C:THR:38', 'B:HIS:117', 'D:ALA:142', 'D:ASN:80', 'C:VAL:1', 'B:ALA:142', 'B:ALA:13', 'A:ALA:130', 'B:PRO:36', 'B:ALA:76', 'D:THR:87', 'D:SER:9', 'D:GLU:121', 'D:THR:123', 'A:ALA:12', 'A:GLU:23', 'A:VAL:96', 'C:ALA:5', 'B:HIS:77', 'C:ALA:71', 'D:LEU:106', 'A:ARG:141', 'D:LYS:61', 'D:HIS:77', 'B:LEU:96', 'C:PRO:44', 'C:PRO:114', 'A:LEU:83', 'B:ASP:52', 'A:GLY:51', 'B:ALA:70', 'C:ALA:53', 'D:GLY:16', 'D:ASP:47', 'A:ASN:78', 'C:HIS:112', 'B:GLU:43', 'B:GLY:83', 'B:LYS:17', 'D:LYS:8', 'B:GLY:69', 'B:ASN:80', 'B:ASP:21', 'D:THR:12', 'C:THR:134', 'B:LYS:132', 'C:THR:118', 'D:HIS:2', 'D:SER:44', 'A:ASP:75', 'A:LYS:40', 'C:LYS:7', 'C:HIS:45', 'A:LYS:11', 'A:HIS:72', 'D:ALA:70', 'C:PRO:77', 'C:ALA:130', 'B:LYS:61', 'C:GLN:54', 'B:HIS:97', 'B:GLY:56', 'C:LYS:139', 'A:LYS:139', 'A:SER:81', 'C:SER:49', 'B:GLY:46', 'D:ALA:62', 'C:LYS:61', 'C:PRO:4', 'A:PRO:114', 'C:LEU:48', 'C:LYS:16', 'A:HIS:89', 'A:LYS:61', 'D:HIS:97', 'D:GLU:43', 'A:ALA:19', 'D:ALA:13', 'B:HIS:146', 'C:GLY:15', 'C:LEU:101', 'A:LEU:101', 'A:GLY:57', 'B:HIS:2', 'A:SER:138', 'D:ALA:76', 'D:LYS:59', 'A:ASP:74', 'B:LYS:82', 'C:PRO:37', 'C:ALA:79', 'A:HIS:87', 'A:ALA:82', 'B:LYS:66', 'D:MET:55', 'D:SER:49', 'D:GLU:90', 'A:HIS:20', 'A:ASP:64', 'B:ASP:47', 'C:HIS:50', 'C:LYS:99', 'D:GLU:6', 'A:PRO:77', 'C:ASP:85', 'A:THR:38', 'B:THR:87', 'C:ASN:68', 'C:SER:81', 'C:GLY:57', 'C:ALA:65', 'D:ARG:104', 'A:GLY:15', 'C:VAL:96', 'D:LYS:95', 'C:LEU:91', 'A:GLY:18', 'D:PRO:36', 'B:ARG:40', 'A:THR:137', 'C:ALA:120', 'D:ASN:139', 'D:LYS:144', 'B:LEU:88', 'D:ASP:73', 'D:THR:84', 'C:GLY:18', 'A:PRO:37', 'C:LYS:40', 'A:THR:67', 'D:LYS:132', 'A:SER:3', 'C:LEU:86', 'D:GLY:56', 'A:HIS:112', 'A:THR:118', 'B:THR:123', 'D:GLU:22', 'D:THR:50', 'A:GLY:22', 'A:ALA:71', 'A:LYS:60', 'C:ALA:19', 'B:ALA:135', 'A:PRO:44', 'C:GLU:116', 'A:SER:131', 'D:SER:72', 'D:GLY:83', 'D:ALA:10', 'A:LYS:16', 'C:SER:3', 'C:LYS:56', 'C:ASN:9', 'A:ALA:5', 'A:LYS:90', 'A:PHE:46', 'A:HIS:45', 'B:ASN:19', 'B:SER:9', 'D:PHE:41', 'B:ASP:79', 'D:LEU:91', 'D:LYS:120', 'A:THR:134', 'C:PRO:95', 'B:ARG:104', 'B:LEU:91', 'C:THR:67', 'A:ALA:53', 'D:LYS:66', 'B:ASP:94', 'B:GLY:119', 'A:LEU:91', 'A:THR:8', 'B:SER:44', 'D:GLU:26', 'D:HIS:117', 'D:VAL:1', 'C:SER:138', 'B:PRO:125', 'A:LEU:86', 'C:HIS:72', 'C:VAL:62', 'A:HIS:50', 'D:VAL:67', 'B:ALA:62', 'D:ASN:19', 'C:HIS:58', 'D:ASP:52', 'B:GLU:90', 'B:GLU:121', 'B:THR:4', 'D:ALA:135', 'C:LYS:90', 'D:LEU:88', 'A:GLU:30', 'C:HIS:89', 'D:ASN:108', 'B:LYS:65', 'B:ASN:108', 'C:SER:131', 'B:GLU:22', 'D:GLY:46', 'D:HIS:63', 'A:ASN:68', 'D:GLY:69', 'B:LYS:144', 'C:GLU:23', 'C:LYS:60', 'B:THR:84', 'D:ASP:21', 'D:ASP:79', 'B:LYS:120', 'C:ASN:78', 'B:HIS:63', 'B:PRO:51', 'B:VAL:1', 'D:HIS:92', 'A:LYS:99', 'C:THR:8', 'A:ASP:85', 'D:PRO:125', 'A:GLU:116', 'B:LYS:59', 'B:SER:72', 'C:ASP:64'].

Equally, this selection can be inverted to obtain the non-solvent accessible subgraph

[15]:

s_g = extract_surface_subgraph(graph_with_rsa, RSA_THRESHOLD, inverse=True)
plotly_protein_structure_graph(s_g, colour_nodes_by="chain_id", node_size_min=20, node_size_multiplier=1)

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 294 nodes in the surface subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['A:LEU:2', 'A:ASP:6', 'A:VAL:10', 'A:ALA:13', 'A:TRP:14', 'A:VAL:17', 'A:ALA:21', 'A:TYR:24', 'A:GLY:25', 'A:ALA:26', 'A:GLU:27', 'A:ALA:28', 'A:LEU:29', 'A:ARG:31', 'A:MET:32', 'A:PHE:33', 'A:SER:35', 'A:PHE:36', 'A:THR:39', 'A:THR:41', 'A:TYR:42', 'A:PHE:43', 'A:SER:52', 'A:VAL:55', 'A:GLY:59', 'A:VAL:62', 'A:ALA:63', 'A:LEU:66', 'A:ALA:69', 'A:VAL:70', 'A:VAL:73', 'A:MET:76', 'A:LEU:80', 'A:SER:84', 'A:ALA:88', 'A:ARG:92', 'A:VAL:93', 'A:ASP:94', 'A:ASN:97', 'A:PHE:98', 'A:SER:102', 'A:HIS:103', 'A:CYS:104', 'A:LEU:105', 'A:LEU:106', 'A:VAL:107', 'A:THR:108', 'A:LEU:109', 'A:ALA:110', 'A:ALA:111', 'A:LEU:113', 'A:PHE:117', 'A:PRO:119', 'A:VAL:121', 'A:HIS:122', 'A:ALA:123', 'A:SER:124', 'A:LEU:125', 'A:ASP:126', 'A:LYS:127', 'A:PHE:128', 'A:LEU:129', 'A:VAL:132', 'A:SER:133', 'A:VAL:135', 'A:LEU:136', 'A:TYR:140', 'B:LEU:3', 'B:GLU:7', 'B:VAL:11', 'B:LEU:14', 'B:TRP:15', 'B:VAL:18', 'B:VAL:23', 'B:GLY:24', 'B:GLY:25', 'B:GLU:26', 'B:ALA:27', 'B:LEU:28', 'B:GLY:29', 'B:ARG:30', 'B:LEU:31', 'B:LEU:32', 'B:VAL:33', 'B:VAL:34', 'B:TYR:35', 'B:TRP:37', 'B:THR:38', 'B:GLN:39', 'B:PHE:42', 'B:PHE:45', 'B:LEU:48', 'B:ALA:53', 'B:VAL:54', 'B:ASN:57', 'B:VAL:60', 'B:GLY:64', 'B:LEU:68', 'B:PHE:71', 'B:GLY:74', 'B:LEU:75', 'B:LEU:78', 'B:LEU:81', 'B:PHE:85', 'B:ALA:86', 'B:SER:89', 'B:CYS:93', 'B:VAL:98', 'B:ASP:99', 'B:PRO:100', 'B:GLU:101', 'B:ASN:102', 'B:PHE:103', 'B:LEU:105', 'B:GLY:107', 'B:VAL:109', 'B:LEU:110', 'B:VAL:111', 'B:CYS:112', 'B:VAL:113', 'B:LEU:114', 'B:ALA:115', 'B:PHE:118', 'B:PHE:122', 'B:PRO:124', 'B:VAL:126', 'B:GLN:127', 'B:ALA:128', 'B:ALA:129', 'B:TYR:130', 'B:GLN:131', 'B:VAL:133', 'B:VAL:134', 'B:GLY:136', 'B:VAL:137', 'B:ALA:138', 'B:ALA:140', 'B:LEU:141', 'B:TYR:145', 'C:LEU:2', 'C:ASP:6', 'C:VAL:10', 'C:ALA:13', 'C:TRP:14', 'C:VAL:17', 'C:ALA:21', 'C:GLY:22', 'C:TYR:24', 'C:GLY:25', 'C:ALA:26', 'C:GLU:27', 'C:ALA:28', 'C:LEU:29', 'C:GLU:30', 'C:ARG:31', 'C:MET:32', 'C:PHE:33', 'C:SER:35', 'C:PHE:36', 'C:THR:39', 'C:THR:41', 'C:TYR:42', 'C:PHE:43', 'C:PHE:46', 'C:SER:52', 'C:VAL:55', 'C:GLY:59', 'C:ALA:63', 'C:LEU:66', 'C:ALA:69', 'C:VAL:70', 'C:VAL:73', 'C:MET:76', 'C:LEU:80', 'C:SER:84', 'C:ALA:88', 'C:ARG:92', 'C:VAL:93', 'C:ASP:94', 'C:ASN:97', 'C:PHE:98', 'C:LEU:100', 'C:SER:102', 'C:HIS:103', 'C:CYS:104', 'C:LEU:105', 'C:LEU:106', 'C:VAL:107', 'C:THR:108', 'C:LEU:109', 'C:ALA:110', 'C:ALA:111', 'C:LEU:113', 'C:PHE:117', 'C:PRO:119', 'C:VAL:121', 'C:HIS:122', 'C:ALA:123', 'C:SER:124', 'C:LEU:125', 'C:ASP:126', 'C:LYS:127', 'C:PHE:128', 'C:LEU:129', 'C:VAL:132', 'C:SER:133', 'C:VAL:135', 'C:LEU:136', 'C:TYR:140', 'D:LEU:3', 'D:GLU:7', 'D:VAL:11', 'D:LEU:14', 'D:TRP:15', 'D:VAL:18', 'D:VAL:23', 'D:GLY:24', 'D:GLY:25', 'D:ALA:27', 'D:LEU:28', 'D:GLY:29', 'D:ARG:30', 'D:LEU:31', 'D:LEU:32', 'D:VAL:33', 'D:VAL:34', 'D:TYR:35', 'D:TRP:37', 'D:THR:38', 'D:GLN:39', 'D:PHE:42', 'D:PHE:45', 'D:LEU:48', 'D:ALA:53', 'D:VAL:54', 'D:ASN:57', 'D:VAL:60', 'D:GLY:64', 'D:LEU:68', 'D:PHE:71', 'D:GLY:74', 'D:LEU:75', 'D:LEU:78', 'D:LEU:81', 'D:PHE:85', 'D:SER:89', 'D:CYS:93', 'D:VAL:98', 'D:ASP:99', 'D:PRO:100', 'D:ASN:102', 'D:PHE:103', 'D:LEU:105', 'D:GLY:107', 'D:VAL:109', 'D:LEU:110', 'D:VAL:111', 'D:CYS:112', 'D:VAL:113', 'D:LEU:114', 'D:ALA:115', 'D:HIS:116', 'D:PHE:118', 'D:GLY:119', 'D:PHE:122', 'D:PRO:124', 'D:VAL:126', 'D:GLN:127', 'D:ALA:128', 'D:ALA:129', 'D:TYR:130', 'D:GLN:131', 'D:VAL:133', 'D:VAL:134', 'D:GLY:136', 'D:VAL:137', 'D:ALA:138', 'D:ALA:140', 'D:LEU:141', 'D:TYR:145'].

Subgraphing based on Secondary Structure#

We extract subgraphs based on selections of secondary structure elements using: extract_subgraph_from_secondary_structure(). This requires a graph with node-level secondary structure assignments computed by DSSP.

Assignments produced by DSSP: * H: Alpha helix (4-12) * B: Isolated beta-bridge residue * E: Strand * G: 3-10 helix * I: Pi helix * T: Turn * S: Bend * -: None

[16]:

from graphein.protein.features.nodes import secondary_structure
from graphein.protein.subgraphs import extract_subgraph_from_secondary_structure


config = ProteinGraphConfig(edge_construction_functions=edge_fns, graph_metadata_functions=[secondary_structure], dssp_config=DSSPConfig())
graph_with_ss = construct_graph(pdb_code="4hhb", config=config)

VALID_SS = ["H"] # Coresponds to Helix.

s_g = extract_subgraph_from_secondary_structure(graph_with_ss, VALID_SS)
plotly_protein_structure_graph(s_g, colour_nodes_by="residue_number", node_size_min=20, node_size_multiplier=1)

DEBUG:graphein.protein.graphs:Deprotonating protein. This removes H atoms from the pdb_df dataframe
DEBUG:graphein.protein.graphs:Detected 574 total nodes
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found: 84 aromatic-aromatic interactions
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found 1284 hydrophobic interactions.
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found 6 disulfide interactions.
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found 208 hbond interactions.
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found 12 hbond interactions.
INFO:graphein.protein.edges.distance:Found 4566 ionic interactions.

574
Downloading PDB structure '4hhb'...

INFO:graphein.protein.utils:Downloaded PDB file for: 4hhb
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 379 nodes in the secondary structure subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['A:ALA:79', 'B:VAL:23', 'D:PHE:85', 'B:LEU:105', 'C:SER:35', 'B:ALA:86', 'A:PHE:98', 'C:LEU:106', 'A:GLN:54', 'B:ASP:73', 'C:ASP:6', 'B:VAL:67', 'A:LEU:109', 'B:ALA:115', 'A:ALA:69', 'B:PHE:85', 'C:VAL:135', 'B:HIS:117', 'A:LEU:106', 'A:GLY:59', 'D:SER:9', 'B:GLY:25', 'B:VAL:133', 'D:LYS:61', 'C:PHE:128', 'A:LEU:83', 'B:ALA:70', 'A:MET:76', 'C:MET:32', 'B:VAL:113', 'C:THR:134', 'B:LYS:132', 'C:LYS:7', 'A:LYS:11', 'D:ALA:70', 'C:ALA:28', 'C:GLN:54', 'B:LEU:75', 'A:SER:81', 'C:SER:133', 'C:TRP:14', 'A:LYS:61', 'B:LEU:81', 'D:LEU:110', 'A:VAL:62', 'B:ASN:102', 'D:LYS:59', 'B:GLY:107', 'A:ALA:82', 'C:ASP:85', 'C:ASN:68', 'D:LEU:68', 'B:GLY:29', 'D:GLY:64', 'A:VAL:17', 'B:LEU:88', 'D:THR:84', 'D:LYS:132', 'C:PHE:33', 'A:ALA:123', 'A:ALA:26', 'D:GLY:83', 'D:SER:72', 'A:ASP:6', 'D:VAL:109', 'C:HIS:122', 'C:PRO:119', 'D:GLN:127', 'A:LYS:16', 'B:VAL:54', 'B:ALA:140', 'B:VAL:111', 'C:THR:67', 'D:GLU:26', 'D:VAL:67', 'B:ALA:62', 'B:VAL:11', 'B:GLU:90', 'D:LEU:88', 'A:SER:35', 'C:GLU:27', 'C:HIS:103', 'A:ALA:21', 'B:SER:72', 'B:ALA:53', 'D:LEU:105', 'C:GLY:22', 'A:MET:32', 'D:VAL:33', 'D:GLY:74', 'A:LEU:136', 'B:VAL:126', 'A:CYS:104', 'C:LEU:136', 'C:VAL:17', 'D:VAL:20', 'B:LEU:28', 'B:GLU:6', 'D:VAL:133', 'D:PRO:5', 'C:ALA:82', 'A:LYS:7', 'A:LYS:127', 'D:ALA:140', 'C:ALA:110', 'B:VAL:20', 'D:VAL:113', 'B:ALA:13', 'C:VAL:70', 'C:LEU:29', 'C:VAL:55', 'C:ALA:71', 'B:ASP:52', 'B:VAL:60', 'C:ALA:53', 'D:LYS:8', 'B:LEU:68', 'A:PHE:33', 'D:THR:12', 'A:LEU:66', 'D:LEU:75', 'C:PRO:77', 'C:ALA:130', 'B:GLY:56', 'A:GLY:25', 'D:ALA:13', 'C:LEU:101', 'A:LEU:101', 'C:PHE:98', 'C:VAL:121', 'A:LEU:105', 'D:CYS:112', 'A:PRO:119', 'A:ASP:64', 'D:SER:89', 'A:SER:133', 'B:THR:87', 'C:GLY:57', 'C:SER:84', 'C:SER:102', 'B:ALA:27', 'D:ASP:73', 'B:LEU:14', 'D:VAL:54', 'A:THR:67', 'B:GLY:136', 'B:GLU:101', 'C:THR:108', 'A:HIS:112', 'A:SER:131', 'D:LEU:141', 'A:ALA:28', 'C:MET:76', 'D:VAL:137', 'D:GLN:131', 'A:ALA:111', 'B:ARG:104', 'C:ASN:97', 'C:VAL:62', 'D:ASP:52', 'C:HIS:58', 'A:ALA:63', 'C:ALA:123', 'B:LEU:31', 'C:SER:124', 'A:GLU:30', 'D:ASN:108', 'D:ALA:128', 'D:HIS:63', 'A:HIS:122', 'D:GLY:69', 'B:THR:84', 'A:VAL:135', 'C:CYS:104', 'C:ASN:78', 'A:LYS:99', 'C:THR:8', 'B:LEU:32', 'D:LYS:82', 'C:ARG:31', 'C:THR:137', 'B:PRO:58', 'A:ASN:9', 'C:ALA:12', 'B:HIS:116', 'B:LEU:110', 'A:LEU:34', 'B:LEU:141', 'B:LEU:106', 'B:THR:12', 'A:LEU:100', 'C:ALA:69', 'A:ALA:13', 'D:ALA:53', 'D:GLY:136', 'D:GLY:25', 'C:LEU:83', 'A:SER:102', 'D:ALA:86', 'D:ALA:142', 'B:ALA:129', 'B:ALA:142', 'B:PHE:71', 'C:VAL:107', 'D:GLU:7', 'D:THR:87', 'A:VAL:96', 'C:ALA:5', 'D:LEU:106', 'D:LEU:31', 'A:SER:124', 'A:ASP:126', 'D:VAL:34', 'C:HIS:112', 'B:GLY:83', 'A:LEU:125', 'B:GLY:69', 'B:TYR:130', 'B:ASP:21', 'D:PHE:103', 'B:VAL:134', 'B:ARG:30', 'C:ALA:26', 'C:GLY:59', 'D:HIS:116', 'B:PHE:118', 'C:LYS:16', 'D:ARG:30', 'C:LEU:109', 'A:ALA:110', 'A:GLY:57', 'B:LYS:82', 'C:ALA:79', 'D:GLY:24', 'D:MET:55', 'C:LEU:66', 'A:HIS:103', 'C:LYS:99', 'D:GLU:6', 'A:PRO:77', 'D:VAL:60', 'B:GLN:127', 'D:LEU:14', 'C:ALA:65', 'A:GLY:15', 'C:VAL:10', 'C:LEU:105', 'C:ALA:120', 'D:TYR:130', 'B:GLY:24', 'B:GLU:26', 'C:LEU:86', 'D:VAL:126', 'D:GLU:22', 'D:PHE:71', 'A:ALA:71', 'A:LYS:60', 'B:ALA:135', 'C:ALA:111', 'C:GLY:25', 'D:ALA:10', 'B:CYS:112', 'B:PHE:103', 'C:LEU:100', 'C:LYS:56', 'C:ASN:9', 'A:SER:84', 'D:LEU:81', 'B:SER:89', 'C:ALA:13', 'A:ALA:53', 'D:ALA:27', 'D:LEU:114', 'A:THR:8', 'A:LEU:29', 'A:VAL:70', 'A:TRP:14', 'A:THR:108', 'B:VAL:109', 'D:PHE:118', 'C:TYR:24', 'B:LYS:65', 'A:VAL:10', 'C:SER:131', 'C:LYS:127', 'A:ASN:68', 'C:GLU:23', 'C:LYS:60', 'D:ASP:21', 'B:HIS:63', 'B:PRO:51', 'A:ASP:85', 'D:PRO:125', 'A:GLU:23', 'C:LYS:11', 'B:ALA:10', 'D:VAL:134', 'A:VAL:132', 'B:ASN:139', 'B:LYS:8', 'C:LEU:125', 'C:LEU:34', 'D:LYS:65', 'B:PRO:5', 'D:GLU:101', 'C:GLU:30', 'D:PRO:51', 'A:ALA:65', 'D:VAL:111', 'D:PRO:58', 'D:VAL:11', 'A:PRO:4', 'B:MET:55', 'A:HIS:58', 'A:VAL:107', 'A:ALA:120', 'B:VAL:34', 'A:LYS:56', 'C:ALA:21', 'A:ASN:97', 'A:ALA:130', 'A:ALA:12', 'B:VAL:33', 'A:VAL:121', 'B:GLY:74', 'B:TRP:15', 'A:ASN:78', 'D:VAL:23', 'B:ALA:138', 'D:ALA:115', 'B:LYS:61', 'D:ALA:129', 'D:ALA:62', 'C:LYS:61', 'C:PRO:4', 'D:GLY:29', 'B:PRO:124', 'D:TRP:15', 'A:GLU:27', 'C:GLY:15', 'C:ASP:126', 'D:ASN:102', 'A:LEU:129', 'B:LYS:66', 'D:GLU:90', 'D:LEU:32', 'D:LEU:28', 'D:ARG:104', 'C:SER:81', 'A:ARG:31', 'C:VAL:96', 'C:VAL:132', 'D:ASN:139', 'D:PRO:124', 'D:ALA:138', 'C:ALA:63', 'A:GLY:22', 'A:ALA:5', 'B:GLU:7', 'B:SER:9', 'A:PHE:128', 'A:THR:134', 'A:VAL:55', 'D:LYS:66', 'D:HIS:117', 'B:VAL:137', 'B:PRO:125', 'D:ALA:135', 'D:GLY:107', 'B:ASN:108', 'B:GLU:22', 'B:ALA:128', 'B:GLY:64', 'A:TYR:24', 'C:LEU:129', 'B:LEU:114', 'B:GLN:131', 'B:LYS:59', 'C:ASP:64'].

Again, this can be inversed to remove the selection

[17]:

s_g = extract_subgraph_from_secondary_structure(graph_with_ss, VALID_SS, inverse=True)
plotly_protein_structure_graph(s_g, colour_nodes_by="residue_number", node_size_min=20, node_size_multiplier=1)

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 379 nodes in the secondary structure subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['A:VAL:1', 'A:LEU:2', 'A:SER:3', 'A:GLY:18', 'A:ALA:19', 'A:HIS:20', 'A:PHE:36', 'A:PRO:37', 'A:THR:38', 'A:THR:39', 'A:LYS:40', 'A:THR:41', 'A:TYR:42', 'A:PHE:43', 'A:PRO:44', 'A:HIS:45', 'A:PHE:46', 'A:ASP:47', 'A:LEU:48', 'A:SER:49', 'A:HIS:50', 'A:GLY:51', 'A:SER:52', 'A:HIS:72', 'A:VAL:73', 'A:ASP:74', 'A:ASP:75', 'A:LEU:80', 'A:LEU:86', 'A:HIS:87', 'A:ALA:88', 'A:HIS:89', 'A:LYS:90', 'A:LEU:91', 'A:ARG:92', 'A:VAL:93', 'A:ASP:94', 'A:PRO:95', 'A:LEU:113', 'A:PRO:114', 'A:ALA:115', 'A:GLU:116', 'A:PHE:117', 'A:THR:118', 'A:THR:137', 'A:SER:138', 'A:LYS:139', 'A:TYR:140', 'A:ARG:141', 'B:VAL:1', 'B:HIS:2', 'B:LEU:3', 'B:THR:4', 'B:GLY:16', 'B:LYS:17', 'B:VAL:18', 'B:ASN:19', 'B:TYR:35', 'B:PRO:36', 'B:TRP:37', 'B:THR:38', 'B:GLN:39', 'B:ARG:40', 'B:PHE:41', 'B:PHE:42', 'B:GLU:43', 'B:SER:44', 'B:PHE:45', 'B:GLY:46', 'B:ASP:47', 'B:LEU:48', 'B:SER:49', 'B:THR:50', 'B:ASN:57', 'B:ALA:76', 'B:HIS:77', 'B:LEU:78', 'B:ASP:79', 'B:ASN:80', 'B:LEU:91', 'B:HIS:92', 'B:CYS:93', 'B:ASP:94', 'B:LYS:95', 'B:LEU:96', 'B:HIS:97', 'B:VAL:98', 'B:ASP:99', 'B:PRO:100', 'B:GLY:119', 'B:LYS:120', 'B:GLU:121', 'B:PHE:122', 'B:THR:123', 'B:HIS:143', 'B:LYS:144', 'B:TYR:145', 'B:HIS:146', 'C:VAL:1', 'C:LEU:2', 'C:SER:3', 'C:GLY:18', 'C:ALA:19', 'C:HIS:20', 'C:PHE:36', 'C:PRO:37', 'C:THR:38', 'C:THR:39', 'C:LYS:40', 'C:THR:41', 'C:TYR:42', 'C:PHE:43', 'C:PRO:44', 'C:HIS:45', 'C:PHE:46', 'C:ASP:47', 'C:LEU:48', 'C:SER:49', 'C:HIS:50', 'C:GLY:51', 'C:SER:52', 'C:HIS:72', 'C:VAL:73', 'C:ASP:74', 'C:ASP:75', 'C:LEU:80', 'C:HIS:87', 'C:ALA:88', 'C:HIS:89', 'C:LYS:90', 'C:LEU:91', 'C:ARG:92', 'C:VAL:93', 'C:ASP:94', 'C:PRO:95', 'C:LEU:113', 'C:PRO:114', 'C:ALA:115', 'C:GLU:116', 'C:PHE:117', 'C:THR:118', 'C:SER:138', 'C:LYS:139', 'C:TYR:140', 'C:ARG:141', 'D:VAL:1', 'D:HIS:2', 'D:LEU:3', 'D:THR:4', 'D:GLY:16', 'D:LYS:17', 'D:VAL:18', 'D:ASN:19', 'D:TYR:35', 'D:PRO:36', 'D:TRP:37', 'D:THR:38', 'D:GLN:39', 'D:ARG:40', 'D:PHE:41', 'D:PHE:42', 'D:GLU:43', 'D:SER:44', 'D:PHE:45', 'D:GLY:46', 'D:ASP:47', 'D:LEU:48', 'D:SER:49', 'D:THR:50', 'D:GLY:56', 'D:ASN:57', 'D:ALA:76', 'D:HIS:77', 'D:LEU:78', 'D:ASP:79', 'D:ASN:80', 'D:LEU:91', 'D:HIS:92', 'D:CYS:93', 'D:ASP:94', 'D:LYS:95', 'D:LEU:96', 'D:HIS:97', 'D:VAL:98', 'D:ASP:99', 'D:PRO:100', 'D:GLY:119', 'D:LYS:120', 'D:GLU:121', 'D:PHE:122', 'D:THR:123', 'D:HIS:143', 'D:LYS:144', 'D:TYR:145', 'D:HIS:146'].

Subgraphing based on sequence positions#

We extract subgraphs based on their position in the sequence with extract_subgraph_by_sequence_position():

N.B. this does not discriminate based on chain. If you wish to do so, either use the base node_list subsetting function or compose the chain selection and the sequence position selection functions

[18]:

from graphein.protein.subgraphs import extract_subgraph_by_sequence_position

SEQUENCE_POSITIONS = range(1, 100, 2)

s_g = extract_subgraph_by_sequence_position(g, SEQUENCE_POSITIONS)
plotly_protein_structure_graph(s_g, colour_nodes_by="residue_number", node_size_min=20, node_size_multiplier=1)

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 200 nodes in the sequence position subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['A:ALA:79', 'B:ALA:53', 'C:ARG:31', 'B:VAL:23', 'D:PHE:85', 'C:HIS:87', 'D:VAL:33', 'A:ASN:9', 'B:PHE:45', 'A:VAL:93', 'C:SER:35', 'C:LYS:11', 'C:THR:41', 'A:PRO:95', 'A:ASP:47', 'A:SER:49', 'D:TYR:35', 'D:TRP:37', 'D:LYS:65', 'C:GLY:51', 'C:ASP:75', 'C:VAL:17', 'A:PHE:43', 'B:PRO:5', 'B:TYR:35', 'C:VAL:93', 'D:HIS:77', 'B:LYS:95', 'C:ALA:69', 'B:SER:49', 'B:ASP:73', 'D:PRO:51', 'D:ASN:57', 'D:LYS:17', 'A:ALA:13', 'A:ALA:65', 'C:VAL:73', 'D:PRO:5', 'D:ALA:53', 'A:VAL:1', 'A:LYS:7', 'B:MET:55', 'B:VAL:67', 'D:VAL:11', 'B:PHE:41', 'D:GLN:39', 'D:GLY:25', 'A:ALA:69', 'C:LEU:83', 'B:PHE:85', 'C:ASP:47', 'C:ALA:21', 'A:ASN:97', 'C:VAL:1', 'A:GLY:59', 'B:ALA:13', 'B:PHE:71', 'C:LEU:29', 'C:VAL:55', 'D:GLU:7', 'D:THR:87', 'D:SER:9', 'B:VAL:33', 'B:GLY:25', 'C:ALA:5', 'C:ALA:71', 'B:HIS:77', 'D:LYS:61', 'B:GLN:39', 'A:LEU:83', 'D:LEU:31', 'A:GLY:51', 'C:ALA:53', 'C:THR:39', 'B:TRP:15', 'B:CYS:93', 'B:TRP:37', 'D:ASP:47', 'B:GLU:43', 'B:GLY:83', 'B:LYS:17', 'B:GLY:69', 'A:PHE:33', 'B:ASP:21', 'D:VAL:23', 'A:ASP:75', 'C:LYS:7', 'C:HIS:45', 'D:LEU:75', 'A:LYS:11', 'C:PRO:77', 'D:ASP:99', 'C:GLY:59', 'B:LYS:61', 'B:HIS:97', 'B:LEU:75', 'A:SER:81', 'C:SER:49', 'C:LYS:61', 'B:ASP:99', 'D:GLY:29', 'C:PHE:43', 'A:HIS:89', 'A:LYS:61', 'D:HIS:97', 'B:LEU:81', 'D:TRP:15', 'A:GLY:25', 'A:THR:41', 'D:GLU:43', 'A:ALA:19', 'D:ALA:13', 'A:GLU:27', 'C:GLY:15', 'A:GLY:57', 'D:LYS:59', 'C:PRO:37', 'C:ALA:79', 'A:HIS:87', 'D:MET:55', 'D:SER:49', 'B:ASP:47', 'C:LYS:99', 'D:SER:89', 'A:PRO:77', 'C:ASP:85', 'B:THR:87', 'C:SER:81', 'A:ARG:31', 'C:GLY:57', 'C:ALA:65', 'A:GLY:15', 'D:LYS:95', 'C:LEU:91', 'B:GLY:29', 'B:ALA:27', 'A:VAL:17', 'D:ASP:73', 'A:VAL:73', 'A:PRO:37', 'A:THR:67', 'A:SER:3', 'A:THR:39', 'C:PHE:33', 'D:CYS:93', 'C:ALA:63', 'D:PHE:71', 'A:ALA:71', 'D:GLY:83', 'B:LEU:3', 'C:ALA:19', 'C:GLY:25', 'C:SER:3', 'C:ASN:9', 'A:ALA:5', 'B:ASN:19', 'D:PHE:41', 'A:HIS:45', 'B:GLU:7', 'B:SER:9', 'D:LEU:91', 'B:ASP:79', 'D:LEU:81', 'B:ASN:57', 'B:SER:89', 'A:VAL:55', 'B:LEU:91', 'C:THR:67', 'C:ALA:13', 'A:ALA:53', 'C:PRO:95', 'C:ASN:97', 'D:ALA:27', 'A:LEU:91', 'A:LEU:29', 'D:VAL:1', 'D:LEU:3', 'D:VAL:67', 'D:ASN:19', 'A:ALA:63', 'B:VAL:11', 'B:LEU:31', 'A:SER:35', 'C:HIS:89', 'B:LYS:65', 'D:HIS:63', 'D:GLY:69', 'C:GLU:23', 'C:GLU:27', 'D:ASP:21', 'D:ASP:79', 'D:PHE:45', 'B:HIS:63', 'B:PRO:51', 'B:VAL:1', 'A:LYS:99', 'A:ASP:85', 'A:ALA:21', 'A:GLU:23', 'B:LYS:59'].

Subgraphs based on bond types#

We can subset graphs to nodes that share certain bond types using extract_subgraph_by_bond_type()

[19]:

from graphein.protein.subgraphs import extract_subgraph_by_bond_type

BOND_TYPES = ["hbond", "ionic"]

s_g = extract_subgraph_by_bond_type(g, BOND_TYPES)
plotly_protein_structure_graph(s_g, node_size_min=10, node_size_multiplier=1)

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 121 nodes in the bond type subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['C:ARG:31', 'B:HIS:116', 'A:ASP:47', 'A:SER:49', 'D:HIS:146', 'D:LYS:65', 'C:ASP:75', 'D:GLU:101', 'B:TYR:35', 'C:GLU:30', 'D:HIS:77', 'C:HIS:20', 'B:SER:49', 'B:ASP:73', 'D:LYS:17', 'C:ASP:74', 'D:ARG:40', 'D:ASP:94', 'C:ARG:141', 'C:ASP:6', 'A:LYS:7', 'A:LYS:127', 'C:ASP:47', 'A:SER:102', 'B:HIS:117', 'D:GLU:7', 'D:GLU:121', 'A:GLU:23', 'B:HIS:77', 'A:ARG:141', 'A:SER:124', 'A:ASP:126', 'A:TYR:42', 'D:ASP:47', 'A:ASN:78', 'C:HIS:112', 'B:GLU:43', 'B:LYS:17', 'D:LYS:8', 'B:ASP:21', 'D:HIS:2', 'B:LYS:132', 'A:ASP:75', 'C:LYS:7', 'A:LYS:11', 'A:HIS:72', 'B:ARG:30', 'D:ASP:99', 'B:HIS:97', 'C:LYS:139', 'A:LYS:139', 'A:SER:81', 'C:SER:49', 'D:HIS:116', 'C:ARG:92', 'C:LYS:61', 'B:ASP:99', 'C:LYS:16', 'A:LYS:61', 'A:HIS:89', 'D:ARG:30', 'D:HIS:97', 'D:GLU:43', 'B:HIS:146', 'A:GLU:27', 'C:ASP:126', 'B:HIS:2', 'A:ASP:74', 'D:SER:49', 'D:GLU:90', 'A:HIS:20', 'A:ASP:64', 'B:ASP:47', 'C:HIS:50', 'C:ASP:85', 'A:SER:133', 'D:ARG:104', 'C:SER:81', 'A:ARG:31', 'D:LYS:144', 'D:ASP:73', 'D:LYS:132', 'A:SER:3', 'B:GLU:101', 'B:GLU:26', 'A:HIS:112', 'D:GLU:22', 'A:LYS:60', 'C:GLU:116', 'A:ASP:6', 'C:HIS:122', 'C:TYR:42', 'A:LYS:16', 'C:SER:3', 'B:GLU:7', 'B:ARG:104', 'B:ASP:94', 'D:GLU:26', 'D:HIS:117', 'C:HIS:72', 'A:HIS:50', 'B:GLU:121', 'B:GLU:90', 'C:SER:124', 'A:GLU:30', 'A:ARG:92', 'C:HIS:89', 'B:LYS:65', 'B:GLU:22', 'C:LYS:127', 'A:HIS:122', 'B:LYS:144', 'C:GLU:23', 'C:GLU:27', 'C:LYS:60', 'D:ASP:79', 'D:ASP:21', 'A:ASP:85', 'A:GLU:116', 'C:LYS:11', 'C:ASP:64'].

K-hop subgraphs#

We can extract subgraphs based on the set of nodes that are within \(k\) hops of a central node using extract_k_hop_subgraph:

[20]:

from graphein.protein.subgraphs import extract_k_hop_subgraph

# K = 1
s_g = extract_k_hop_subgraph(g, central_node="A:ALA:110", k=1)
plotly_protein_structure_graph(s_g, node_size_min=10, node_size_multiplier=1)

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 5 nodes in the k-hop subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['A:PHE:117', 'B:ALA:115', 'A:LEU:109', 'A:ALA:110', 'A:ALA:111'].

[21]:

# K =2
s_g = extract_k_hop_subgraph(g, central_node="A:ALA:110", k=2)
plotly_protein_structure_graph(s_g, node_size_min=10, node_size_multiplier=1)

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 20 nodes in the k-hop subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['A:LEU:113', 'A:ALA:110', 'A:ALA:111', 'A:PHE:117', 'A:VAL:121', 'B:HIS:116', 'A:LEU:125', 'A:TRP:14', 'A:THR:108', 'A:VAL:17', 'A:LEU:109', 'B:ALA:115', 'A:VAL:107', 'A:HIS:112', 'A:THR:118', 'A:TYR:24', 'B:LEU:114', 'B:PHE:122', 'A:GLU:116', 'A:LEU:106'].

[22]:

K = 3
s_g = extract_k_hop_subgraph(g, central_node="A:ALA:110", k=3)
plotly_protein_structure_graph(s_g, node_size_min=10, node_size_multiplier=1)

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 56 nodes in the k-hop subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['A:LEU:113', 'A:GLY:25', 'A:ALA:110', 'A:LYS:16', 'B:VAL:23', 'A:GLU:27', 'A:GLU:23', 'A:ALA:111', 'B:VAL:111', 'A:PHE:117', 'B:VAL:18', 'A:LEU:105', 'A:VAL:121', 'B:HIS:117', 'B:VAL:126', 'A:LEU:129', 'B:HIS:116', 'A:PRO:119', 'A:HIS:20', 'B:LEU:110', 'B:TRP:15', 'A:SER:124', 'A:VAL:70', 'B:VAL:113', 'A:ASP:126', 'A:PRO:114', 'A:GLY:15', 'A:LEU:125', 'B:TYR:130', 'A:TRP:14', 'A:ALA:63', 'A:GLY:18', 'B:GLU:121', 'A:THR:108', 'A:LEU:66', 'A:VAL:17', 'A:ALA:13', 'A:VAL:10', 'B:LEU:14', 'A:HIS:122', 'A:LEU:109', 'B:ALA:115', 'B:GLU:26', 'A:VAL:107', 'A:ALA:120', 'A:HIS:112', 'A:THR:118', 'A:TYR:24', 'B:THR:123', 'B:LEU:114', 'B:PHE:122', 'A:ALA:115', 'B:PHE:118', 'A:ALA:21', 'A:GLU:116', 'A:LEU:106'].

[23]:

# K= 4
s_g = extract_k_hop_subgraph(g, central_node="A:ALA:110", k=4)
plotly_protein_structure_graph(s_g, node_size_min=10, node_size_multiplier=1)

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 108 nodes in the k-hop subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['B:ALA:10', 'B:VAL:23', 'A:VAL:132', 'A:ASN:9', 'B:VAL:126', 'B:HIS:116', 'A:CYS:104', 'B:LEU:110', 'B:TYR:35', 'A:ALA:13', 'A:ALA:65', 'C:ARG:141', 'B:MET:55', 'A:LEU:109', 'B:ALA:115', 'A:VAL:107', 'A:ALA:120', 'A:ALA:69', 'A:LYS:127', 'B:VAL:20', 'B:GLY:16', 'A:ALA:115', 'B:HIS:117', 'A:LEU:106', 'B:ALA:129', 'B:PHE:71', 'B:ALA:13', 'A:ALA:130', 'A:ALA:12', 'B:VAL:33', 'B:GLY:25', 'A:PHE:117', 'A:VAL:121', 'B:TRP:15', 'A:SER:124', 'B:VAL:113', 'A:ASP:126', 'B:LYS:17', 'B:LEU:68', 'A:LEU:125', 'B:TYR:130', 'A:LEU:66', 'B:VAL:134', 'A:LYS:11', 'B:ARG:30', 'B:LEU:75', 'B:PHE:122', 'B:PHE:118', 'A:PRO:114', 'B:PRO:124', 'A:LEU:113', 'A:GLY:25', 'A:VAL:62', 'A:ALA:110', 'A:ALA:19', 'A:GLU:27', 'A:LEU:101', 'B:VAL:18', 'A:LEU:105', 'A:LEU:129', 'A:PRO:119', 'A:HIS:20', 'A:ASP:64', 'B:GLN:127', 'A:ARG:31', 'A:GLY:15', 'A:GLY:18', 'B:ALA:27', 'A:VAL:17', 'B:LEU:14', 'A:THR:67', 'B:GLU:26', 'B:GLY:24', 'A:ALA:26', 'A:GLU:116', 'A:ALA:123', 'A:HIS:112', 'A:THR:118', 'B:THR:123', 'A:GLY:22', 'A:ALA:71', 'A:ASP:6', 'A:ALA:28', 'B:CYS:112', 'A:LYS:16', 'B:ASN:19', 'A:ALA:111', 'A:PHE:128', 'B:VAL:111', 'B:GLY:119', 'B:PRO:125', 'A:VAL:70', 'A:TRP:14', 'A:ALA:63', 'B:VAL:11', 'B:GLU:121', 'A:THR:108', 'B:VAL:109', 'A:VAL:10', 'B:GLU:22', 'A:HIS:122', 'B:LYS:120', 'A:TYR:24', 'B:PRO:51', 'B:LEU:114', 'B:GLN:131', 'A:ALA:21', 'A:GLU:23'].

[24]:

# Again, these can be inversed:
s_g = extract_k_hop_subgraph(g, central_node="A:ALA:110", k=4, inverse=True)
plotly_protein_structure_graph(s_g, node_size_min=10, node_size_multiplier=1)

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 108 nodes in the k-hop subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['A:VAL:1', 'A:LEU:2', 'A:SER:3', 'A:PRO:4', 'A:ALA:5', 'A:LYS:7', 'A:THR:8', 'A:LEU:29', 'A:GLU:30', 'A:MET:32', 'A:PHE:33', 'A:LEU:34', 'A:SER:35', 'A:PHE:36', 'A:PRO:37', 'A:THR:38', 'A:THR:39', 'A:LYS:40', 'A:THR:41', 'A:TYR:42', 'A:PHE:43', 'A:PRO:44', 'A:HIS:45', 'A:PHE:46', 'A:ASP:47', 'A:LEU:48', 'A:SER:49', 'A:HIS:50', 'A:GLY:51', 'A:SER:52', 'A:ALA:53', 'A:GLN:54', 'A:VAL:55', 'A:LYS:56', 'A:GLY:57', 'A:HIS:58', 'A:GLY:59', 'A:LYS:60', 'A:LYS:61', 'A:ASN:68', 'A:HIS:72', 'A:VAL:73', 'A:ASP:74', 'A:ASP:75', 'A:MET:76', 'A:PRO:77', 'A:ASN:78', 'A:ALA:79', 'A:LEU:80', 'A:SER:81', 'A:ALA:82', 'A:LEU:83', 'A:SER:84', 'A:ASP:85', 'A:LEU:86', 'A:HIS:87', 'A:ALA:88', 'A:HIS:89', 'A:LYS:90', 'A:LEU:91', 'A:ARG:92', 'A:VAL:93', 'A:ASP:94', 'A:PRO:95', 'A:VAL:96', 'A:ASN:97', 'A:PHE:98', 'A:LYS:99', 'A:LEU:100', 'A:SER:102', 'A:HIS:103', 'A:SER:131', 'A:SER:133', 'A:THR:134', 'A:VAL:135', 'A:LEU:136', 'A:THR:137', 'A:SER:138', 'A:LYS:139', 'A:TYR:140', 'A:ARG:141', 'B:VAL:1', 'B:HIS:2', 'B:LEU:3', 'B:THR:4', 'B:PRO:5', 'B:GLU:6', 'B:GLU:7', 'B:LYS:8', 'B:SER:9', 'B:THR:12', 'B:ASP:21', 'B:LEU:28', 'B:GLY:29', 'B:LEU:31', 'B:LEU:32', 'B:VAL:34', 'B:PRO:36', 'B:TRP:37', 'B:THR:38', 'B:GLN:39', 'B:ARG:40', 'B:PHE:41', 'B:PHE:42', 'B:GLU:43', 'B:SER:44', 'B:PHE:45', 'B:GLY:46', 'B:ASP:47', 'B:LEU:48', 'B:SER:49', 'B:THR:50', 'B:ASP:52', 'B:ALA:53', 'B:VAL:54', 'B:GLY:56', 'B:ASN:57', 'B:PRO:58', 'B:LYS:59', 'B:VAL:60', 'B:LYS:61', 'B:ALA:62', 'B:HIS:63', 'B:GLY:64', 'B:LYS:65', 'B:LYS:66', 'B:VAL:67', 'B:GLY:69', 'B:ALA:70', 'B:SER:72', 'B:ASP:73', 'B:GLY:74', 'B:ALA:76', 'B:HIS:77', 'B:LEU:78', 'B:ASP:79', 'B:ASN:80', 'B:LEU:81', 'B:LYS:82', 'B:GLY:83', 'B:THR:84', 'B:PHE:85', 'B:ALA:86', 'B:THR:87', 'B:LEU:88', 'B:SER:89', 'B:GLU:90', 'B:LEU:91', 'B:HIS:92', 'B:CYS:93', 'B:ASP:94', 'B:LYS:95', 'B:LEU:96', 'B:HIS:97', 'B:VAL:98', 'B:ASP:99', 'B:PRO:100', 'B:GLU:101', 'B:ASN:102', 'B:PHE:103', 'B:ARG:104', 'B:LEU:105', 'B:LEU:106', 'B:GLY:107', 'B:ASN:108', 'B:ALA:128', 'B:LYS:132', 'B:VAL:133', 'B:ALA:135', 'B:GLY:136', 'B:VAL:137', 'B:ALA:138', 'B:ASN:139', 'B:ALA:140', 'B:LEU:141', 'B:ALA:142', 'B:HIS:143', 'B:LYS:144', 'B:TYR:145', 'B:HIS:146', 'C:VAL:1', 'C:LEU:2', 'C:SER:3', 'C:PRO:4', 'C:ALA:5', 'C:ASP:6', 'C:LYS:7', 'C:THR:8', 'C:ASN:9', 'C:VAL:10', 'C:LYS:11', 'C:ALA:12', 'C:ALA:13', 'C:TRP:14', 'C:GLY:15', 'C:LYS:16', 'C:VAL:17', 'C:GLY:18', 'C:ALA:19', 'C:HIS:20', 'C:ALA:21', 'C:GLY:22', 'C:GLU:23', 'C:TYR:24', 'C:GLY:25', 'C:ALA:26', 'C:GLU:27', 'C:ALA:28', 'C:LEU:29', 'C:GLU:30', 'C:ARG:31', 'C:MET:32', 'C:PHE:33', 'C:LEU:34', 'C:SER:35', 'C:PHE:36', 'C:PRO:37', 'C:THR:38', 'C:THR:39', 'C:LYS:40', 'C:THR:41', 'C:TYR:42', 'C:PHE:43', 'C:PRO:44', 'C:HIS:45', 'C:PHE:46', 'C:ASP:47', 'C:LEU:48', 'C:SER:49', 'C:HIS:50', 'C:GLY:51', 'C:SER:52', 'C:ALA:53', 'C:GLN:54', 'C:VAL:55', 'C:LYS:56', 'C:GLY:57', 'C:HIS:58', 'C:GLY:59', 'C:LYS:60', 'C:LYS:61', 'C:VAL:62', 'C:ALA:63', 'C:ASP:64', 'C:ALA:65', 'C:LEU:66', 'C:THR:67', 'C:ASN:68', 'C:ALA:69', 'C:VAL:70', 'C:ALA:71', 'C:HIS:72', 'C:VAL:73', 'C:ASP:74', 'C:ASP:75', 'C:MET:76', 'C:PRO:77', 'C:ASN:78', 'C:ALA:79', 'C:LEU:80', 'C:SER:81', 'C:ALA:82', 'C:LEU:83', 'C:SER:84', 'C:ASP:85', 'C:LEU:86', 'C:HIS:87', 'C:ALA:88', 'C:HIS:89', 'C:LYS:90', 'C:LEU:91', 'C:ARG:92', 'C:VAL:93', 'C:ASP:94', 'C:PRO:95', 'C:VAL:96', 'C:ASN:97', 'C:PHE:98', 'C:LYS:99', 'C:LEU:100', 'C:LEU:101', 'C:SER:102', 'C:HIS:103', 'C:CYS:104', 'C:LEU:105', 'C:LEU:106', 'C:VAL:107', 'C:THR:108', 'C:LEU:109', 'C:ALA:110', 'C:ALA:111', 'C:HIS:112', 'C:LEU:113', 'C:PRO:114', 'C:ALA:115', 'C:GLU:116', 'C:PHE:117', 'C:THR:118', 'C:PRO:119', 'C:ALA:120', 'C:VAL:121', 'C:HIS:122', 'C:ALA:123', 'C:SER:124', 'C:LEU:125', 'C:ASP:126', 'C:LYS:127', 'C:PHE:128', 'C:LEU:129', 'C:ALA:130', 'C:SER:131', 'C:VAL:132', 'C:SER:133', 'C:THR:134', 'C:VAL:135', 'C:LEU:136', 'C:THR:137', 'C:SER:138', 'C:LYS:139', 'C:TYR:140', 'D:VAL:1', 'D:HIS:2', 'D:LEU:3', 'D:THR:4', 'D:PRO:5', 'D:GLU:6', 'D:GLU:7', 'D:LYS:8', 'D:SER:9', 'D:ALA:10', 'D:VAL:11', 'D:THR:12', 'D:ALA:13', 'D:LEU:14', 'D:TRP:15', 'D:GLY:16', 'D:LYS:17', 'D:VAL:18', 'D:ASN:19', 'D:VAL:20', 'D:ASP:21', 'D:GLU:22', 'D:VAL:23', 'D:GLY:24', 'D:GLY:25', 'D:GLU:26', 'D:ALA:27', 'D:LEU:28', 'D:GLY:29', 'D:ARG:30', 'D:LEU:31', 'D:LEU:32', 'D:VAL:33', 'D:VAL:34', 'D:TYR:35', 'D:PRO:36', 'D:TRP:37', 'D:THR:38', 'D:GLN:39', 'D:ARG:40', 'D:PHE:41', 'D:PHE:42', 'D:GLU:43', 'D:SER:44', 'D:PHE:45', 'D:GLY:46', 'D:ASP:47', 'D:LEU:48', 'D:SER:49', 'D:THR:50', 'D:PRO:51', 'D:ASP:52', 'D:ALA:53', 'D:VAL:54', 'D:MET:55', 'D:GLY:56', 'D:ASN:57', 'D:PRO:58', 'D:LYS:59', 'D:VAL:60', 'D:LYS:61', 'D:ALA:62', 'D:HIS:63', 'D:GLY:64', 'D:LYS:65', 'D:LYS:66', 'D:VAL:67', 'D:LEU:68', 'D:GLY:69', 'D:ALA:70', 'D:PHE:71', 'D:SER:72', 'D:ASP:73', 'D:GLY:74', 'D:LEU:75', 'D:ALA:76', 'D:HIS:77', 'D:LEU:78', 'D:ASP:79', 'D:ASN:80', 'D:LEU:81', 'D:LYS:82', 'D:GLY:83', 'D:THR:84', 'D:PHE:85', 'D:ALA:86', 'D:THR:87', 'D:LEU:88', 'D:SER:89', 'D:GLU:90', 'D:LEU:91', 'D:HIS:92', 'D:CYS:93', 'D:ASP:94', 'D:LYS:95', 'D:LEU:96', 'D:HIS:97', 'D:VAL:98', 'D:ASP:99', 'D:PRO:100', 'D:GLU:101', 'D:ASN:102', 'D:PHE:103', 'D:ARG:104', 'D:LEU:105', 'D:LEU:106', 'D:GLY:107', 'D:ASN:108', 'D:VAL:109', 'D:LEU:110', 'D:VAL:111', 'D:CYS:112', 'D:VAL:113', 'D:LEU:114', 'D:ALA:115', 'D:HIS:116', 'D:HIS:117', 'D:PHE:118', 'D:GLY:119', 'D:LYS:120', 'D:GLU:121', 'D:PHE:122', 'D:THR:123', 'D:PRO:124', 'D:PRO:125', 'D:VAL:126', 'D:GLN:127', 'D:ALA:128', 'D:ALA:129', 'D:TYR:130', 'D:GLN:131', 'D:LYS:132', 'D:VAL:133', 'D:VAL:134', 'D:ALA:135', 'D:GLY:136', 'D:VAL:137', 'D:ALA:138', 'D:ASN:139', 'D:ALA:140', 'D:LEU:141', 'D:ALA:142', 'D:HIS:143', 'D:LYS:144', 'D:TYR:145', 'D:HIS:146'].

Subgraphing based on Atom Types#

This can be achieved with extract_subgraph_from_atom_types(). This is not relevant for resiude-level graphs as we use (typically) C\(\alpha\) atoms as the nodes. Instead, we create an atom-level graph for this example.

[25]:

from graphein.protein.edges.atomic import add_atomic_edges
config=ProteinGraphConfig(granularity="atom", edge_construction_functions=[add_atomic_edges])
g = construct_graph(config=config, pdb_code="4hhb")
plotly_protein_structure_graph(g, node_size_min=5, node_size_multiplier=1, colour_nodes_by="atom_type")

DEBUG:graphein.protein.graphs:Deprotonating protein. This removes H atoms from the pdb_df dataframe
DEBUG:graphein.protein.graphs:Detected 4384 total nodes

[26]:

from graphein.protein.subgraphs import extract_subgraph_from_atom_types

ATOM_TYPES = ["CA", "N"]

s_g = extract_subgraph_from_atom_types(g, ATOM_TYPES)
plotly_protein_structure_graph(s_g, colour_nodes_by="atom_type", node_size_min=5, node_size_multiplier=1)

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 1148 nodes in the atom type subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['A:VAL:93:CA', 'C:VAL:107:CA', 'D:ASP:47:N', 'D:LEU:14:CA', 'A:GLU:30:N', 'B:GLU:26:N', 'B:LYS:8:CA', 'C:SER:124:CA', 'A:ASN:78:CA', 'D:GLY:25:N', 'D:SER:9:CA', 'A:PHE:98:N', 'B:SER:9:N', 'A:ALA:120:CA', 'B:VAL:60:N', 'A:ALA:5:CA', 'D:LEU:48:CA', 'B:VAL:67:CA', 'A:PRO:119:CA', 'A:HIS:122:N', 'C:THR:108:CA', 'B:ASP:99:CA', 'B:VAL:133:N', 'D:HIS:143:N', 'B:GLY:64:N', 'A:ASN:97:CA', 'D:GLY:69:N', 'D:GLY:29:N', 'C:GLU:30:CA', 'D:ARG:104:CA', 'B:VAL:1:CA', 'A:GLN:54:CA', 'A:LEU:2:CA', 'C:THR:41:CA', 'B:GLU:101:N', 'B:GLY:16:N', 'A:PRO:95:CA', 'C:ALA:5:N', 'C:SER:81:N', 'A:SER:84:CA', 'C:PHE:117:CA', 'C:THR:39:CA', 'C:HIS:103:N', 'D:LEU:96:N', 'D:PHE:103:N', 'C:LYS:7:N', 'C:HIS:87:CA', 'A:LYS:61:N', 'A:PHE:98:CA', 'A:LEU:109:N', 'B:LEU:3:N', 'C:SER:49:N', 'B:ASP:79:N', 'C:LYS:60:N', 'D:THR:38:CA', 'A:VAL:73:N', 'D:PHE:42:N', 'B:ALA:70:N', 'B:LEU:75:N', 'C:LYS:61:CA', 'C:ALA:71:N', 'C:LEU:100:CA', 'D:VAL:54:CA', 'D:GLY:83:CA', 'A:LYS:56:N', 'B:ASN:102:CA', 'A:ALA:88:N', 'C:ALA:79:N', 'B:VAL:111:CA', 'A:HIS:72:N', 'A:LEU:91:N', 'D:LEU:28:CA', 'D:TYR:145:N', 'A:LEU:83:N', 'D:LEU:75:N', 'A:ASP:85:CA', 'B:ASP:94:N', 'A:ALA:110:CA', 'D:HIS:146:CA', 'B:PHE:118:CA', 'C:LEU:113:CA', 'C:VAL:55:CA', 'B:CYS:112:CA', 'B:LEU:32:N', 'C:LEU:106:N', 'C:LYS:127:N', 'C:LEU:136:CA', 'D:ASP:79:CA', 'D:VAL:113:N', 'D:LYS:59:CA', 'C:ALA:123:CA', 'A:LEU:29:N', 'B:HIS:146:CA', 'C:HIS:50:N', 'C:ALA:123:N', 'C:ALA:130:N', 'A:SER:133:N', 'D:VAL:1:N', 'D:PHE:71:CA', 'D:SER:72:N', 'C:THR:137:N', 'D:ASP:52:N', 'B:THR:38:CA', 'B:ALA:53:N', 'C:GLY:15:CA', 'D:ASP:99:CA', 'B:TYR:35:N', 'D:MET:55:CA', 'D:ALA:129:N', 'D:LEU:105:CA', 'A:THR:39:N', 'A:THR:39:CA', 'B:HIS:77:CA', 'C:ALA:63:CA', 'A:THR:41:N', 'A:VAL:107:N', 'B:LYS:120:CA', 'B:TYR:130:N', 'B:GLY:69:N', 'B:LEU:106:CA', 'B:GLY:25:CA', 'C:SER:81:CA', 'A:PRO:37:CA', 'A:LYS:61:CA', 'C:LEU:34:CA', 'C:SER:84:CA', 'D:SER:89:CA', 'C:ASN:68:CA', 'A:ALA:120:N', 'D:ALA:142:CA', 'C:LEU:2:CA', 'C:LEU:125:CA', 'B:LYS:17:CA', 'C:PRO:119:N', 'D:ASP:52:CA', 'D:LEU:14:N', 'A:THR:137:CA', 'A:LYS:16:N', 'D:VAL:67:CA', 'B:ASN:57:N', 'D:LYS:66:N', 'B:TRP:37:CA', 'A:HIS:112:CA', 'B:LYS:59:CA', 'D:ASN:139:CA', 'A:ALA:26:N', 'B:PHE:71:N', 'D:LEU:3:N', 'A:VAL:10:CA', 'D:VAL:33:CA', 'D:VAL:54:N', 'D:ASN:139:N', 'D:ALA:86:N', 'B:LEU:91:N', 'C:THR:8:CA', 'C:LEU:34:N', 'B:PHE:45:N', 'C:VAL:70:N', 'B:ARG:30:N', 'C:VAL:132:CA', 'C:ALA:115:CA', 'D:GLU:6:CA', 'A:VAL:70:CA', 'A:PRO:114:CA', 'B:VAL:33:N', 'B:PHE:45:CA', 'C:LEU:109:N', 'A:ALA:123:N', 'D:VAL:98:CA', 'D:ALA:115:CA', 'C:PHE:98:CA', 'C:SER:49:CA', 'B:HIS:143:N', 'A:ALA:111:CA', 'C:LEU:100:N', 'A:HIS:72:CA', 'C:ASP:126:N', 'C:LEU:83:CA', 'A:GLY:51:CA', 'D:PHE:118:CA', 'A:ASP:64:CA', 'B:PRO:5:N', 'C:ALA:69:CA', 'B:LEU:81:CA', 'A:PRO:44:CA', 'C:LEU:113:N', 'C:MET:32:N', 'D:ARG:40:N', 'A:ALA:79:CA', 'A:LYS:99:N', 'D:LYS:132:N', 'B:SER:49:CA', 'B:LEU:68:N', 'B:VAL:113:N', 'A:HIS:20:CA', 'D:ALA:138:N', 'C:LEU:48:CA', 'B:ALA:140:CA', 'C:GLY:22:N', 'D:GLY:56:N', 'D:PRO:125:CA', 'B:GLY:29:N', 'C:GLU:23:CA', 'C:ALA:12:CA', 'A:ALA:88:CA', 'D:GLU:7:N', 'A:ARG:31:N', 'A:LEU:100:N', 'B:LEU:96:N', 'C:GLY:59:CA', 'C:PHE:43:CA', 'A:LEU:101:N', 'D:ARG:30:CA', 'D:ASP:79:N', 'C:LEU:106:CA', 'D:HIS:116:N', 'D:SER:44:N', 'B:GLY:69:CA', 'C:THR:118:N', 'D:TYR:130:CA', 'B:ALA:115:N', 'B:GLY:24:N', 'C:LEU:125:N', 'D:PHE:45:N', 'B:ASP:73:CA', 'D:GLY:64:N', 'A:SER:81:N', 'D:LEU:141:N', 'C:HIS:112:N', 'B:GLU:43:N', 'D:GLY:64:CA', 'A:TRP:14:N', 'B:LEU:110:CA', 'B:LYS:120:N', 'A:ALA:12:N', 'D:ALA:53:CA', 'D:PRO:58:N', 'D:THR:123:N', 'A:LEU:109:CA', 'D:HIS:77:CA', 'D:CYS:112:CA', 'D:GLU:22:CA', 'D:ASN:102:CA', 'B:LEU:91:CA', 'C:GLU:27:CA', 'A:LYS:16:CA', 'B:SER:72:N', 'D:ALA:27:N', 'A:ALA:71:N', 'C:THR:108:N', 'C:HIS:45:CA', 'C:THR:134:N', 'A:LEU:136:N', 'B:PHE:85:CA', 'A:PRO:95:N', 'A:LEU:105:CA', 'C:ALA:88:CA', 'C:VAL:1:CA', 'C:ALA:79:CA', 'D:ALA:115:N', 'B:GLY:29:CA', 'A:THR:108:CA', 'B:LYS:66:N', 'D:LEU:78:N', 'C:LYS:90:CA', 'D:HIS:2:CA', 'C:MET:76:N', 'D:HIS:77:N', 'D:ALA:62:N', 'D:THR:4:CA', 'C:PRO:37:CA', 'A:PRO:114:N', 'D:SER:72:CA', 'C:HIS:122:N', 'C:LEU:129:N', 'A:THR:8:CA', 'B:LEU:14:N', 'B:ALA:140:N', 'A:GLY:15:CA', 'B:ASP:99:N', 'C:ALA:13:N', 'A:VAL:10:N', 'C:SER:84:N', 'C:GLU:116:CA', 'C:ARG:141:CA', 'D:SER:49:N', 'D:GLN:131:N', 'A:SER:35:N', 'A:LEU:86:N', 'A:VAL:1:N', 'B:ALA:13:N', 'D:VAL:11:CA', 'D:VAL:98:N', 'C:ASN:78:N', 'A:LEU:136:CA', 'A:SER:133:CA', 'C:THR:67:CA', 'D:ALA:128:CA', 'A:LEU:80:N', 'C:SER:52:N', 'D:ALA:129:CA', 'C:ASN:78:CA', 'A:SER:84:N', 'D:GLU:101:CA', 'B:PHE:118:N', 'A:VAL:96:CA', 'D:VAL:67:N', 'D:GLY:24:N', 'C:LEU:101:CA', 'A:ALA:13:N', 'B:SER:89:N', 'B:LYS:61:N', 'C:HIS:20:N', 'C:ALA:115:N', 'D:VAL:34:N', 'A:ALA:69:CA', 'A:LEU:48:N', 'C:LEU:86:N', 'D:LEU:78:CA', 'A:SER:124:N', 'B:THR:4:N', 'B:VAL:23:N', 'D:VAL:23:CA', 'A:LEU:66:N', 'C:LEU:129:CA', 'C:SER:3:N', 'C:ALA:111:CA', 'D:ASN:19:CA', 'A:ALA:19:N', 'A:PHE:33:N', 'D:GLY:107:CA', 'D:GLU:90:N', 'A:MET:32:N', 'A:SER:49:CA', 'D:VAL:60:CA', 'B:GLU:90:CA', 'C:PHE:117:N', 'D:ASN:80:N', 'C:TYR:140:N', 'C:SER:124:N', 'D:PHE:45:CA', 'C:LYS:99:CA', 'D:MET:55:N', 'B:HIS:2:CA', 'D:GLU:90:CA', 'B:VAL:34:CA', 'A:LYS:7:N', 'D:PRO:100:N', 'D:LEU:141:CA', 'B:GLY:136:CA', 'B:HIS:117:CA', 'C:TYR:42:CA', 'C:ALA:110:N', 'D:ALA:27:CA', 'B:PRO:125:CA', 'D:ALA:76:CA', 'D:VAL:109:CA', 'B:LEU:31:CA', 'B:TRP:15:N', 'D:LEU:31:N', 'A:ASP:47:CA', 'C:HIS:20:CA', 'C:ASP:47:N', 'D:LYS:61:N', 'D:GLN:39:CA', 'C:ALA:82:CA', 'C:ALA:13:CA', 'D:ALA:70:CA', 'C:HIS:112:CA', 'A:ALA:53:N', 'A:SER:3:CA', 'C:LEU:83:N', 'C:PRO:95:CA', 'D:LEU:31:CA', 'C:PRO:77:N', 'C:LYS:127:CA', 'B:VAL:18:N', 'C:PHE:46:CA', 'B:HIS:63:N', 'D:GLY:69:CA', 'A:PHE:33:CA', 'D:VAL:1:CA', 'D:VAL:133:CA', 'A:ASN:68:CA', 'A:ALA:28:CA', 'B:LEU:105:CA', 'A:PRO:37:N', 'C:ARG:92:N', 'A:LEU:2:N', 'A:ALA:63:CA', 'D:ASP:94:CA', 'C:ALA:5:CA', 'A:ALA:19:CA', 'A:ASP:94:N', 'A:TYR:42:N', 'B:SER:72:CA', 'B:TYR:145:N', 'C:ALA:28:CA', 'B:HIS:92:N', 'B:LEU:78:N', 'A:GLY:22:N', 'D:ALA:86:CA', 'B:LYS:132:N', 'D:VAL:20:CA', 'A:ASP:94:CA', 'B:ASP:21:N', 'A:PRO:44:N', 'A:THR:118:CA', 'A:LEU:101:CA', 'A:SER:138:N', 'B:PHE:122:N', 'D:HIS:117:N', 'D:ALA:128:N', 'B:LEU:81:N', 'A:LYS:11:CA', 'A:PHE:43:CA', 'B:PHE:103:N', 'A:GLY:25:N', 'C:ALA:21:CA', 'C:ASP:94:CA', 'D:ASP:73:N', 'A:TYR:140:N', 'A:LYS:60:CA', 'C:ASP:94:N', 'C:MET:76:CA', 'B:VAL:98:N', 'C:ALA:19:CA', 'D:LEU:3:CA', 'D:TRP:15:N', 'A:GLY:51:N', 'B:THR:12:CA', 'A:LEU:34:N', 'C:LYS:139:N', 'C:HIS:58:CA', 'B:ASP:52:N', 'B:LEU:88:CA', 'D:GLY:16:CA', 'C:ALA:130:CA', 'C:THR:38:CA', 'A:SER:131:N', 'B:LEU:114:N', 'C:GLY:15:N', 'D:ALA:76:N', 'D:HIS:97:N', 'D:ARG:40:CA', 'A:VAL:121:CA', 'A:ALA:110:N', 'B:LEU:32:CA', 'D:LYS:144:N', 'A:VAL:132:N', 'B:ALA:76:CA', 'A:LEU:83:CA', 'D:VAL:111:N', 'A:GLY:18:CA', 'A:VAL:55:N', 'B:PHE:41:N', 'A:ASP:74:N', 'A:ALA:21:N', 'A:CYS:104:CA', 'D:PHE:71:N', 'A:ALA:63:N', 'C:LEU:80:CA', 'C:VAL:73:N', 'A:ASN:9:CA', 'B:PHE:41:CA', 'C:LEU:101:N', 'C:VAL:107:N', 'A:LYS:90:CA', 'B:LYS:17:N', 'B:LEU:114:CA', 'D:VAL:23:N', 'D:LEU:106:N', 'D:LYS:59:N', 'A:ALA:12:CA', 'A:TRP:14:CA', 'B:TRP:15:CA', 'A:VAL:55:CA', 'A:TYR:140:CA', 'A:PHE:117:N', 'C:VAL:96:CA', 'B:SER:9:CA', 'C:GLY:25:CA', 'A:ARG:31:CA', 'B:ALA:142:N', 'B:ARG:40:CA', 'D:THR:38:N', 'B:ALA:86:N', 'B:VAL:20:N', 'C:HIS:50:CA', 'C:GLU:23:N', 'D:LYS:17:CA', 'C:ALA:120:CA', 'D:VAL:33:N', 'D:GLY:24:CA', 'C:LYS:7:CA', 'D:ARG:30:N', 'A:LEU:105:N', 'A:LYS:139:CA', 'C:PRO:77:CA', 'C:PRO:4:N', 'C:LEU:86:CA', 'D:ASN:57:CA', 'B:ALA:135:N', 'D:VAL:134:CA', 'B:GLN:39:CA', 'A:GLY:57:N', 'C:ASP:85:N', 'C:HIS:89:CA', 'C:PRO:44:N', 'C:VAL:135:CA', 'A:TYR:42:CA', 'B:GLN:127:N', 'C:PRO:44:CA', 'C:SER:52:CA', 'B:LYS:82:CA', 'B:LEU:78:CA', 'A:LEU:91:CA', 'B:LEU:31:N', 'C:ASN:9:CA', 'C:LEU:136:N', 'C:LEU:91:N', 'C:SER:102:CA', 'D:GLY:29:CA', 'B:ASN:139:N', 'C:GLY:57:N', 'D:LYS:120:CA', 'B:ALA:10:N', 'B:ASP:47:N', 'B:GLY:46:CA', 'A:ALA:69:N', 'A:PHE:43:N', 'B:PHE:71:CA', 'C:PRO:114:N', 'D:PHE:41:N', 'D:ASP:99:N', 'C:VAL:70:CA', 'D:PHE:122:N', 'A:LEU:34:CA', 'A:THR:41:CA', 'C:VAL:73:CA', 'B:PRO:36:N', 'A:PRO:77:N', 'D:ALA:142:N', 'B:GLU:7:CA', 'B:VAL:109:N', 'D:GLN:127:N', 'D:LYS:61:CA', 'B:HIS:2:N', 'C:VAL:132:N', 'C:LYS:56:N', 'B:THR:38:N', 'A:THR:134:CA', 'B:PRO:100:N', 'C:TRP:14:N', 'B:VAL:111:N', 'D:SER:89:N', 'A:HIS:87:CA', 'D:LYS:65:N', 'A:HIS:87:N', 'A:VAL:93:N', 'B:SER:89:CA', 'C:VAL:17:N', 'C:LEU:29:N', 'D:VAL:134:N', 'B:ALA:138:CA', 'C:LYS:11:CA', 'A:ASP:75:N', 'B:GLU:7:N', 'C:SER:3:CA', 'A:HIS:112:N', 'B:HIS:97:N', 'B:GLN:127:CA', 'D:SER:9:N', 'D:PHE:42:CA', 'A:GLY:59:N', 'A:HIS:89:CA', 'C:LEU:48:N', 'C:LYS:139:CA', 'D:PHE:122:CA', 'D:ASN:102:N', 'A:GLY:59:CA', 'C:PHE:33:N', 'A:HIS:45:N', 'B:VAL:20:CA', 'D:ALA:13:N', 'A:LEU:48:CA', 'D:GLU:121:CA', 'B:LEU:75:CA', 'A:ALA:26:CA', 'D:THR:84:N', 'A:LEU:106:N', 'B:VAL:137:N', 'B:MET:55:CA', 'C:VAL:10:CA', 'D:HIS:97:CA', 'B:GLY:64:CA', 'C:PHE:46:N', 'B:THR:87:CA', 'D:ASN:108:N', 'A:GLY:25:CA', 'A:HIS:50:N', 'A:LEU:80:CA', 'A:ALA:65:N', 'C:SER:35:CA', 'C:LEU:91:CA', 'D:THR:12:CA', 'B:GLY:24:CA', 'D:GLU:101:N', 'B:PRO:51:CA', 'C:LYS:99:N', 'C:PHE:36:CA', 'C:THR:118:CA', 'C:VAL:135:N', 'B:PRO:58:CA', 'A:ASN:68:N', 'A:GLY:15:N', 'D:GLU:7:CA', 'D:ALA:13:CA', 'C:GLY:51:N', 'D:LEU:110:CA', 'B:CYS:112:N', 'B:GLN:131:CA', 'A:PRO:77:CA', 'D:ASN:19:N', 'D:HIS:146:N', 'A:PHE:128:CA', 'C:ALA:65:CA', 'B:GLN:131:N', 'A:SER:131:CA', 'D:THR:4:N', 'D:LYS:120:N', 'A:HIS:58:N', 'C:LEU:66:N', 'C:VAL:96:N', 'B:PHE:42:CA', 'A:VAL:121:N', 'C:LYS:11:N', 'C:LYS:16:CA', 'B:ARG:40:N', 'D:PRO:36:N', 'C:LEU:2:N', 'D:LEU:88:N', 'C:ALA:69:N', 'B:GLU:121:N', 'D:GLU:26:CA', 'A:THR:8:N', 'B:GLU:90:N', 'C:PRO:4:CA', 'B:LEU:141:N', 'D:THR:50:CA', 'D:THR:87:N', 'A:VAL:107:CA', 'B:VAL:137:CA', 'D:LYS:95:N', 'C:HIS:89:N', 'C:ALA:120:N', 'D:TYR:145:CA', 'D:VAL:111:CA', 'A:GLY:57:CA', 'B:PHE:42:N', 'C:TRP:14:CA', 'D:CYS:93:N', 'C:ARG:92:CA', 'C:ALA:63:N', 'C:LEU:29:CA', 'A:HIS:20:N', 'C:LEU:80:N', 'A:LEU:66:CA', 'B:ARG:104:CA', 'A:GLU:27:CA', 'C:GLU:116:N', 'B:LYS:144:CA', 'D:PRO:124:CA', 'B:ASN:139:CA', 'D:GLY:119:N', 'C:ALA:26:N', 'A:VAL:62:N', 'C:HIS:58:N', 'B:VAL:109:CA', 'C:SER:133:N', 'D:PRO:5:N', 'A:ASP:85:N', 'A:SER:81:CA', 'B:GLY:74:N', 'A:VAL:70:N', 'C:ALA:21:N', 'A:PHE:117:CA', 'A:VAL:1:CA', 'D:LYS:66:CA', 'B:LEU:106:N', 'C:PHE:98:N', 'A:HIS:103:N', 'D:VAL:20:N', 'D:GLY:46:CA', 'C:LEU:105:N', 'A:VAL:96:N', 'B:ASN:19:CA', 'D:GLU:43:CA', 'A:THR:118:N', 'A:MET:76:CA', 'B:LYS:66:CA', 'B:THR:84:CA', 'B:ASP:47:CA', 'C:SER:35:N', 'B:GLU:26:CA', 'D:ALA:62:CA', 'D:LEU:68:CA', 'D:PRO:124:N', 'A:HIS:103:CA', 'D:LEU:114:CA', 'C:ARG:31:CA', 'C:VAL:93:CA', 'B:ASN:19:N', 'A:HIS:89:N', 'A:LYS:7:CA', 'B:ASN:80:CA', 'A:ASP:64:N', 'C:ALA:111:N', 'A:SER:35:CA', 'A:GLY:18:N', 'C:LEU:105:CA', 'D:ALA:10:CA', 'A:ALA:115:N', 'B:ALA:138:N', 'A:ALA:13:CA', 'B:HIS:97:CA', 'C:ALA:12:N', 'C:THR:137:CA', 'D:THR:84:CA', 'B:THR:4:CA', 'C:VAL:17:CA', 'D:ASP:21:CA', 'C:ARG:31:N', 'D:VAL:133:N', 'D:TYR:130:N', 'A:PHE:46:CA', 'B:PRO:36:CA', 'C:GLN:54:N', 'B:LYS:65:CA', 'A:ALA:71:CA', 'A:LEU:129:CA', 'B:LEU:14:CA', 'D:LEU:110:N', 'A:PRO:4:N', 'D:SER:49:CA', 'A:TYR:24:CA', 'D:VAL:126:CA', 'B:LYS:65:N', 'B:ALA:128:CA', 'C:ALA:82:N', 'B:SER:49:N', 'C:PHE:128:CA', 'C:HIS:72:N', 'A:ALA:53:CA', 'A:THR:67:CA', 'A:VAL:135:CA', 'B:LYS:61:CA', 'B:ALA:135:CA', 'B:VAL:67:N', 'B:MET:55:N', 'B:SER:44:N', 'B:GLU:121:CA', 'D:GLY:107:N', 'D:VAL:113:CA', 'A:ALA:111:N', 'D:THR:87:CA', 'C:MET:32:CA', 'B:ALA:129:N', 'A:ARG:92:N', 'A:THR:137:N', 'C:ASP:6:N', 'B:CYS:93:N', 'A:LYS:99:CA', 'A:SER:138:CA', 'B:HIS:63:CA', 'B:GLU:22:N', 'C:LEU:66:CA', 'A:GLY:22:CA', 'B:VAL:1:N', 'B:GLY:56:N', 'C:ASP:64:CA', 'C:ALA:110:CA', 'D:VAL:11:N', 'B:TRP:37:N', 'C:LYS:61:N', 'B:LEU:48:CA', 'B:GLY:56:CA', 'B:ALA:86:CA', 'A:LYS:40:N', 'C:VAL:10:N', 'A:GLU:23:N', 'A:ALA:115:CA', 'B:ALA:27:CA', 'A:ASP:6:CA', 'C:HIS:72:CA', 'D:VAL:34:CA', 'D:TYR:35:N', 'D:TRP:37:N', 'D:LEU:81:CA', 'A:SER:49:N', 'B:GLY:107:N', 'D:VAL:60:N', 'B:LYS:95:N', 'C:CYS:104:CA', 'B:PRO:100:CA', 'C:ALA:19:N', 'D:PRO:100:CA', 'A:THR:38:CA', 'B:GLU:43:CA', 'D:CYS:93:CA', 'A:HIS:122:CA', 'B:ASN:80:N', 'D:LEU:91:CA', 'D:VAL:18:N', 'A:ASN:78:N', 'B:LYS:132:CA', 'C:ASN:97:N', 'D:TRP:15:CA', 'A:ALA:5:N', 'B:ALA:76:N', 'D:HIS:116:CA', 'A:LEU:125:CA', 'B:GLY:83:CA', 'B:ASP:94:CA', 'A:ALA:28:N', 'C:ALA:65:N', 'B:ARG:30:CA', 'A:VAL:62:CA', 'B:LEU:105:N', 'C:THR:67:N', 'A:GLU:27:N', 'B:VAL:54:N', 'A:LYS:56:CA', 'B:PRO:125:N', 'B:PRO:58:N', 'B:ALA:10:CA', 'C:LYS:16:N', 'C:HIS:87:N', 'B:VAL:134:CA', 'A:PHE:36:CA', 'A:LYS:40:CA', 'A:MET:76:N', 'A:ALA:130:N', 'C:GLU:30:N', 'B:PHE:103:CA', 'D:ALA:70:N', 'B:ASN:108:N', 'D:GLY:74:N', 'B:LEU:48:N', 'B:GLY:119:CA', 'D:PRO:36:CA', 'D:TRP:37:CA', 'D:GLU:22:N', 'A:VAL:73:CA', 'B:LEU:28:N', 'B:GLN:39:N', 'B:HIS:116:N', 'C:LYS:56:CA', 'D:THR:50:N', 'D:PHE:85:N', 'D:PHE:41:CA', 'C:ASP:85:CA', 'B:ASP:52:CA', 'C:VAL:121:CA', 'C:ASP:47:CA', 'D:VAL:137:N', 'B:ALA:62:CA', 'A:CYS:104:N', 'C:VAL:1:N', 'D:HIS:2:N', 'B:GLY:107:CA', 'B:VAL:18:CA', 'D:LEU:105:N', 'B:VAL:126:CA', 'D:GLY:136:CA', 'A:LYS:90:N', 'C:GLU:27:N', 'C:LYS:60:CA', 'C:ASP:74:N', 'A:ASP:126:N', 'A:ARG:92:CA', 'A:ALA:82:N', 'A:ASP:47:N', 'D:LYS:132:CA', 'C:HIS:103:CA', 'C:PHE:43:N', 'B:ALA:62:N', 'C:PRO:37:N', 'B:THR:50:CA', 'D:LEU:48:N', 'C:PHE:36:N', 'D:LEU:106:CA', 'A:GLU:23:CA', 'A:GLU:30:CA', 'A:ARG:141:CA', 'B:LEU:3:CA', 'B:VAL:11:N', 'D:ASN:57:N', 'D:HIS:63:N', 'D:ALA:138:CA', 'D:GLN:39:N', 'A:SER:52:CA', 'C:PHE:128:N', 'B:LYS:82:N', 'D:LYS:144:CA', 'B:VAL:33:CA', 'A:LEU:100:CA', 'B:VAL:34:N', 'B:ASN:108:CA', 'B:LEU:110:N', 'D:ASP:21:N', 'D:GLU:121:N', 'D:LYS:65:CA', 'B:LEU:96:CA', 'A:ASN:9:N', 'B:VAL:11:CA', 'A:LYS:139:N', 'C:SER:138:N', 'D:LYS:17:N', 'D:PRO:51:N', 'B:ALA:115:CA', 'C:ALA:28:N', 'C:ASN:97:CA', 'D:HIS:92:N', 'B:GLY:46:N', 'C:ALA:88:N', 'D:GLY:119:CA', 'D:ALA:140:CA', 'B:GLY:83:N', 'C:ASN:9:N', 'C:LYS:40:N', 'D:LEU:68:N', 'B:TYR:130:CA', 'C:PRO:95:N', 'A:LEU:129:N', 'C:PRO:119:CA', 'B:PHE:122:CA', 'C:SER:131:N', 'D:VAL:109:N', 'D:GLY:74:CA', 'D:GLY:136:N', 'D:LEU:81:N', 'B:LEU:68:CA', 'A:ALA:21:CA', 'B:THR:12:N', 'D:LYS:95:CA', 'D:LEU:75:CA', 'C:PRO:114:CA', 'B:GLY:74:CA', 'C:ALA:53:N', 'C:ASP:75:N', 'D:ALA:10:N', 'D:ASN:80:CA', 'C:PHE:33:CA', 'D:LEU:91:N', 'D:ASP:94:N', 'B:ARG:104:N', 'B:ALA:70:CA', 'C:ARG:141:N', 'D:HIS:117:CA', 'B:ALA:27:N', 'B:GLU:6:N', 'A:ALA:123:CA', 'B:PHE:85:N', 'A:GLU:116:N', 'A:LEU:106:CA', 'C:THR:38:N', 'A:SER:102:N', 'B:HIS:77:N', 'B:VAL:126:N', 'D:GLY:56:CA', 'A:ASP:75:CA', 'A:ASN:97:N', 'C:TYR:24:CA', 'A:ALA:130:CA', 'D:GLU:6:N', 'D:VAL:126:N', 'B:LYS:144:N', 'A:PHE:128:N', 'C:ASN:68:N', 'A:VAL:17:N', 'C:VAL:93:N', 'D:GLY:16:N', 'D:TYR:35:CA', 'A:HIS:58:CA', 'A:LYS:127:CA', 'C:SER:133:CA', 'D:THR:123:CA', 'B:HIS:117:N', 'A:VAL:17:CA', 'B:GLY:136:N', 'A:LYS:127:N', 'C:ASP:6:CA', 'C:THR:134:CA', 'D:LYS:82:N', 'D:ALA:135:N', 'D:VAL:18:CA', 'D:THR:12:N', 'D:LEU:32:N', 'B:SER:44:CA', 'B:VAL:113:CA', 'B:GLU:101:CA', 'C:VAL:55:N', 'C:GLY:18:CA', 'A:PRO:4:CA', 'C:ALA:53:CA', 'C:GLY:22:CA', 'A:MET:32:CA', 'B:VAL:23:CA', 'A:GLU:116:CA', 'B:VAL:98:CA', 'A:LEU:29:CA', 'C:SER:102:N', 'A:LEU:113:CA', 'C:LYS:90:N', 'C:SER:138:CA', 'C:VAL:121:N', 'A:HIS:45:CA', 'B:ASP:79:CA', 'B:ALA:129:CA', 'A:LEU:113:N', 'C:LYS:40:CA', 'D:PRO:125:N', 'D:GLN:131:CA', 'A:THR:134:N', 'C:GLY:57:CA', 'B:VAL:60:CA', 'B:PRO:124:CA', 'C:TYR:24:N', 'B:LYS:59:N', 'C:GLN:54:CA', 'C:ASP:64:N', 'A:ALA:79:N', 'A:THR:67:N', 'D:PHE:103:CA', 'A:SER:3:N', 'B:ASN:57:CA', 'B:LEU:28:CA', 'A:VAL:135:N', 'D:GLY:46:N', 'B:VAL:54:CA', 'D:ASP:73:CA', 'B:GLY:119:N', 'C:ASP:75:CA', 'B:ALA:13:CA', 'B:HIS:116:CA', 'B:ALA:142:CA', 'C:ASP:126:CA', 'D:ALA:135:CA', 'A:THR:108:N', 'B:VAL:134:N', 'A:ALA:82:CA', 'B:THR:50:N', 'A:ASP:74:CA', 'C:GLY:18:N', 'A:PHE:36:N', 'C:VAL:62:N', 'C:ASP:74:CA', 'D:LEU:96:CA', 'B:TYR:145:CA', 'A:SER:124:CA', 'B:ASP:21:CA', 'D:HIS:63:CA', 'B:CYS:93:CA', 'B:HIS:146:N', 'C:SER:131:CA', 'B:PRO:51:N', 'C:ALA:71:CA', 'A:LYS:11:N', 'D:PHE:118:N', 'C:HIS:45:N', 'D:ALA:140:N', 'D:HIS:143:CA', 'B:THR:87:N', 'B:LEU:141:CA', 'D:LEU:28:N', 'D:LEU:114:N', 'A:THR:38:N', 'D:GLY:83:N', 'A:PHE:46:N', 'B:HIS:143:CA', 'B:ALA:128:N', 'A:ASP:126:CA', 'D:HIS:92:CA', 'B:LEU:88:N', 'D:GLY:25:CA', 'D:SER:44:CA', 'D:ARG:104:N', 'A:VAL:132:CA', 'C:VAL:62:CA', 'C:HIS:122:CA', 'B:PRO:124:N', 'C:THR:41:N', 'D:ASP:47:CA', 'D:PRO:51:CA', 'D:LYS:8:N', 'A:HIS:50:CA', 'C:GLY:59:N', 'C:CYS:104:N', 'A:ARG:141:N', 'B:LYS:8:N', 'B:LYS:95:CA', 'C:TYR:140:CA', 'D:GLU:43:N', 'A:ASP:6:N', 'A:LEU:125:N', 'B:ASN:102:N', 'D:LEU:32:CA', 'B:HIS:92:CA', 'B:VAL:133:CA', 'C:ALA:26:CA', 'D:ASN:108:CA', 'B:ALA:53:CA', 'C:THR:8:N', 'B:PRO:5:CA', 'D:PHE:85:CA', 'C:GLY:25:N', 'D:LYS:82:CA', 'A:SER:102:CA', 'C:GLY:51:CA', 'D:VAL:137:CA', 'D:LYS:8:CA', 'D:LEU:88:CA', 'D:ALA:53:N', 'D:GLN:127:CA', 'D:CYS:112:N', 'A:GLN:54:N', 'A:ALA:65:CA', 'B:GLY:16:CA', 'B:GLU:22:CA', 'C:THR:39:N', 'D:GLU:26:N', 'A:TYR:24:N', 'B:TYR:35:CA', 'D:PRO:58:CA', 'B:THR:84:N', 'A:LYS:60:N', 'A:LEU:86:CA', 'B:THR:123:N', 'A:PRO:119:N', 'B:GLU:6:CA', 'B:GLY:25:N', 'B:ASP:73:N', 'C:TYR:42:N', 'B:THR:123:CA', 'C:LEU:109:CA', 'D:PRO:5:CA', 'A:SER:52:N'].

High-level function#

We also provide a higher level function to combine multiple selections which wraps all of the aforementioned functions. All of the selections described previously can be performed with the extract_subgraph function:

extract_subgraph(
    g: nx.Graph,
    node_list: Optional[List[str]] = None,
    sequence_positions: Optional[List[str]] = None,
    chains: Optional[List[str]] = None,
    residue_types: Optional[List[str]] = None,
    atom_types: Optional[List[str]] = None,
    bond_types: Optional[List[str]] = None,
    centre_point: Optional[
        Union[np.ndarray, Tuple[float, float, float]]
    ] = None,
    radius: Optional[float] = None,
    k_hop_central_node: Optional[str] = None,
    k_hops: Optional[int] = None,
    k_only: Optional[bool] = None,
    filter_dataframe: bool = True,
    inverse: bool = False,
    return_node_list: bool = False,
) -> Union[nx.Graph, List[str]]:

[27]:

from graphein.protein.subgraphs import extract_subgraph
## Node list selection
s_g = extract_subgraph(g, node_list=NODE_LIST, inverse=False)

# Sequence position selection
s_g = extract_subgraph(g, sequence_positions=SEQUENCE_POSITIONS, inverse=False)

# chain selection
s_g = extract_subgraph(g, chains=["A", "B"], inverse=False)

# Performing selections with multiple methods

s_g = extract_subgraph(g, node_list=NODE_LIST, chains = ["A"], inverse=False)

plotly_protein_structure_graph(s_g, node_size_min=10, node_size_multiplier=1)

DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['C:GLY:22', 'C:ARG:31', 'B:TYR:145', 'B:LEU:105', 'B:HIS:92', 'C:SER:35', 'B:ALA:86', 'C:THR:41', 'B:VAL:98', 'C:ALA:12', 'B:ASN:139', 'B:VAL:126', 'B:HIS:143', 'B:HIS:116', 'B:LEU:110', 'C:LEU:34', 'B:LEU:141', 'C:GLY:51', 'C:VAL:17', 'B:LEU:106', 'C:GLU:30', 'B:LYS:95', 'C:HIS:20', 'C:ALA:69', 'C:ASP:6', 'B:ALA:115', 'B:PHE:85', 'C:ASP:47', 'C:THR:38', 'C:ALA:21', 'B:HIS:117', 'C:VAL:1', 'B:ALA:129', 'B:ALA:142', 'C:VAL:70', 'C:LEU:29', 'C:VAL:55', 'C:ALA:5', 'B:VAL:133', 'C:ALA:71', 'B:LEU:96', 'C:PRO:44', 'C:ALA:53', 'C:THR:39', 'C:SER:52', 'B:CYS:93', 'C:MET:32', 'B:VAL:113', 'B:GLY:83', 'B:TYR:130', 'B:LYS:132', 'B:VAL:134', 'C:LYS:7', 'B:ALA:138', 'C:HIS:45', 'C:ALA:26', 'C:ALA:28', 'C:GLY:59', 'C:GLN:54', 'B:HIS:97', 'C:SER:49', 'C:LYS:61', 'B:ASP:99', 'B:PHE:122', 'C:PRO:4', 'B:PHE:118', 'C:LEU:48', 'C:PHE:43', 'C:LYS:16', 'C:TRP:14', 'B:PRO:124', 'B:HIS:146', 'C:GLY:15', 'B:ASN:102', 'B:LYS:82', 'C:PRO:37', 'B:GLY:107', 'C:LEU:2', 'C:LEU:66', 'C:HIS:50', 'B:THR:87', 'B:GLN:127', 'C:ASN:68', 'C:GLY:57', 'C:ALA:65', 'C:VAL:10', 'B:LEU:88', 'C:GLY:18', 'C:LYS:40', 'B:GLY:136', 'B:GLU:101', 'C:PHE:33', 'C:ALA:63', 'B:THR:123', 'C:ALA:19', 'B:ALA:135', 'C:GLY:25', 'C:TYR:42', 'B:CYS:112', 'B:PHE:103', 'C:LYS:56', 'C:SER:3', 'C:ASN:9', 'B:ALA:140', 'B:VAL:111', 'B:SER:89', 'B:ARG:104', 'B:LEU:91', 'B:PRO:100', 'C:ALA:13', 'C:THR:67', 'B:ASP:94', 'B:GLY:119', 'B:VAL:137', 'B:PRO:125', 'C:PHE:36', 'C:VAL:62', 'C:HIS:58', 'B:GLU:90', 'B:GLU:121', 'B:VAL:109', 'C:PHE:46', 'C:TYR:24', 'B:ASN:108', 'B:LYS:144', 'C:GLU:23', 'C:GLU:27', 'B:THR:84', 'C:LYS:60', 'B:LYS:120', 'B:ALA:128', 'B:LEU:114', 'B:GLN:131', 'C:THR:8', 'C:LYS:11', 'C:ASP:64'].
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 1506 nodes in the sequence position subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['D:ASP:47:N', 'C:THR:39:CB', 'B:LYS:17:CB', 'B:LEU:75:C', 'C:ALA:63:C', 'B:VAL:67:CA', 'B:ALA:27:O', 'D:LYS:95:C', 'B:ASP:99:C', 'B:VAL:1:CA', 'C:THR:41:CA', 'B:TYR:35:CZ', 'A:LYS:99:CE', 'B:LEU:3:N', 'A:ARG:31:NH1', 'A:VAL:73:N', 'B:TRP:15:C', 'D:LYS:95:CE', 'D:GLY:83:CA', 'C:ALA:79:N', 'A:GLY:15:O', 'D:LEU:75:O', 'B:TYR:35:CD2', 'D:SER:9:O', 'C:SER:49:C', 'D:TRP:15:CZ2', 'B:TRP:37:NE1', 'B:LYS:17:C', 'A:PRO:77:CD', 'C:LEU:91:O', 'A:ASN:9:O', 'D:VAL:1:N', 'D:ASP:47:CB', 'D:PHE:71:CA', 'D:ASP:47:OD1', 'B:GLU:7:CB', 'C:GLY:15:CA', 'B:VAL:23:C', 'B:TYR:35:N', 'C:ASN:9:CG', 'A:THR:67:C', 'D:MET:55:CA', 'B:HIS:97:CE1', 'B:GLU:7:OE2', 'D:PRO:51:O', 'A:GLU:27:C', 'A:THR:39:CA', 'B:ASN:19:O', 'B:TYR:35:CB', 'B:GLY:69:N', 'D:TRP:37:NE1', 'C:ALA:79:C', 'D:LYS:95:NZ', 'C:THR:41:CB', 'C:THR:39:OG1', 'D:VAL:33:CA', 'C:ASP:75:O', 'D:THR:87:C', 'A:LYS:7:C', 'D:GLY:83:O', 'B:TRP:37:CD2', 'C:SER:3:OG', 'B:ALA:27:C', 'D:PHE:85:CE1', 'D:PHE:71:CG', 'B:PHE:71:C', 'A:ARG:31:NE', 'B:TRP:15:CE2', 'C:LEU:83:CA', 'A:GLY:51:CA', 'D:VAL:1:CG1', 'C:ALA:69:CA', 'B:LEU:81:CA', 'B:LEU:91:CD1', 'B:SER:49:CA', 'A:VAL:1:CG1', 'B:GLY:29:N', 'C:GLU:23:CA', 'B:ASP:79:CB', 'B:PHE:45:O', 'C:GLY:59:CA', 'D:LEU:3:CB', 'C:LEU:83:C', 'B:SER:9:CB', 'B:LYS:59:C', 'D:LYS:65:CB', 'A:SER:81:N', 'C:HIS:45:CB', 'C:GLU:27:O', 'C:LYS:11:C', 'B:LEU:91:CA', 'B:ASP:73:CB', 'D:LEU:3:C', 'B:HIS:77:C', 'A:PRO:95:N', 'D:PHE:71:O', 'D:ASP:99:OD2', 'B:SER:89:OG', 'A:LYS:11:CD', 'C:ARG:31:NE', 'C:PRO:37:CD', 'D:HIS:77:N', 'D:ASN:57:OD1', 'D:THR:87:CG2', 'B:TRP:15:O', 'D:ASP:99:C', 'A:LEU:91:CD1', 'D:ASN:19:OD1', 'A:ALA:5:C', 'C:VAL:55:C', 'A:GLU:23:O', 'D:GLY:29:C', 'A:PRO:77:C', 'D:PHE:41:CE1', 'B:GLY:69:C', 'D:VAL:67:N', 'B:PHE:85:CG', 'C:PHE:43:CB', 'D:PHE:85:CZ', 'C:LYS:61:CE', 'B:TRP:15:CD1', 'B:LYS:95:CD', 'C:VAL:55:CB', 'A:ALA:69:CA', 'A:ALA:21:CB', 'B:LYS:59:NZ', 'A:ASN:9:ND2', 'A:LYS:61:CE', 'C:ALA:21:O', 'C:LYS:99:CA', 'D:PHE:45:CA', 'D:GLU:43:CG', 'B:LEU:31:CA', 'B:TRP:15:N', 'C:PRO:77:CG', 'D:LEU:31:N', 'D:VAL:23:CG2', 'A:ARG:31:O', 'A:SER:3:CA', 'D:LEU:31:CA', 'A:GLU:27:CD', 'D:GLY:69:CA', 'B:SER:49:OG', 'B:VAL:33:CG1', 'A:SER:49:C', 'A:ALA:19:CA', 'D:TRP:15:C', 'B:VAL:1:O', 'C:LYS:7:NZ', 'C:HIS:87:O', 'C:ASP:47:OD2', 'B:LYS:17:CD', 'B:LEU:81:N', 'A:PHE:43:CA', 'C:ALA:21:CA', 'B:ASP:79:C', 'B:LEU:91:CB', 'D:LEU:3:CA', 'D:TRP:15:N', 'B:GLY:29:C', 'B:ASP:21:CB', 'A:THR:67:CG2', 'D:ASN:57:C', 'D:HIS:97:N', 'D:LYS:59:CG', 'B:LYS:65:CG', 'C:LYS:11:CB', 'A:VAL:55:N', 'C:PHE:43:CZ', 'A:VAL:55:CG2', 'A:ALA:21:N', 'A:VAL:93:CB', 'A:ALA:63:N', 'A:ASN:9:CA', 'C:ALA:71:O', 'B:ASP:79:OD2', 'A:VAL:1:O', 'C:GLU:27:CD', 'C:GLY:25:CA', 'C:ARG:31:CG', 'A:GLU:23:CG', 'C:GLU:23:N', 'D:ASP:73:CB', 'D:VAL:33:N', 'B:HIS:63:C', 'C:PRO:77:CA', 'C:ASP:85:N', 'B:THR:87:OG1', 'B:PHE:41:CD2', 'A:LEU:91:CA', 'B:HIS:63:ND1', 'B:GLY:83:C', 'B:ASN:19:OD1', 'A:ALA:69:N', 'D:PHE:85:CD1', 'A:PHE:33:CD1', 'B:ASN:57:C', 'D:GLY:25:C', 'A:VAL:17:CB', 'D:PHE:71:C', 'D:LYS:65:N', 'A:HIS:87:N', 'C:LEU:29:N', 'C:LYS:11:CA', 'B:GLU:7:N', 'B:HIS:97:N', 'A:GLU:23:OE2', 'A:HIS:89:CA', 'A:GLY:59:CA', 'D:LYS:95:O', 'B:ASP:99:OD2', 'B:TRP:15:NE1', 'C:ASP:75:C', 'A:GLU:23:CD', 'A:PHE:43:CD1', 'A:VAL:1:CB', 'A:HIS:87:CB', 'C:ALA:19:C', 'C:GLY:51:N', 'C:ALA:65:CA', 'D:PRO:51:CD', 'A:ASN:97:OD1', 'A:GLY:25:O', 'D:PHE:41:CE2', 'D:VAL:23:C', 'D:PHE:71:CE1', 'C:PHE:43:CE2', 'A:VAL:55:C', 'D:LEU:91:O', 'A:LYS:99:CD', 'B:PHE:45:C', 'D:GLN:39:CB', 'D:PHE:41:CG', 'D:CYS:93:N', 'C:ALA:63:N', 'B:TRP:15:CE3', 'C:ASP:47:OD1', 'D:LYS:61:O', 'B:GLU:43:O', 'D:LYS:17:CD', 'C:ALA:21:N', 'C:ASP:47:O', 'D:ALA:27:C', 'C:GLU:23:C', 'D:TRP:15:CD2', 'C:GLU:23:CB', 'B:TRP:37:CG', 'A:HIS:89:NE2', 'C:ALA:19:O', 'C:PRO:77:O', 'C:VAL:93:CA', 'B:ASN:19:N', 'A:LYS:7:CA', 'D:GLN:39:C', 'D:GLU:7:OE1', 'D:TYR:35:O', 'B:HIS:97:CA', 'D:TRP:15:CE2', 'B:GLU:7:CG', 'B:LYS:65:CA', 'D:VAL:33:CB', 'B:LYS:65:N', 'B:LYS:61:CG', 'A:ALA:53:CA', 'A:LEU:29:CB', 'B:VAL:67:N', 'D:TRP:37:CH2', 'B:LYS:61:CD', 'A:LYS:7:CG', 'C:THR:41:O', 'A:HIS:89:C', 'D:VAL:11:N', 'D:ALA:53:C', 'B:LYS:61:CB', 'C:VAL:73:C', 'D:GLN:39:OE1', 'B:LYS:59:O', 'B:GLN:39:NE2', 'D:TYR:35:N', 'B:ALA:27:CA', 'D:LEU:81:CA', 'C:HIS:87:CB', 'C:SER:49:CB', 'B:LYS:65:CE', 'B:GLU:43:CA', 'A:ALA:5:N', 'B:GLY:25:C', 'C:GLU:23:CD', 'C:PHE:33:CG', 'D:ASP:79:OD1', 'B:PRO:51:C', 'B:PHE:85:CD1', 'C:THR:67:N', 'A:GLU:27:N', 'C:ALA:5:C', 'D:PRO:5:CG', 'C:ARG:31:NH2', 'A:PHE:33:CE2', 'A:PRO:37:CB', 'D:VAL:67:C', 'A:ALA:79:CB', 'C:HIS:45:CE1', 'C:HIS:87:N', 'D:PRO:5:CB', 'A:LYS:99:CB', 'D:LEU:31:C', 'B:TRP:15:CZ3', 'C:PHE:33:CB', 'D:LYS:95:CG', 'D:HIS:97:ND1', 'A:GLY:59:C', 'B:LYS:59:CE', 'D:CYS:93:C', 'B:GLU:43:CD', 'D:PHE:85:N', 'B:TRP:37:CD1', 'A:LEU:83:CG', 'D:VAL:67:O', 'C:ASP:47:CA', 'D:LYS:17:CE', 'A:HIS:89:O', 'A:SER:81:C', 'C:PRO:37:N', 'A:PHE:43:O', 'B:SER:9:C', 'C:VAL:55:O', 'A:THR:39:CB', 'D:LYS:61:CB', 'D:VAL:1:C', 'D:PRO:51:N', 'A:ASP:75:CB', 'A:LEU:91:CG', 'D:TRP:37:CZ2', 'B:SER:89:C', 'B:GLN:39:C', 'C:VAL:93:CB', 'D:SER:49:OG', 'A:PHE:43:C', 'D:LEU:75:CA', 'C:ALA:53:N', 'C:ALA:71:CB', 'C:PHE:33:CA', 'C:ALA:69:CB', 'B:ASP:21:C', 'A:ASN:97:ND2', 'A:ASP:75:CA', 'A:ASN:97:N', 'B:ASN:57:CB', 'A:VAL:17:N', 'B:PRO:5:CG', 'D:ASP:21:CB', 'B:HIS:77:CD2', 'D:PHE:71:CB', 'D:LYS:17:CG', 'A:GLU:27:OE2', 'B:ASP:47:CB', 'B:VAL:23:CG1', 'D:SER:89:CB', 'A:GLY:25:C', 'D:TRP:37:CD1', 'C:LYS:11:NZ', 'D:SER:89:C', 'A:HIS:87:NE2', 'D:ASP:73:CG', 'D:LYS:95:CB', 'A:ASP:75:OD1', 'A:THR:67:N', 'A:PHE:33:CD2', 'B:ASN:57:CA', 'A:SER:3:C', 'B:PHE:41:CE2', 'C:ASP:75:CA', 'B:HIS:77:CE1', 'B:ASP:21:CA', 'D:HIS:63:CA', 'A:LYS:11:N', 'C:VAL:93:CG2', 'B:PHE:71:CG', 'C:PRO:37:CG', 'C:GLY:59:N', 'A:ALA:65:O', 'D:GLY:25:O', 'B:PRO:51:O', 'B:HIS:77:CB', 'A:GLY:15:C', 'D:LEU:81:CG', 'D:VAL:11:CB', 'C:THR:41:OG1', 'C:THR:39:O', 'D:LYS:65:CG', 'D:PRO:5:CA', 'D:VAL:11:CG2', 'A:LEU:91:CD2', 'A:VAL:93:CA', 'C:GLY:15:C', 'A:HIS:87:ND1', 'D:GLY:25:N', 'C:THR:41:C', 'B:PHE:41:CD1', 'A:LYS:11:C', 'B:ASP:73:O', 'C:ALA:5:N', 'C:SER:81:N', 'C:THR:39:CA', 'A:LYS:61:N', 'B:SER:49:O', 'C:SER:49:N', 'B:LEU:75:N', 'C:LYS:61:CA', 'D:LEU:31:CD1', 'D:ASN:57:CB', 'B:TRP:37:C', 'B:VAL:1:CB', 'C:PHE:43:CD2', 'D:ALA:13:CB', 'B:LYS:17:NZ', 'D:LYS:61:CE', 'B:PHE:41:C', 'A:PHE:43:CZ', 'D:ASP:79:CA', 'A:LEU:29:N', 'D:CYS:93:SG', 'B:VAL:1:CG2', 'B:ASP:21:O', 'A:ALA:69:O', 'A:ASN:9:CB', 'A:HIS:89:ND1', 'D:PRO:51:C', 'B:LEU:3:CD1', 'D:VAL:33:C', 'A:HIS:45:CB', 'B:GLY:25:CA', 'D:HIS:97:CD2', 'A:LYS:7:O', 'A:PRO:37:CA', 'A:LYS:61:CA', 'C:PRO:95:O', 'C:LYS:7:CG', 'B:LEU:81:C', 'B:TRP:37:CA', 'C:ASN:9:CB', 'C:PRO:37:CB', 'D:LYS:95:CD', 'A:PHE:33:C', 'B:GLY:29:O', 'B:LEU:91:N', 'A:ALA:5:CB', 'A:ASN:97:O', 'B:PHE:45:N', 'A:PRO:37:CD', 'B:MET:55:CG', 'A:ASP:85:OD2', 'B:PHE:45:CD2', 'C:ARG:31:O', 'B:LEU:31:CD2', 'A:VAL:73:O', 'A:PRO:95:C', 'C:LEU:83:CB', 'C:THR:39:C', 'D:PHE:45:CE1', 'A:ALA:13:O', 'A:LYS:61:CB', 'D:GLU:7:N', 'B:TRP:37:CE3', 'B:LEU:91:CD2', 'A:ASP:47:CB', 'B:GLU:43:N', 'D:ALA:53:CA', 'B:LEU:31:O', 'C:PHE:33:O', 'A:PRO:77:O', 'C:LYS:99:O', 'D:TYR:35:CE1', 'D:ALA:27:N', 'A:ALA:71:N', 'A:HIS:89:CB', 'C:HIS:45:CA', 'C:THR:67:CB', 'B:PHE:85:CA', 'C:GLY:51:C', 'A:LEU:29:CD2', 'D:LYS:65:CE', 'B:PHE:45:CB', 'A:ALA:13:CB', 'D:GLU:7:C', 'D:SER:49:N', 'A:LEU:83:CD1', 'C:ASN:97:CG', 'B:TRP:37:CE2', 'B:VAL:23:CB', 'C:SER:49:O', 'B:PRO:51:CB', 'C:GLU:27:CG', 'A:LYS:61:O', 'A:LEU:83:CB', 'C:GLY:59:C', 'D:MET:55:C', 'D:CYS:93:O', 'D:HIS:77:O', 'A:LEU:91:C', 'C:GLU:27:OE2', 'B:SER:89:N', 'A:LYS:7:CE', 'C:GLU:27:CB', 'D:TRP:15:CD1', 'C:VAL:73:CG1', 'C:PHE:43:CG', 'C:SER:3:N', 'D:ASN:19:CA', 'A:SER:35:O', 'A:ALA:19:N', 'C:HIS:45:CD2', 'C:LYS:7:O', 'D:ASN:19:ND2', 'D:PHE:45:C', 'A:LYS:7:N', 'A:ASP:75:OD2', 'B:GLY:83:O', 'B:PHE:71:CE1', 'C:ASP:47:N', 'D:GLN:39:CA', 'A:ALA:53:N', 'B:LYS:95:O', 'A:ALA:19:C', 'C:VAL:55:CG1', 'A:GLU:23:OE1', 'A:PRO:37:N', 'B:ASN:57:OD1', 'B:VAL:11:CB', 'C:VAL:1:CB', 'B:PHE:45:CG', 'B:LEU:75:CD1', 'D:PHE:45:CD1', 'C:HIS:87:CE1', 'C:PHE:43:CE1', 'C:LEU:29:CB', 'D:ASP:73:N', 'C:ALA:19:CA', 'B:LEU:3:C', 'A:THR:41:OG1', 'A:LEU:83:CA', 'B:PHE:71:O', 'D:PHE:71:N', 'A:HIS:87:CD2', 'C:VAL:73:N', 'D:VAL:23:N', 'B:LEU:75:O', 'A:ASP:47:OD1', 'C:THR:41:CG2', 'D:LYS:59:N', 'D:TYR:35:CE2', 'B:VAL:67:CG1', 'A:ASP:85:O', 'A:ARG:31:CA', 'D:LYS:17:CA', 'C:LYS:7:CA', 'D:HIS:97:NE2', 'C:ASP:85:OD1', 'C:ALA:13:C', 'B:SER:89:O', 'A:PHE:33:O', 'D:GLY:29:CA', 'A:PHE:43:N', 'C:HIS:89:ND1', 'A:THR:39:C', 'D:LEU:91:CD2', 'D:TYR:35:CZ', 'D:GLU:7:O', 'C:LEU:29:CD1', 'A:HIS:87:CA', 'A:ASN:9:C', 'C:GLU:23:CG', 'C:ALA:79:CB', 'A:PRO:77:CG', 'A:ASP:47:C', 'C:SER:3:CA', 'A:HIS:87:CG', 'D:SER:9:N', 'D:TRP:15:CB', 'A:GLY:59:N', 'A:GLY:59:O', 'A:HIS:45:N', 'A:VAL:93:C', 'A:SER:81:O', 'D:GLU:43:OE1', 'D:ASP:79:C', 'C:HIS:45:ND1', 'B:THR:87:CA', 'D:SER:9:C', 'A:GLY:25:CA', 'C:SER:35:CA', 'D:LEU:3:CD2', 'A:ALA:65:N', 'C:LEU:91:CA', 'D:SER:89:O', 'B:PRO:51:CA', 'D:MET:55:CB', 'D:ALA:13:CA', 'A:THR:41:O', 'D:PHE:71:CZ', 'B:GLN:39:CD', 'D:ASN:19:N', 'A:LEU:91:CB', 'C:PRO:95:CD', 'D:LEU:75:CB', 'C:GLY:25:C', 'C:LYS:11:N', 'D:PRO:51:CG', 'B:VAL:11:CG2', 'C:ASN:9:ND2', 'C:HIS:89:N', 'C:GLY:51:O', 'D:ASP:73:C', 'D:LEU:91:CD1', 'A:VAL:17:CG2', 'C:ARG:31:CD', 'A:SER:3:O', 'A:ASP:85:N', 'A:SER:81:CA', 'C:HIS:89:CE1', 'D:ALA:27:CB', 'D:TRP:37:CB', 'B:ASP:79:OD1', 'A:VAL:73:CG1', 'D:GLY:83:C', 'B:ASP:47:O', 'C:SER:35:N', 'B:PHE:85:C', 'A:LEU:29:O', 'A:HIS:89:N', 'D:ASP:79:CG', 'C:LEU:29:CD2', 'C:ARG:31:CB', 'B:TRP:15:CH2', 'C:SER:3:C', 'D:PHE:45:O', 'C:ALA:63:CB', 'A:LYS:11:NZ', 'B:PRO:51:CD', 'D:LYS:61:C', 'D:SER:49:CA', 'D:LEU:31:CB', 'D:LEU:81:CB', 'B:ALA:53:O', 'B:PHE:41:CG', 'D:THR:87:CA', 'D:PHE:85:CE2', 'B:HIS:63:NE2', 'B:CYS:93:N', 'A:PHE:33:CZ', 'A:LEU:91:O', 'C:PHE:33:CD1', 'C:GLU:23:O', 'A:VAL:55:O', 'B:LYS:95:CB', 'B:LYS:95:N', 'D:ASN:19:CB', 'C:LYS:99:C', 'B:LEU:91:C', 'A:ALA:53:C', 'C:ASN:97:N', 'B:TYR:35:CD1', 'D:LEU:3:CG', 'C:GLY:25:O', 'C:ALA:65:N', 'B:ASN:19:ND2', 'D:HIS:63:CE1', 'A:SER:49:OG', 'B:TRP:37:CZ2', 'D:HIS:97:CE1', 'D:TRP:37:CA', 'B:VAL:23:CG2', 'A:PRO:37:C', 'B:PHE:71:CE2', 'B:LEU:3:CG', 'D:PHE:85:CD2', 'B:THR:87:C', 'D:PHE:85:CG', 'C:VAL:1:N', 'C:ASP:85:O', 'C:LYS:11:CD', 'D:VAL:23:O', 'D:PHE:41:CB', 'A:GLU:23:CA', 'B:VAL:11:N', 'D:HIS:63:N', 'D:TRP:15:CZ3', 'D:LEU:81:O', 'B:CYS:93:O', 'C:LYS:99:CG', 'A:GLU:27:CB', 'D:LEU:31:O', 'D:PHE:71:CD1', 'B:HIS:97:CB', 'D:LYS:17:N', 'D:PHE:41:CD2', 'D:MET:55:O', 'A:LYS:7:CB', 'C:VAL:1:O', 'C:SER:35:OG', 'C:PRO:95:C', 'B:GLY:83:N', 'B:LYS:59:CG', 'B:LEU:81:O', 'A:HIS:87:C', 'C:ALA:13:O', 'C:ASP:75:N', 'C:ALA:13:CB', 'B:ASP:47:CG', 'A:ALA:65:CB', 'B:ALA:27:CB', 'C:VAL:17:C', 'C:ASP:85:CG', 'C:VAL:55:N', 'C:ALA:53:CA', 'B:PHE:45:CD1', 'B:LEU:31:CB', 'A:LYS:11:O', 'B:GLU:7:C', 'A:LYS:99:C', 'C:ALA:71:C', 'D:TYR:35:CD1', 'C:GLY:57:CA', 'B:VAL:1:CG1', 'D:LYS:59:C', 'A:SER:3:N', 'D:HIS:63:ND1', 'C:VAL:1:CG2', 'A:ASN:9:OD1', 'D:SER:89:OG', 'B:ASP:79:CG', 'D:LYS:59:NZ', 'D:ASP:47:CA', 'A:PHE:43:CE1', 'A:LYS:7:NZ', 'C:THR:67:O', 'B:LYS:95:CA', 'C:PHE:43:C', 'C:ASN:97:ND2', 'D:ASP:73:O', 'C:ALA:65:CB', 'B:LYS:59:CD', 'C:SER:3:O', 'B:PRO:5:CA', 'C:ALA:69:C', 'C:GLY:51:CA', 'C:PHE:33:C', 'D:ALA:53:N', 'D:VAL:67:CB', 'A:THR:41:CB', 'C:VAL:93:C', 'D:HIS:77:CB', 'C:THR:39:N', 'B:MET:55:CB', 'C:LYS:99:CE', 'D:LYS:95:N', 'C:LEU:83:N', 'D:TRP:15:CE3', 'D:GLN:39:CD', 'A:PRO:95:O', 'D:SER:9:CA', 'B:SER:9:N', 'B:ASP:99:CA', 'B:HIS:97:ND1', 'C:LYS:99:CB', 'A:SER:81:CB', 'A:VAL:73:CB', 'C:HIS:87:CA', 'B:ASP:79:N', 'C:ALA:71:N', 'B:VAL:1:C', 'B:TYR:35:CE1', 'D:LEU:75:N', 'B:ASP:73:C', 'A:ASP:85:CA', 'D:LEU:81:C', 'C:ALA:5:O', 'B:LYS:95:C', 'C:VAL:55:CA', 'B:SER:49:C', 'B:HIS:97:CD2', 'D:LYS:59:CA', 'A:LEU:83:CD2', 'A:ASN:97:CG', 'D:HIS:63:C', 'C:HIS:87:CG', 'B:HIS:63:CB', 'C:SER:81:C', 'C:GLU:23:OE2', 'A:THR:41:N', 'A:HIS:45:CD2', 'B:ASP:21:CG', 'B:VAL:33:O', 'D:SER:89:CA', 'A:THR:41:CG2', 'A:ARG:31:CG', 'D:ASP:99:O', 'D:VAL:67:CA', 'A:ASP:85:C', 'B:TYR:35:CG', 'D:TYR:35:CB', 'D:THR:87:OG1', 'C:SER:35:O', 'D:PHE:41:O', 'B:VAL:33:N', 'C:ASP:75:CB', 'D:MET:55:CE', 'D:LEU:3:CD1', 'C:ASN:97:OD1', 'A:ASP:85:OD1', 'C:VAL:93:CG1', 'D:VAL:67:CG1', 'B:PRO:5:CB', 'B:PRO:5:N', 'D:PHE:85:O', 'A:ALA:79:CA', 'A:LYS:99:N', 'A:LYS:61:NZ', 'A:THR:67:O', 'B:LEU:3:CB', 'A:SER:35:CB', 'B:ASN:57:ND2', 'B:TYR:35:C', 'C:LEU:91:CD2', 'C:PRO:37:O', 'D:ASP:79:N', 'C:PHE:43:CA', 'A:ASP:85:CG', 'D:PHE:45:N', 'C:SER:81:CB', 'B:GLU:43:CG', 'B:THR:87:CG2', 'B:LYS:59:CB', 'A:ALA:79:C', 'D:LEU:81:CD1', 'A:GLU:23:C', 'D:TYR:35:C', 'B:ASP:47:OD1', 'B:SER:9:O', 'C:GLU:27:CA', 'D:GLU:7:CB', 'D:VAL:33:CG1', 'D:TRP:15:CG', 'C:VAL:1:CA', 'C:ALA:79:CA', 'A:SER:35:C', 'B:PHE:85:CD2', 'C:GLY:57:C', 'C:PRO:37:CA', 'A:GLY:15:CA', 'B:ASP:99:N', 'C:LYS:99:NZ', 'D:PHE:45:CG', 'B:ALA:13:N', 'D:HIS:97:O', 'D:ASN:19:C', 'D:LYS:65:CD', 'A:ARG:31:NH2', 'B:LYS:61:N', 'D:HIS:77:NE2', 'D:LEU:91:CB', 'A:PRO:37:CG', 'A:HIS:89:CE1', 'D:VAL:23:CA', 'A:PHE:33:N', 'D:GLU:43:C', 'A:SER:49:CA', 'D:MET:55:N', 'A:HIS:45:CE1', 'D:ALA:27:CA', 'A:ASP:47:CA', 'D:LYS:61:N', 'C:VAL:73:O', 'B:CYS:93:CB', 'B:HIS:63:N', 'D:ASN:57:ND2', 'B:LYS:61:NZ', 'D:VAL:11:C', 'B:LEU:75:CD2', 'A:ALA:63:CA', 'C:PHE:43:O', 'C:ALA:5:CA', 'D:TRP:37:CD2', 'B:TYR:35:OH', 'C:HIS:87:C', 'B:TRP:37:O', 'A:ALA:71:CB', 'C:VAL:73:CB', 'B:PRO:5:O', 'C:ALA:53:CB', 'A:LYS:11:CA', 'B:TYR:35:O', 'C:GLY:15:N', 'C:PRO:77:CD', 'B:GLY:25:O', 'C:ASN:97:O', 'B:HIS:77:NE2', 'D:LEU:91:C', 'A:LYS:99:CG', 'B:PHE:41:N', 'C:LYS:61:O', 'C:THR:67:C', 'A:ASP:47:OD2', 'A:ASP:47:O', 'B:TRP:15:CA', 'D:ASP:21:CG', 'A:LYS:61:C', 'C:VAL:55:CG2', 'B:SER:9:CA', 'C:GLY:59:O', 'B:GLN:39:CA', 'C:HIS:89:CA', 'D:ASP:73:OD2', 'A:PRO:95:CB', 'B:LYS:65:CB', 'A:GLY:51:O', 'B:LEU:31:N', 'C:ASN:9:CA', 'D:TRP:15:CH2', 'C:GLY:57:N', 'B:PHE:71:CA', 'B:ASP:47:N', 'D:PHE:41:N', 'C:VAL:73:CA', 'D:GLY:69:O', 'A:PRO:77:N', 'A:ALA:63:O', 'B:GLU:7:CA', 'B:LYS:95:CG', 'C:HIS:87:ND1', 'D:GLN:39:NE2', 'C:HIS:89:C', 'D:PHE:85:CB', 'B:PHE:41:O', 'A:ALA:53:CB', 'A:GLY:57:O', 'B:VAL:23:O', 'D:TRP:15:NE1', 'A:VAL:93:CG2', 'A:VAL:93:N', 'A:ARG:31:CD', 'A:PHE:43:CD2', 'A:VAL:73:CG2', 'A:ASP:75:N', 'B:ASN:19:CG', 'D:ASP:79:OD2', 'D:CYS:93:CB', 'B:SER:89:CB', 'D:ALA:13:N', 'D:THR:87:CB', 'A:THR:39:O', 'B:MET:55:CA', 'C:GLU:27:OE1', 'B:LYS:17:O', 'A:GLU:27:CG', 'B:TRP:37:CH2', 'C:SER:35:C', 'A:GLY:15:N', 'A:GLY:51:C', 'D:ASP:47:C', 'C:VAL:17:CG2', 'A:PRO:77:CA', 'B:GLU:43:OE2', 'A:LYS:61:CG', 'B:ALA:53:C', 'D:GLY:29:O', 'D:ASN:57:CG', 'B:ASN:57:CG', 'D:GLU:43:O', 'D:LYS:17:NZ', 'A:ALA:19:CB', 'D:PHE:45:CB', 'D:ASN:19:O', 'B:LYS:61:O', 'A:SER:35:OG', 'C:LEU:91:CD1', 'A:ALA:21:C', 'B:GLY:69:O', 'A:ASP:47:CG', 'A:VAL:1:CA', 'B:ASP:99:CB', 'C:LEU:83:CD1', 'B:ASN:19:CA', 'D:GLU:43:CA', 'B:ASP:47:CA', 'A:HIS:45:ND1', 'A:PRO:95:CG', 'B:GLN:39:CB', 'C:ARG:31:CA', 'A:ARG:31:C', 'C:PHE:33:CD2', 'B:LYS:61:C', 'D:TRP:37:C', 'D:ALA:27:O', 'A:PHE:33:CB', 'C:VAL:17:CA', 'A:HIS:45:NE2', 'C:THR:67:CG2', 'D:TRP:37:O', 'B:LEU:31:CD1', 'D:ASP:99:CG', 'B:TRP:15:CZ2', 'A:VAL:93:O', 'D:ASP:21:OD2', 'A:THR:39:OG1', 'B:LYS:61:CA', 'D:ALA:53:O', 'B:MET:55:N', 'B:TRP:15:CB', 'B:ASN:57:O', 'B:HIS:77:ND1', 'D:ALA:13:C', 'A:LEU:29:CG', 'C:VAL:1:CG1', 'D:THR:87:O', 'B:VAL:1:N', 'B:TRP:37:N', 'D:TRP:37:N', 'A:GLU:23:N', 'C:PHE:33:CE1', 'A:SER:49:N', 'D:LYS:59:CB', 'C:LYS:61:CB', 'D:CYS:93:CA', 'C:HIS:45:NE2', 'A:PRO:37:O', 'B:VAL:11:O', 'A:ALA:13:C', 'B:GLY:83:CA', 'B:VAL:33:CG2', 'D:PRO:5:O', 'B:GLU:7:O', 'C:ASP:75:CG', 'C:ALA:65:O', 'B:LYS:65:CD', 'B:VAL:11:CG1', 'D:ASP:79:CB', 'A:GLY:57:C', 'B:LYS:17:CG', 'A:THR:39:CG2', 'B:GLN:39:N', 'D:PHE:41:CA', 'A:VAL:55:CB', 'B:VAL:11:C', 'A:SER:49:O', 'B:VAL:67:CG2', 'C:GLU:27:N', 'B:PHE:85:CZ', 'A:HIS:45:CG', 'A:ASP:47:N', 'B:LYS:65:C', 'B:ASP:99:CG', 'B:MET:55:SD', 'B:PHE:71:CB', 'B:VAL:33:CA', 'A:SER:81:OG', 'C:ASP:85:OD2', 'D:ASP:21:N', 'A:ASN:9:N', 'A:LYS:11:CB', 'B:TRP:15:CD2', 'D:SER:9:CB', 'D:LEU:91:CG', 'B:GLU:7:OE1', 'C:ASN:97:CA', 'D:ASP:73:OD1', 'A:ALA:53:O', 'C:ASP:47:CG', 'A:SER:3:OG', 'D:LYS:59:CE', 'C:ASN:9:N', 'C:ASN:9:C', 'B:HIS:77:CG', 'C:PRO:95:N', 'B:PHE:71:CD2', 'D:HIS:97:C', 'D:LYS:95:CA', 'D:LYS:61:CD', 'D:LEU:91:N', 'B:PHE:85:N', 'D:ASP:21:C', 'B:LEU:31:C', 'D:GLN:39:CG', 'B:HIS:77:N', 'C:SER:49:OG', 'D:HIS:63:CD2', 'D:LEU:31:CG', 'A:VAL:17:CA', 'B:PHE:71:CZ', 'A:ASN:9:CG', 'B:HIS:97:O', 'C:GLY:57:O', 'D:LEU:75:CD2', 'D:HIS:63:CG', 'C:LYS:7:CE', 'C:GLU:23:OE1', 'B:HIS:97:NE2', 'B:ASP:21:OD2', 'B:LYS:59:N', 'D:VAL:11:CG1', 'A:ALA:79:N', 'B:PHE:85:CB', 'D:LYS:17:CB', 'D:ASP:47:CG', 'B:ASP:47:C', 'A:HIS:89:CD2', 'C:ASN:97:CB', 'B:TYR:35:CE2', 'B:ALA:13:CA', 'B:MET:55:C', 'B:CYS:93:CA', 'C:ASP:75:OD2', 'C:PHE:33:CE2', 'C:GLY:15:O', 'C:HIS:45:N', 'A:THR:41:C', 'D:PHE:85:C', 'D:HIS:77:C', 'C:GLU:27:C', 'B:HIS:63:O', 'A:HIS:87:O', 'B:LEU:81:CD1', 'C:THR:41:N', 'D:GLU:43:N', 'D:VAL:33:CG2', 'B:VAL:33:C', 'D:HIS:97:CG', 'B:ALA:53:CA', 'B:MET:55:O', 'D:TRP:37:CE3', 'B:THR:87:CB', 'A:ALA:65:CA', 'A:ARG:31:CZ', 'B:VAL:67:C', 'B:ASP:73:N', 'B:GLY:25:N', 'A:LEU:83:C', 'D:HIS:63:CB', 'C:ASP:85:C', 'A:THR:67:CB', 'D:HIS:77:ND1', 'A:ALA:71:C', 'A:ALA:5:CA', 'C:ARG:31:C', 'C:SER:81:O', 'B:PRO:51:CG', 'D:ASP:99:OD1', 'A:GLU:27:OE1', 'C:ASP:47:C', 'B:HIS:63:CE1', 'A:ASN:97:CA', 'D:GLY:69:N', 'D:PHE:41:CZ', 'D:GLY:29:N', 'C:PRO:37:C', 'A:PRO:95:CA', 'C:LYS:7:N', 'B:ASN:19:C', 'D:ASN:57:CA', 'D:LEU:31:CD2', 'D:PHE:41:CD1', 'A:ASN:97:C', 'C:HIS:87:NE2', 'D:ASP:99:CB', 'A:LEU:91:N', 'A:LEU:83:N', 'D:LYS:61:NZ', 'C:PRO:77:CB', 'A:SER:3:CB', 'C:LEU:91:CG', 'A:PRO:95:CD', 'D:PHE:71:CD2', 'C:LYS:61:NZ', 'B:PHE:85:O', 'D:VAL:11:O', 'D:ASP:99:CA', 'B:ALA:53:N', 'A:PHE:43:CB', 'A:LYS:99:NZ', 'C:LYS:61:CG', 'B:ALA:13:C', 'C:LYS:61:CD', 'A:THR:39:N', 'C:HIS:89:O', 'B:ASP:21:OD1', 'C:ALA:63:CA', 'C:VAL:17:CG1', 'B:HIS:77:CA', 'D:VAL:23:CB', 'C:SER:81:CA', 'B:LYS:17:CA', 'D:LEU:3:O', 'B:ASN:57:N', 'A:ASP:75:C', 'B:LYS:59:CA', 'B:PHE:71:N', 'D:LEU:3:N', 'B:MET:55:CE', 'B:ASP:73:CG', 'D:SER:49:C', 'B:GLN:39:O', 'D:PHE:45:CZ', 'B:PHE:45:CA', 'D:LYS:65:C', 'C:SER:49:CA', 'C:HIS:45:O', 'B:PHE:45:CZ', 'D:LYS:59:CD', 'C:VAL:73:CG2', 'A:LEU:83:O', 'D:SER:49:O', 'B:LYS:17:CE', 'C:ARG:31:NH1', 'A:ARG:31:N', 'D:SER:49:CB', 'B:ALA:13:O', 'B:GLY:69:CA', 'B:LEU:81:CG', 'B:ASP:73:CA', 'D:GLU:7:CG', 'D:PHE:45:CE2', 'A:VAL:73:C', 'D:HIS:77:CA', 'C:LEU:29:C', 'A:ASP:85:CB', 'C:ASN:9:OD1', 'B:ASP:79:O', 'C:LEU:83:CD2', 'D:GLN:39:O', 'B:GLY:29:CA', 'C:ALA:79:O', 'D:ASP:21:O', 'C:ASP:47:CB', 'C:ALA:13:N', 'D:GLU:43:CB', 'A:SER:35:N', 'D:VAL:11:CA', 'A:VAL:1:N', 'C:LEU:91:C', 'B:VAL:67:CB', 'C:THR:67:CA', 'A:ALA:13:N', 'B:LYS:95:NZ', 'D:HIS:63:NE2', 'D:VAL:23:CG1', 'C:PHE:43:CD1', 'C:HIS:87:CD2', 'A:HIS:89:CG', 'A:VAL:17:CG1', 'C:VAL:17:O', 'B:VAL:23:N', 'D:HIS:97:CB', 'C:ALA:53:C', 'B:GLU:43:CB', 'A:ALA:63:C', 'D:GLY:69:C', 'D:TRP:37:CG', 'B:PHE:85:CE1', 'B:PHE:45:CE2', 'B:HIS:77:O', 'B:PHE:85:CE2', 'C:HIS:89:CB', 'A:PHE:43:CE2', 'A:ALA:71:O', 'D:LYS:59:O', 'D:ASP:47:OD2', 'C:ALA:13:CA', 'C:ASN:97:C', 'D:ALA:13:O', 'C:ARG:31:CZ', 'C:ALA:65:C', 'C:PRO:95:CA', 'A:PRO:77:CB', 'C:PRO:77:N', 'B:LEU:81:CD2', 'A:PHE:33:CA', 'D:VAL:1:CA', 'C:ALA:19:CB', 'B:LEU:75:CG', 'C:HIS:89:CD2', 'D:ALA:53:CB', 'B:ASN:19:CB', 'A:ALA:5:O', 'C:HIS:89:NE2', 'B:ASP:21:N', 'A:ALA:69:C', 'D:LEU:81:CD2', 'A:GLY:25:N', 'D:TYR:35:CG', 'A:VAL:17:O', 'A:GLY:51:N', 'D:LEU:75:C', 'D:TYR:35:CD2', 'B:SER:9:OG', 'D:VAL:1:CG2', 'A:ASP:75:O', 'D:TYR:35:OH', 'B:PHE:41:CA', 'B:LYS:17:N', 'D:TRP:37:CE2', 'A:VAL:55:CA', 'A:ALA:19:O', 'D:ASN:57:O', 'A:ARG:31:CB', 'A:GLY:57:N', 'C:LYS:11:CE', 'C:ALA:69:O', 'D:LYS:17:C', 'C:LEU:91:N', 'D:ASP:99:N', 'C:LYS:7:CD', 'D:ASP:21:OD1', 'A:THR:41:CA', 'B:GLU:7:CD', 'D:LYS:61:CA', 'C:LEU:83:CG', 'A:ALA:69:CB', 'B:LEU:3:O', 'B:VAL:33:CB', 'D:SER:89:N', 'B:LEU:81:CB', 'B:SER:89:CA', 'C:VAL:17:N', 'C:ALA:21:C', 'B:LYS:65:O', 'C:HIS:45:C', 'C:SER:35:CB', 'C:PHE:33:N', 'D:GLU:43:CD', 'B:LEU:75:CA', 'A:THR:67:OG1', 'D:HIS:97:CA', 'B:ASP:47:OD2', 'D:PRO:5:C', 'C:LYS:7:CB', 'C:LYS:99:N', 'B:PHE:71:CD1', 'D:GLU:7:CA', 'C:LYS:61:C', 'C:ALA:53:O', 'D:MET:55:SD', 'C:VAL:93:O', 'D:LYS:61:CG', 'D:PHE:41:C', 'C:ALA:69:N', 'D:THR:87:N', 'B:TRP:15:CG', 'A:GLY:57:CA', 'D:HIS:77:CG', 'A:VAL:93:CG1', 'B:LEU:31:CG', 'C:LYS:11:O', 'C:LEU:29:CA', 'C:LEU:29:CG', 'B:ALA:13:CB', 'C:ALA:63:O', 'C:SER:3:CB', 'C:VAL:17:CB', 'A:GLU:27:CA', 'A:LEU:29:CD1', 'D:GLU:7:CD', 'C:ALA:5:CB', 'D:PRO:5:N', 'A:LYS:11:CG', 'A:HIS:45:C', 'C:ASP:75:OD1', 'C:PRO:77:C', 'A:GLU:23:CB', 'A:SER:49:CB', 'D:TRP:15:O', 'D:MET:55:CG', 'B:ASP:73:OD1', 'B:HIS:97:C', 'B:GLN:39:CG', 'A:ALA:65:C', 'A:SER:35:CA', 'A:ALA:13:CA', 'C:LEU:91:CB', 'D:ASP:21:CA', 'C:ARG:31:N', 'C:HIS:89:CG', 'A:ALA:71:CA', 'B:SER:49:N', 'B:GLU:43:C', 'A:THR:67:CA', 'B:LYS:65:NZ', 'B:ASP:73:OD2', 'B:TRP:37:CZ3', 'A:HIS:87:CE1', 'D:LEU:75:CG', 'A:LYS:99:CA', 'B:HIS:63:CA', 'C:PRO:95:CG', 'C:VAL:1:C', 'A:HIS:45:O', 'A:LEU:29:C', 'C:LYS:61:N', 'D:ASP:79:O', 'C:ALA:19:N', 'A:LYS:7:CD', 'B:LYS:61:CE', 'D:LEU:91:CA', 'D:VAL:1:CB', 'D:TRP:15:CA', 'B:HIS:63:CD2', 'D:TRP:37:CZ3', 'A:ALA:63:CB', 'B:PRO:5:CD', 'A:ASN:97:CB', 'C:LYS:99:CD', 'B:PRO:5:C', 'B:CYS:93:C', 'D:LEU:75:CD1', 'A:ALA:21:O', 'A:VAL:73:CA', 'C:LEU:83:O', 'C:HIS:45:CG', 'B:LYS:95:CE', 'A:ASP:75:CG', 'C:ASP:85:CA', 'B:GLN:39:OE1', 'A:ALA:79:O', 'D:VAL:1:O', 'D:LYS:65:O', 'D:LYS:17:O', 'D:VAL:33:O', 'D:HIS:77:CD2', 'C:PHE:43:N', 'A:PHE:33:CE1', 'C:LEU:29:O', 'B:PHE:41:CE1', 'B:LEU:91:CG', 'B:LEU:3:CA', 'D:ASN:57:N', 'D:GLN:39:N', 'B:LEU:75:CB', 'D:LYS:65:CA', 'B:VAL:11:CA', 'A:GLU:27:O', 'D:GLU:43:OE2', 'B:HIS:63:CG', 'D:LEU:81:N', 'A:ALA:21:CA', 'D:PHE:45:CD2', 'B:ASP:99:OD1', 'A:PHE:43:CG', 'A:VAL:17:C', 'B:ALA:27:N', 'C:THR:39:CG2', 'A:LYS:99:O', 'C:VAL:93:N', 'D:TYR:35:CA', 'C:ASN:9:O', 'D:VAL:67:CG2', 'D:HIS:77:CE1', 'B:SER:49:CB', 'C:LYS:11:CG', 'D:PRO:5:CD', 'B:VAL:23:CA', 'B:ALA:53:CB', 'A:LEU:29:CA', 'B:ASP:99:O', 'B:PHE:45:CE1', 'B:LEU:91:O', 'A:HIS:45:CA', 'B:ASP:79:CA', 'B:HIS:97:CG', 'B:LEU:3:CD2', 'D:SER:9:OG', 'A:VAL:1:CG2', 'B:PHE:41:CZ', 'D:HIS:63:O', 'C:LYS:7:C', 'B:VAL:67:O', 'C:ASP:85:CB', 'D:ASP:73:CA', 'A:LYS:11:CE', 'C:PHE:33:CZ', 'D:LYS:65:NZ', 'D:ASN:19:CG', 'D:PRO:51:CB', 'B:CYS:93:SG', 'C:THR:67:OG1', 'C:PRO:95:CB', 'D:PHE:71:CE2', 'B:PRO:51:N', 'C:ALA:71:CA', 'D:GLU:7:OE2', 'A:LYS:61:CD', 'C:ALA:21:CB', 'C:SER:81:OG', 'B:THR:87:N', 'D:GLY:83:N', 'D:GLY:25:CA', 'D:PRO:51:CA', 'A:VAL:55:CG1', 'A:PHE:33:CG', 'B:GLU:43:OE1', 'D:ASP:47:O', 'C:GLY:25:N', 'D:PHE:85:CA', 'B:THR:87:O', 'B:TRP:37:CB', 'B:TYR:35:CA', 'B:PHE:41:CB', 'A:VAL:1:C'].
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 2192 nodes in the chain subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['B:LYS:144:CE', 'A:SER:138:C', 'B:LYS:8:CA', 'B:LYS:17:CB', 'B:VAL:60:N', 'A:ALA:120:CA', 'B:VAL:67:CA', 'B:LEU:75:C', 'A:HIS:122:N', 'A:LEU:100:CG', 'B:ALA:27:O', 'A:LYS:127:C', 'B:LEU:110:CD1', 'B:ALA:142:CB', 'B:LEU:141:C', 'B:ASP:99:C', 'A:LEU:113:CD2', 'B:ASN:108:OD1', 'B:THR:4:CB', 'A:LYS:90:CG', 'B:VAL:1:CA', 'B:ASP:52:O', 'B:SER:44:C', 'A:THR:118:CB', 'B:TYR:35:CZ', 'B:ALA:76:C', 'A:LYS:99:CE', 'A:LEU:109:N', 'B:LEU:3:N', 'A:ARG:31:NH1', 'A:VAL:73:N', 'B:TRP:15:C', 'B:ALA:70:N', 'B:TYR:130:C', 'B:ALA:62:O', 'B:ASN:102:CA', 'B:PRO:36:CG', 'A:MET:32:O', 'A:GLY:15:O', 'B:VAL:111:CA', 'A:GLU:116:CG', 'B:GLN:127:NE2', 'B:GLU:101:OE1', 'B:VAL:54:O', 'B:TYR:35:CD2', 'A:ALA:110:CA', 'B:TRP:37:NE1', 'B:LYS:132:C', 'B:LEU:32:N', 'B:LEU:68:CG', 'B:PHE:103:CE2', 'A:ALA:120:CB', 'B:LYS:17:C', 'A:PRO:77:CD', 'A:MET:76:CG', 'B:HIS:146:CA', 'A:LYS:16:CB', 'A:LYS:60:O', 'A:ASN:9:O', 'B:ASN:102:CG', 'B:HIS:143:CE1', 'B:ALA:115:C', 'B:GLU:7:CB', 'B:VAL:23:C', 'B:LEU:28:CD2', 'B:TYR:35:N', 'A:THR:67:C', 'B:ASP:52:OD2', 'B:HIS:97:CE1', 'B:GLU:7:OE2', 'A:GLU:27:C', 'A:THR:39:CA', 'B:ASN:19:O', 'B:TYR:35:CB', 'B:HIS:2:C', 'B:GLY:69:N', 'B:LEU:106:CA', 'A:LEU:109:CD2', 'B:VAL:20:O', 'A:ARG:141:CG', 'A:HIS:112:CA', 'B:PRO:58:C', 'A:VAL:132:O', 'B:HIS:92:CD2', 'A:LEU:100:C', 'A:LYS:7:C', 'B:VAL:20:CG1', 'B:TRP:37:CD2', 'B:ALA:27:C', 'A:LEU:34:O', 'B:PHE:71:C', 'B:GLU:121:CG', 'A:ALA:123:N', 'A:ARG:31:NE', 'B:TRP:15:CE2', 'A:GLY:51:CA', 'A:LEU:80:CB', 'B:VAL:133:C', 'B:LEU:81:CA', 'A:PRO:44:CA', 'B:HIS:116:CE1', 'B:LEU:91:CD1', 'B:SER:49:CA', 'B:GLN:127:OE1', 'A:VAL:1:CG1', 'B:GLY:29:N', 'A:LEU:100:N', 'B:ASP:79:CB', 'B:PHE:45:O', 'B:LEU:96:N', 'A:THR:38:CB', 'A:PHE:36:CG', 'A:ALA:123:O', 'B:GLY:24:N', 'B:SER:9:CB', 'B:LYS:59:C', 'B:HIS:92:ND1', 'A:SER:81:N', 'A:THR:108:C', 'B:ARG:40:C', 'A:PHE:98:CD1', 'A:LEU:109:CA', 'A:ASP:74:CB', 'A:PHE:46:C', 'B:LEU:91:CA', 'B:ASP:73:CB', 'B:HIS:77:C', 'A:LEU:136:N', 'A:GLU:30:O', 'A:PRO:95:N', 'A:LEU:105:CA', 'B:LEU:114:CB', 'B:SER:89:OG', 'B:ASN:108:C', 'A:LYS:11:CD', 'B:GLU:101:CB', 'B:TRP:15:O', 'A:VAL:10:N', 'A:THR:137:C', 'A:LEU:91:CD1', 'A:ALA:5:C', 'B:ALA:70:CB', 'A:LEU:136:CA', 'A:GLU:23:O', 'A:PRO:77:C', 'A:TRP:14:CG', 'A:LEU:80:N', 'A:SER:84:N', 'B:GLY:69:C', 'A:PRO:4:O', 'B:PHE:85:CG', 'B:ASN:108:CG', 'B:HIS:143:NE2', 'A:LEU:86:O', 'A:SER:131:O', 'B:CYS:112:O', 'B:TRP:15:CD1', 'B:ALA:115:CB', 'B:LYS:95:CD', 'A:HIS:50:CB', 'A:ALA:69:CA', 'B:LYS:144:O', 'A:ALA:21:CB', 'A:LEU:48:N', 'B:GLU:26:OE2', 'B:LYS:59:NZ', 'B:PRO:36:CD', 'A:ASN:9:ND2', 'A:MET:32:N', 'A:LYS:60:CD', 'B:ARG:30:CG', 'A:LYS:127:O', 'A:LYS:61:CE', 'A:ALA:82:O', 'B:GLY:136:CA', 'B:LEU:48:CG', 'B:ARG:40:NE', 'B:LEU:31:CA', 'B:TRP:15:N', 'A:ASP:64:OD1', 'A:HIS:103:C', 'A:ARG:31:O', 'A:SER:3:CA', 'B:LEU:96:CD2', 'A:GLU:27:CD', 'A:PHE:98:C', 'B:SER:49:OG', 'A:HIS:103:O', 'B:THR:4:OG1', 'B:VAL:33:CG1', 'B:LEU:105:CA', 'A:ALA:28:CA', 'A:TYR:42:CE1', 'A:SER:49:C', 'B:ALA:140:CB', 'B:ASP:94:OD1', 'A:ALA:19:CA', 'B:TYR:145:N', 'B:VAL:1:O', 'B:VAL:18:CB', 'A:ALA:26:C', 'A:VAL:121:CG2', 'A:PRO:4:CD', 'A:THR:118:CA', 'B:LYS:17:CD', 'A:LEU:101:CA', 'B:VAL:60:C', 'B:TYR:130:CG', 'B:ARG:40:CD', 'A:ARG:141:CB', 'B:LEU:81:N', 'B:GLU:101:O', 'A:VAL:96:O', 'B:PHE:42:CG', 'A:LEU:34:C', 'A:PHE:43:CA', 'B:VAL:113:C', 'B:ASP:79:C', 'A:TYR:140:N', 'B:PHE:118:CE2', 'A:LYS:60:CA', 'B:LEU:91:CB', 'B:GLY:29:C', 'B:SER:44:O', 'B:ASP:21:CB', 'A:LEU:34:N', 'A:THR:67:CG2', 'B:GLU:6:CD', 'B:PRO:124:C', 'A:PHE:46:CD2', 'B:GLU:6:CB', 'B:LYS:65:CG', 'B:VAL:98:C', 'A:GLU:30:CB', 'A:VAL:55:N', 'A:VAL:55:CG2', 'A:ALA:21:N', 'A:VAL:93:CB', 'A:CYS:104:CA', 'B:PRO:58:CB', 'A:ALA:63:N', 'A:ASN:9:CA', 'B:VAL:134:CG2', 'A:LEU:101:CD1', 'A:PHE:128:CB', 'B:THR:84:CG2', 'A:TRP:14:CA', 'A:PRO:114:C', 'B:ASP:79:OD2', 'A:ASN:78:CG', 'A:TYR:140:CA', 'B:ARG:30:NH1', 'A:VAL:1:O', 'B:GLY:16:O', 'A:LEU:106:O', 'A:HIS:72:CD2', 'B:ASP:52:CB', 'B:ALA:86:N', 'B:VAL:20:N', 'A:GLU:23:CG', 'A:LEU:48:CD1', 'B:HIS:63:C', 'A:LYS:139:CA', 'B:ASP:94:C', 'A:VAL:62:O', 'B:ARG:104:C', 'A:TRP:14:CB', 'B:THR:87:OG1', 'B:LEU:88:C', 'B:PRO:125:O', 'B:PHE:41:CD2', 'B:LYS:82:CA', 'A:LEU:91:CA', 'B:HIS:63:ND1', 'B:GLY:83:C', 'A:TYR:140:CG', 'B:ASN:19:OD1', 'B:ASN:139:N', 'B:ALA:10:N', 'A:PHE:128:C', 'A:ALA:69:N', 'B:THR:84:O', 'A:LEU:48:O', 'A:PHE:33:CD1', 'A:SER:133:O', 'B:ASN:57:C', 'A:LEU:136:C', 'B:HIS:2:N', 'A:TRP:14:CD2', 'B:GLU:101:CD', 'A:VAL:17:CB', 'A:LYS:40:O', 'A:THR:134:CA', 'B:THR:38:C', 'A:LYS:56:CE', 'A:ASP:64:OD2', 'A:HIS:87:N', 'B:PHE:42:CZ', 'A:HIS:122:ND1', 'B:GLU:7:N', 'A:HIS:112:N', 'B:HIS:97:N', 'A:GLU:23:OE2', 'A:HIS:89:CA', 'B:HIS:143:ND1', 'A:GLY:59:CA', 'B:VAL:20:CA', 'B:LEU:68:C', 'B:TRP:15:NE1', 'B:ASP:99:OD2', 'A:ASP:6:CB', 'A:TYR:24:OH', 'A:GLU:23:CD', 'A:TRP:14:CZ2', 'A:PHE:43:CD1', 'A:LEU:66:CG', 'A:VAL:1:C', 'B:ASN:139:ND2', 'A:ASP:6:O', 'A:LEU:80:CA', 'B:ASP:94:CG', 'B:GLU:90:CG', 'B:VAL:98:CG1', 'A:SER:131:OG', 'A:VAL:1:CB', 'A:HIS:87:CB', 'A:GLU:116:OE1', 'A:PHE:117:CD1', 'A:ASP:74:OD1', 'A:PHE:128:CA', 'A:PRO:44:CG', 'B:GLN:131:N', 'A:SER:131:CA', 'B:LEU:14:O', 'A:ASN:97:OD1', 'A:GLY:25:O', 'B:VAL:126:CB', 'A:HIS:20:O', 'B:ARG:40:N', 'A:VAL:55:C', 'B:PHE:42:N', 'A:LYS:99:CD', 'B:GLU:6:O', 'B:PHE:45:C', 'A:ALA:120:C', 'B:TRP:15:CE3', 'A:ASP:126:O', 'A:LEU:66:CA', 'A:TYR:42:CB', 'B:ARG:104:CA', 'A:HIS:122:CE1', 'B:CYS:112:CB', 'B:GLU:43:O', 'B:PHE:103:CD1', 'A:LYS:40:CD', 'A:ASP:64:C', 'B:GLY:74:N', 'B:ARG:104:NH1', 'A:LYS:40:CG', 'A:LEU:86:CD2', 'A:SER:124:O', 'A:VAL:132:C', 'B:VAL:134:O', 'B:ALA:135:CB', 'A:VAL:96:N', 'A:THR:118:N', 'A:MET:76:CA', 'B:GLU:22:CB', 'B:GLN:131:CD', 'B:TRP:37:CG', 'B:LEU:106:CD1', 'A:HIS:89:NE2', 'A:HIS:103:CA', 'B:ASN:19:N', 'A:LYS:7:CA', 'A:ASP:74:CG', 'B:PHE:103:CE1', 'A:ASP:126:CG', 'B:VAL:109:CB', 'B:HIS:97:CA', 'A:ASP:126:CB', 'B:GLN:127:CB', 'A:ASP:126:OD2', 'B:GLU:7:CG', 'B:LYS:65:CA', 'A:LEU:129:CA', 'A:PRO:4:N', 'B:LYS:65:N', 'B:LYS:61:CG', 'A:ALA:53:CA', 'A:VAL:135:CA', 'A:LEU:136:CD2', 'A:LEU:29:CB', 'B:VAL:67:N', 'A:LEU:34:CG', 'A:LYS:7:CG', 'B:LYS:61:CD', 'A:ARG:141:OXT', 'B:ALA:86:O', 'A:LEU:48:CG', 'A:HIS:50:NE2', 'A:ASP:6:OD1', 'A:HIS:89:C', 'B:VAL:111:CB', 'B:LYS:61:CB', 'B:LYS:59:O', 'B:LEU:48:CA', 'B:GLN:39:NE2', 'B:ALA:86:CA', 'B:ASP:94:O', 'B:PHE:118:CZ', 'A:HIS:122:CD2', 'B:ALA:27:CA', 'B:HIS:143:CD2', 'A:ASP:74:OD2', 'B:ARG:30:CZ', 'B:LYS:65:CE', 'B:GLU:43:CA', 'A:ALA:5:N', 'B:GLY:25:C', 'B:ASP:94:CA', 'A:GLN:54:CG', 'A:LYS:139:O', 'B:PRO:51:C', 'B:PHE:85:CD1', 'A:GLU:27:N', 'A:LYS:56:CA', 'A:PHE:33:CE2', 'A:PRO:37:CB', 'A:ALA:79:CB', 'A:LYS:99:CB', 'B:LEU:14:CD1', 'A:LYS:40:CA', 'B:TRP:15:CZ3', 'A:THR:137:CG2', 'B:LYS:120:NZ', 'B:PHE:103:CA', 'A:GLY:59:C', 'A:ARG:141:NE', 'B:ASN:108:N', 'B:LYS:59:CE', 'B:LEU:14:CG', 'A:ARG:92:NH1', 'A:PRO:4:C', 'A:GLU:116:OE2', 'B:GLU:43:CD', 'B:TRP:37:CD1', 'A:LEU:83:CG', 'A:MET:32:SD', 'B:ALA:76:O', 'B:ALA:62:CA', 'B:LEU:106:O', 'B:GLY:136:C', 'A:LYS:60:CB', 'A:HIS:89:O', 'A:ARG:92:CA', 'A:LYS:90:CD', 'A:SER:84:CB', 'B:LYS:66:CD', 'A:ALA:82:C', 'A:SER:81:C', 'B:THR:50:CA', 'B:ALA:76:CB', 'A:GLU:30:CA', 'B:ASP:52:CG', 'A:PHE:46:CD1', 'A:PHE:117:CE1', 'A:PHE:43:O', 'A:ALA:88:CB', 'B:GLU:26:CG', 'B:VAL:34:N', 'A:LEU:100:CA', 'A:SER:133:CB', 'B:LEU:88:O', 'B:SER:9:C', 'B:PHE:103:O', 'A:THR:39:CB', 'A:ASP:74:C', 'A:ASP:94:OD2', 'B:THR:50:CB', 'A:ASP:75:CB', 'A:PRO:114:O', 'A:LEU:91:CG', 'A:LEU:106:CD1', 'B:SER:89:C', 'A:PHE:128:CD2', 'B:GLN:39:C', 'B:TYR:130:CA', 'A:SER:102:CB', 'A:PHE:43:C', 'B:GLY:74:CA', 'A:LEU:105:O', 'B:VAL:137:O', 'B:THR:12:O', 'B:ASP:21:C', 'B:LEU:68:CD2', 'A:HIS:72:C', 'A:VAL:70:C', 'A:LEU:66:CD2', 'A:VAL:10:CG2', 'A:ALA:123:CA', 'A:MET:76:O', 'B:SER:72:C', 'A:GLY:22:O', 'A:ASN:97:ND2', 'A:VAL:135:CB', 'B:THR:123:CB', 'A:ASP:75:CA', 'A:LEU:34:CB', 'A:ASN:97:N', 'A:ALA:130:CA', 'B:ASN:57:CB', 'B:LEU:96:CB', 'A:VAL:135:CG1', 'B:ASP:94:OD2', 'A:VAL:17:N', 'A:LEU:125:CG', 'A:LYS:127:CA', 'A:VAL:121:C', 'B:PRO:5:CG', 'B:HIS:77:CD2', 'A:HIS:50:O', 'B:LYS:120:CD', 'A:GLU:27:OE2', 'A:GLU:116:CA', 'B:ASP:47:CB', 'B:VAL:23:CG1', 'B:TYR:145:CD1', 'A:GLY:25:C', 'B:GLU:26:OE1', 'A:HIS:58:C', 'A:VAL:135:C', 'B:ARG:30:O', 'A:HIS:87:NE2', 'B:GLU:90:CD', 'A:THR:8:CB', 'A:ASP:75:OD1', 'A:THR:67:N', 'A:PHE:33:CD2', 'B:ASN:80:O', 'B:ASN:57:CA', 'B:GLN:131:CB', 'A:SER:3:C', 'B:PHE:41:CE2', 'A:VAL:135:O', 'B:LEU:48:C', 'B:VAL:134:N', 'B:ARG:104:O', 'A:ALA:82:CA', 'B:HIS:77:CE1', 'B:PRO:100:CB', 'B:LYS:120:O', 'B:ASP:21:CA', 'A:LYS:90:NZ', 'B:TYR:145:CA', 'B:GLN:127:CG', 'A:LYS:11:N', 'B:LEU:106:CD2', 'A:THR:38:N', 'A:ASP:126:CA', 'B:VAL:34:C', 'A:MET:76:SD', 'B:PHE:71:CG', 'B:ASN:80:ND2', 'B:VAL:137:C', 'A:ALA:65:O', 'B:LEU:32:CB', 'B:PRO:51:O', 'A:LYS:56:CG', 'A:THR:134:OG1', 'B:HIS:77:CB', 'B:LYS:8:C', 'A:GLY:15:C', 'A:LEU:100:CD1', 'A:SER:102:CA', 'A:ALA:110:CB', 'B:LYS:82:CE', 'A:GLN:54:N', 'B:LEU:32:CD2', 'B:GLY:16:CA', 'A:TYR:24:N', 'B:SER:72:CB', 'A:ASN:78:ND2', 'A:LEU:86:CA', 'B:GLU:121:CD', 'B:THR:123:CA', 'A:LEU:91:CD2', 'A:VAL:93:CA', 'A:HIS:87:ND1', 'B:LYS:144:C', 'B:ALA:62:C', 'A:LEU:86:CB', 'B:LYS:144:CB', 'B:VAL:126:CG1', 'A:ALA:115:C', 'B:PHE:41:CD1', 'A:ASN:78:O', 'A:LYS:11:C', 'A:CYS:104:SG', 'B:ASP:73:O', 'B:PRO:36:CB', 'B:LEU:78:O', 'A:GLN:54:CA', 'A:LEU:2:CA', 'B:ALA:86:CB', 'A:THR:137:OG1', 'B:HIS:2:O', 'A:LYS:61:N', 'B:SER:49:O', 'A:PHE:98:CA', 'B:LEU:75:N', 'B:TYR:130:O', 'A:LEU:100:O', 'B:TRP:37:C', 'A:LYS:56:N', 'B:VAL:1:CB', 'B:LYS:17:NZ', 'B:PHE:41:C', 'B:ASP:94:N', 'B:THR:12:CG2', 'A:PHE:43:CZ', 'A:VAL:10:CG1', 'A:LEU:29:N', 'A:LYS:56:C', 'B:THR:84:CB', 'B:VAL:1:CG2', 'A:THR:118:OG1', 'B:ASP:21:O', 'A:ALA:69:O', 'A:ASN:9:CB', 'A:HIS:89:ND1', 'B:LEU:3:CD1', 'B:PHE:122:CD2', 'A:HIS:45:CB', 'A:VAL:107:N', 'B:LYS:120:CA', 'B:GLY:25:CA', 'A:LYS:7:O', 'A:PRO:37:CA', 'A:LYS:61:CA', 'A:THR:38:OG1', 'B:ALA:10:CB', 'A:ALA:120:N', 'A:LYS:16:N', 'B:LEU:81:C', 'A:HIS:103:CB', 'A:SER:133:C', 'A:VAL:96:C', 'B:TRP:37:CA', 'A:SER:138:OG', 'A:PHE:33:C', 'B:GLY:29:O', 'B:LEU:91:N', 'A:ALA:5:CB', 'A:ASN:97:O', 'B:PHE:45:N', 'B:ARG:30:N', 'A:PRO:37:CD', 'B:MET:55:CG', 'A:ASP:85:OD2', 'A:PRO:114:CA', 'B:LEU:106:CB', 'B:PHE:45:CD2', 'B:HIS:143:N', 'A:LEU:106:C', 'B:LEU:31:CD2', 'B:LEU:105:C', 'A:VAL:73:O', 'A:PRO:95:C', 'A:LEU:66:CD1', 'A:ARG:92:CD', 'B:LYS:144:CG', 'B:LEU:68:N', 'A:ASP:126:C', 'A:HIS:20:CA', 'A:GLU:116:C', 'A:ALA:13:O', 'A:TRP:14:O', 'B:ALA:140:CA', 'A:ASP:6:OD2', 'B:ALA:135:C', 'A:LYS:61:CB', 'B:TRP:37:CE3', 'B:LEU:106:C', 'A:PHE:98:CD2', 'B:VAL:34:CG2', 'B:VAL:20:CB', 'B:LEU:91:CD2', 'A:ASP:47:CB', 'B:ALA:115:N', 'B:ASP:94:CB', 'A:PHE:117:CE2', 'B:GLU:43:N', 'A:TRP:14:N', 'B:LYS:120:N', 'B:LEU:31:O', 'A:PRO:77:O', 'B:VAL:60:CG1', 'A:ARG:92:C', 'A:ALA:71:N', 'A:HIS:89:CB', 'B:PHE:85:CA', 'A:HIS:50:ND1', 'A:LEU:136:O', 'B:HIS:117:NE2', 'A:HIS:103:ND1', 'A:LEU:29:CD2', 'B:LEU:78:CD1', 'B:PHE:45:CB', 'A:SER:124:OG', 'A:ALA:13:CB', 'A:LEU:83:CD1', 'B:TRP:37:CE2', 'B:VAL:23:CB', 'B:PRO:51:CB', 'A:SER:133:CA', 'B:THR:123:C', 'A:TRP:14:C', 'A:LYS:61:O', 'A:LEU:83:CB', 'B:ASN:80:CG', 'A:LEU:91:C', 'B:SER:89:N', 'A:VAL:10:O', 'B:GLY:56:C', 'B:ASP:52:C', 'A:LYS:7:CE', 'A:PHE:36:CE2', 'A:TYR:42:CG', 'A:SER:124:N', 'A:LEU:66:N', 'A:SER:35:O', 'A:ALA:19:N', 'A:LEU:80:O', 'B:LYS:82:CB', 'B:HIS:2:CA', 'A:LYS:7:N', 'A:ASP:75:OD2', 'A:LEU:129:CD1', 'B:PHE:71:CE1', 'B:GLU:22:OE1', 'B:GLY:83:O', 'B:ASN:102:CB', 'B:HIS:117:CA', 'A:ARG:141:C', 'B:LEU:110:C', 'A:ALA:53:N', 'B:LYS:95:O', 'A:ALA:19:C', 'A:ASP:6:CG', 'B:GLY:119:O', 'B:LYS:82:CG', 'A:GLU:23:OE1', 'A:PHE:36:CD1', 'A:PRO:37:N', 'A:LEU:48:CD2', 'A:TYR:42:CE2', 'B:ASN:57:OD1', 'A:MET:76:C', 'B:VAL:11:CB', 'B:HIS:92:N', 'A:GLY:22:N', 'B:GLU:22:CD', 'A:THR:134:CB', 'A:ASP:94:CA', 'A:GLY:18:C', 'A:LYS:139:CB', 'A:PRO:44:N', 'B:PHE:45:CG', 'B:LEU:75:CD1', 'A:SER:138:N', 'B:PHE:122:N', 'B:ASN:108:O', 'A:PHE:46:CB', 'B:LEU:3:C', 'B:HIS:2:CD2', 'B:VAL:111:O', 'A:THR:41:OG1', 'B:LEU:114:N', 'B:LYS:132:O', 'B:ALA:76:CA', 'A:LEU:83:CA', 'B:PHE:71:O', 'A:HIS:72:ND1', 'A:HIS:87:CD2', 'B:PHE:42:CE2', 'B:LEU:75:O', 'A:ASP:47:OD1', 'A:ALA:88:C', 'B:VAL:67:CG1', 'B:LEU:114:CD1', 'A:ASP:85:O', 'A:ARG:31:CA', 'B:ALA:142:N', 'A:HIS:112:ND1', 'A:ASP:126:OD1', 'B:ALA:135:N', 'A:THR:38:O', 'B:SER:89:O', 'A:PHE:33:O', 'B:VAL:133:CG1', 'B:LEU:114:C', 'B:GLU:90:O', 'A:PHE:43:N', 'A:THR:39:C', 'A:PHE:46:CZ', 'A:THR:8:O', 'B:PRO:36:N', 'B:VAL:109:N', 'A:ALA:130:CB', 'B:GLU:22:OE2', 'B:PRO:124:CD', 'A:HIS:87:CA', 'A:ASN:9:C', 'B:ALA:138:CA', 'A:PRO:77:CG', 'A:ASP:47:C', 'B:THR:50:OG1', 'A:HIS:87:CG', 'A:GLY:59:N', 'A:GLY:59:O', 'A:SER:133:OG', 'A:MET:32:C', 'B:HIS:92:C', 'A:HIS:45:N', 'A:LEU:48:CA', 'A:VAL:93:C', 'A:SER:81:O', 'B:ASN:80:CB', 'B:GLN:127:C', 'A:LEU:106:N', 'B:ASN:102:ND2', 'B:THR:87:CA', 'A:GLY:25:CA', 'A:HIS:50:N', 'A:ALA:120:O', 'A:ALA:65:N', 'B:VAL:134:CG1', 'B:LEU:110:O', 'B:PRO:51:CA', 'B:LYS:132:NZ', 'B:VAL:18:O', 'B:HIS:146:CE1', 'A:THR:41:O', 'B:HIS:146:OXT', 'A:GLU:30:CG', 'B:LEU:68:CD1', 'B:GLN:39:CD', 'B:THR:50:CG2', 'B:GLN:131:CA', 'A:LEU:91:CB', 'B:PHE:103:C', 'B:LEU:105:CG', 'B:GLU:22:CG', 'A:HIS:103:CD2', 'A:THR:108:OG1', 'B:THR:12:CB', 'B:PRO:36:C', 'A:LYS:40:CB', 'B:ARG:30:NH2', 'B:LEU:141:N', 'B:VAL:11:CG2', 'B:THR:38:OG1', 'A:LEU:34:CD2', 'A:VAL:107:C', 'A:VAL:17:CG2', 'A:HIS:122:C', 'A:HIS:20:N', 'A:LYS:40:NZ', 'A:LYS:60:CE', 'A:LYS:139:CD', 'B:LEU:78:C', 'B:LYS:144:CA', 'B:LEU:28:O', 'A:PRO:44:O', 'A:SER:3:O', 'A:ASP:85:N', 'A:SER:81:CA', 'A:GLN:54:NE2', 'A:ASP:94:C', 'B:LYS:82:C', 'B:LEU:106:N', 'B:ASP:79:OD1', 'A:HIS:103:N', 'B:THR:84:C', 'A:ALA:115:O', 'A:VAL:73:CG1', 'A:LEU:34:CD1', 'B:ASP:47:O', 'B:PHE:85:C', 'B:PRO:124:O', 'A:LYS:56:CB', 'A:LEU:29:O', 'A:HIS:72:NE2', 'B:LEU:141:O', 'A:HIS:89:N', 'B:PRO:100:O', 'B:VAL:60:CB', 'B:ARG:40:NH1', 'B:ALA:138:N', 'B:TRP:15:CH2', 'B:GLU:26:CD', 'A:PHE:46:CA', 'B:THR:84:OG1', 'A:LYS:11:NZ', 'B:PRO:51:CD', 'B:PRO:100:CD', 'B:LEU:68:CB', 'B:ALA:129:O', 'A:LEU:129:CG', 'B:ALA:53:O', 'A:TYR:24:CE1', 'B:PHE:41:CG', 'A:ALA:111:N', 'B:HIS:63:NE2', 'B:ALA:129:N', 'B:VAL:34:CB', 'A:LYS:90:O', 'B:CYS:93:N', 'A:PHE:33:CZ', 'B:GLU:22:N', 'A:VAL:62:CB', 'A:LEU:91:O', 'A:LYS:40:N', 'A:ASP:94:O', 'A:PRO:114:CG', 'A:VAL:55:O', 'B:LYS:95:CB', 'B:LYS:95:N', 'B:GLY:107:O', 'A:HIS:122:CA', 'B:LEU:91:C', 'A:ALA:53:C', 'A:ASN:78:N', 'B:ALA:76:N', 'B:TYR:35:CD1', 'B:ASN:80:C', 'A:LEU:125:CA', 'A:HIS:112:CG', 'A:VAL:62:CA', 'B:LYS:8:CE', 'B:PHE:118:CG', 'B:ASN:19:ND2', 'B:ALA:10:CA', 'A:SER:49:OG', 'A:ASN:68:ND2', 'B:VAL:134:CA', 'B:TRP:37:CZ2', 'A:ALA:130:N', 'A:MET:76:N', 'B:GLN:131:C', 'A:PHE:36:C', 'B:VAL:23:CG2', 'A:PRO:37:C', 'B:PHE:71:CE2', 'B:HIS:92:CB', 'B:LEU:3:CG', 'B:THR:87:C', 'A:MET:32:CB', 'A:CYS:104:N', 'B:LEU:88:CD2', 'B:LEU:114:O', 'A:LYS:90:N', 'A:ASP:126:N', 'B:ALA:62:N', 'B:LYS:132:CB', 'A:GLU:23:CA', 'B:VAL:11:N', 'A:ARG:141:CA', 'B:CYS:93:O', 'B:LYS:82:N', 'A:GLU:27:CB', 'B:ASN:108:CA', 'B:GLU:121:OE1', 'A:PRO:4:CB', 'B:LEU:96:CA', 'B:VAL:34:CG1', 'B:HIS:97:CB', 'A:ALA:28:CB', 'B:VAL:133:O', 'A:VAL:62:CG2', 'A:TYR:140:CZ', 'A:LYS:7:CB', 'A:GLU:30:OE1', 'A:GLU:30:C', 'B:GLY:83:N', 'B:LYS:8:NZ', 'B:LEU:141:CD2', 'B:LYS:59:CG', 'B:LEU:81:O', 'A:HIS:87:C', 'A:PHE:128:CD1', 'A:LYS:139:NZ', 'B:LEU:68:CA', 'B:VAL:111:CG1', 'B:VAL:34:O', 'A:SER:84:O', 'B:ALA:115:O', 'B:THR:4:CG2', 'B:GLU:6:N', 'B:ASP:47:CG', 'A:ALA:65:CB', 'B:ALA:27:CB', 'A:VAL:70:O', 'A:LEU:106:CA', 'B:TYR:130:CB', 'B:VAL:111:C', 'B:VAL:111:CG2', 'A:LYS:127:N', 'B:PRO:36:O', 'B:VAL:18:CG1', 'A:LYS:127:CB', 'B:VAL:113:CA', 'B:VAL:20:C', 'B:PHE:45:CD1', 'A:TYR:24:O', 'B:HIS:116:O', 'B:ASN:102:C', 'B:LEU:31:CB', 'A:LEU:113:CA', 'A:LEU:106:CD2', 'A:LYS:11:O', 'B:PRO:58:CG', 'B:GLU:7:C', 'A:LYS:99:C', 'B:PHE:122:C', 'B:VAL:126:O', 'A:THR:134:N', 'B:LEU:88:CB', 'B:VAL:1:CG1', 'A:HIS:58:CB', 'B:GLU:90:OE2', 'A:SER:3:N', 'A:LEU:2:CD1', 'B:VAL:54:CA', 'B:PHE:103:CG', 'A:GLU:116:O', 'A:ASN:9:OD1', 'A:MET:32:CG', 'A:ASP:74:CA', 'A:PHE:117:C', 'A:SER:124:CA', 'B:HIS:146:N', 'A:TYR:24:CE2', 'A:TYR:24:CZ', 'B:GLU:22:O', 'A:HIS:72:CG', 'B:ASP:79:CG', 'A:LEU:125:CD2', 'A:LEU:48:CB', 'A:PHE:46:N', 'B:ALA:128:N', 'A:VAL:132:CA', 'A:PHE:43:CE1', 'A:HIS:50:CA', 'A:VAL:132:CG2', 'A:HIS:112:O', 'A:LYS:7:NZ', 'B:LYS:8:N', 'B:LYS:95:CA', 'A:LEU:125:O', 'A:ASP:6:N', 'B:ASN:102:N', 'B:HIS:92:CA', 'B:VAL:133:CA', 'B:LYS:59:CD', 'B:PRO:5:CA', 'A:THR:41:CB', 'B:ASN:139:CG', 'B:GLU:22:CA', 'B:MET:55:CB', 'B:THR:123:N', 'A:ASN:78:CA', 'A:PRO:95:O', 'B:SER:9:N', 'B:LEU:28:CD1', 'A:PRO:119:CA', 'A:LEU:2:CB', 'B:ASP:99:CA', 'A:HIS:122:O', 'A:VAL:107:CG2', 'B:GLY:64:N', 'B:ALA:135:O', 'B:THR:123:CG2', 'A:SER:52:C', 'B:HIS:97:ND1', 'A:ALA:12:CB', 'B:GLU:101:N', 'B:GLY:16:N', 'A:SER:81:CB', 'A:VAL:73:CB', 'A:PRO:119:CD', 'B:ASP:79:N', 'B:LEU:114:CD2', 'A:LEU:2:CD2', 'B:GLU:26:O', 'B:VAL:1:C', 'A:LYS:40:C', 'B:TYR:35:CE1', 'A:LEU:125:CB', 'B:ASP:73:C', 'B:ALA:129:C', 'B:LEU:96:CG', 'A:ASP:85:CA', 'A:GLU:116:CD', 'B:LYS:95:C', 'B:CYS:112:CA', 'B:HIS:117:CB', 'B:HIS:97:CD2', 'A:ALA:26:CB', 'B:SER:49:C', 'A:LEU:83:CD2', 'A:ASN:97:CG', 'B:ARG:30:C', 'B:HIS:63:CB', 'B:THR:38:CB', 'A:THR:8:CG2', 'B:TYR:130:CD1', 'A:THR:41:N', 'A:HIS:45:CD2', 'B:ASP:21:CG', 'B:VAL:33:O', 'A:THR:41:CG2', 'A:PHE:128:CG', 'A:ARG:31:CG', 'A:SER:102:OG', 'A:LEU:66:C', 'A:THR:137:CA', 'B:LYS:120:CB', 'A:THR:137:O', 'A:ASP:85:C', 'A:ALA:130:C', 'A:LEU:66:CB', 'B:TYR:35:CG', 'A:ALA:26:N', 'A:VAL:10:CA', 'A:SER:52:OG', 'A:TRP:14:NE1', 'B:LYS:132:CE', 'A:LEU:2:C', 'B:THR:12:C', 'B:VAL:33:N', 'A:HIS:72:CA', 'A:ASP:85:OD1', 'A:PRO:119:C', 'B:GLN:127:O', 'B:PRO:5:CB', 'A:SER:102:O', 'B:PRO:5:N', 'B:SER:44:OG', 'B:PHE:122:CE2', 'A:ALA:79:CA', 'A:LYS:99:N', 'B:VAL:113:N', 'A:LYS:61:NZ', 'A:THR:67:O', 'B:LEU:3:CB', 'A:SER:35:CB', 'B:ASN:57:ND2', 'B:TYR:35:C', 'B:GLY:74:O', 'A:ALA:88:CA', 'A:PHE:36:CB', 'A:LEU:101:N', 'A:ASP:85:CG', 'B:TYR:130:CZ', 'B:GLU:43:CG', 'B:PHE:118:CD1', 'B:THR:87:CG2', 'B:LYS:59:CB', 'A:ALA:12:N', 'A:ALA:79:C', 'A:ASP:94:CG', 'A:GLU:23:C', 'B:ASP:47:OD1', 'B:SER:9:O', 'B:LEU:105:CB', 'B:SER:72:N', 'B:ARG:40:NH2', 'B:PHE:42:CB', 'B:HIS:117:CE1', 'A:HIS:50:C', 'A:ARG:141:CZ', 'A:LYS:90:C', 'A:ALA:111:O', 'A:SER:35:C', 'B:PHE:85:CD2', 'B:GLU:22:C', 'A:LEU:109:CG', 'B:ALA:140:N', 'A:GLY:15:CA', 'B:ASP:99:N', 'A:ALA:110:C', 'A:LEU:86:N', 'B:ALA:13:N', 'B:VAL:18:CG2', 'A:GLY:18:O', 'A:GLN:54:OE1', 'A:PHE:98:CE2', 'B:HIS:146:CG', 'B:ALA:70:C', 'B:CYS:112:C', 'B:VAL:109:CG1', 'B:PHE:118:N', 'A:ALA:28:C', 'A:ARG:31:NH2', 'A:LEU:106:CB', 'B:ARG:30:CB', 'A:HIS:122:NE2', 'B:LYS:61:N', 'A:LYS:56:NZ', 'B:GLY:24:O', 'B:PHE:118:C', 'A:PRO:37:CG', 'B:LYS:82:O', 'B:HIS:116:CB', 'A:HIS:89:CE1', 'A:PHE:117:O', 'A:LYS:60:C', 'B:VAL:98:CB', 'B:THR:4:N', 'B:PHE:42:CD1', 'A:LEU:86:C', 'A:HIS:112:CD2', 'B:LEU:68:O', 'A:PHE:33:N', 'A:THR:38:CG2', 'A:SER:49:CA', 'A:LEU:80:CG', 'A:PHE:98:O', 'A:HIS:103:CG', 'B:SER:44:CB', 'A:HIS:45:CE1', 'A:PHE:98:CG', 'B:LYS:120:CE', 'B:LYS:66:CG', 'B:PRO:125:CA', 'A:HIS:72:O', 'A:ASP:47:CA', 'A:LYS:139:C', 'A:PHE:117:CG', 'B:VAL:18:N', 'B:CYS:93:CB', 'B:HIS:63:N', 'A:LEU:80:C', 'B:LYS:61:NZ', 'A:ASN:68:CA', 'B:VAL:126:CG2', 'A:LEU:2:N', 'A:ALA:63:CA', 'A:SER:124:CB', 'B:LEU:75:CD2', 'B:TYR:35:OH', 'A:ASP:94:N', 'B:SER:72:CA', 'B:TRP:37:O', 'A:ALA:71:CB', 'A:GLY:22:C', 'B:PRO:5:O', 'A:ALA:12:C', 'B:HIS:146:O', 'A:TYR:24:C', 'A:LYS:11:CA', 'A:ASN:78:C', 'A:TRP:14:CD1', 'B:LYS:8:CB', 'B:VAL:98:N', 'B:TYR:35:O', 'B:THR:12:CA', 'B:ASP:52:N', 'B:LEU:88:CA', 'A:SER:131:N', 'B:GLY:25:O', 'A:VAL:10:CB', 'A:VAL:121:CA', 'B:HIS:77:NE2', 'A:VAL:132:N', 'A:ARG:141:NH1', 'A:LYS:99:CG', 'B:ARG:40:CG', 'B:PHE:41:N', 'B:TYR:145:CZ', 'B:TYR:130:CE2', 'A:ASP:47:OD2', 'A:ALA:88:O', 'B:PHE:103:CB', 'A:ASP:47:O', 'A:ALA:12:CA', 'A:ASP:64:CG', 'B:TRP:15:CA', 'B:LEU:28:C', 'A:LYS:61:C', 'A:PHE:117:N', 'B:LYS:82:CD', 'B:SER:9:CA', 'A:ALA:123:CB', 'B:ALA:140:O', 'B:HIS:143:C', 'B:ARG:40:CA', 'B:THR:4:C', 'B:ASN:139:O', 'B:LYS:8:CG', 'B:GLN:39:CA', 'A:LEU:113:CD1', 'B:GLN:127:N', 'A:PRO:95:CB', 'B:GLY:136:O', 'B:LYS:65:CB', 'A:GLY:51:O', 'B:LEU:31:N', 'A:ASN:68:CG', 'B:PHE:71:CA', 'B:ASP:47:N', 'A:HIS:58:O', 'A:LEU:34:CA', 'B:PHE:118:CE1', 'B:ARG:104:NE', 'A:PRO:77:N', 'B:LEU:78:CG', 'A:ALA:63:O', 'A:LYS:16:O', 'A:LEU:80:CD1', 'B:GLU:7:CA', 'B:LEU:105:CD1', 'B:LYS:95:CG', 'A:VAL:96:CG2', 'A:HIS:20:CD2', 'A:VAL:62:C', 'B:VAL:113:CB', 'A:TYR:42:CD1', 'B:PHE:41:O', 'A:ALA:53:CB', 'B:THR:38:N', 'A:GLY:57:O', 'B:VAL:23:O', 'B:ARG:104:CD', 'B:VAL:111:N', 'A:VAL:93:CG2', 'A:VAL:93:N', 'A:ARG:31:CD', 'B:GLU:121:CB', 'B:VAL:137:CG2', 'A:LEU:66:O', 'B:ALA:128:O', 'A:THR:134:C', 'A:PHE:43:CD2', 'A:VAL:73:CG2', 'A:ASP:75:N', 'B:LEU:110:CG', 'B:ASN:19:CG', 'A:GLU:30:OE2', 'B:SER:89:CB', 'A:LEU:101:CB', 'A:ALA:26:CA', 'B:TYR:145:CD2', 'A:THR:39:O', 'B:MET:55:CA', 'B:GLY:64:CA', 'B:ASN:139:OD1', 'B:LYS:17:O', 'A:GLU:27:CG', 'B:TRP:37:CH2', 'A:HIS:20:NE2', 'A:PRO:44:CB', 'B:PRO:58:CA', 'A:GLY:15:N', 'B:PHE:42:CE1', 'A:GLY:51:C', 'A:LYS:139:CG', 'A:PRO:77:CA', 'B:GLU:43:OE2', 'A:LYS:61:CG', 'B:ALA:53:C', 'B:ASN:57:CG', 'A:ASP:94:CB', 'A:THR:108:CB', 'A:LEU:100:CD2', 'B:GLU:121:N', 'A:THR:8:N', 'A:LEU:109:C', 'A:LEU:109:O', 'A:ALA:19:CB', 'B:PRO:100:CG', 'B:GLY:46:C', 'B:PHE:122:O', 'B:TYR:130:OH', 'A:LYS:90:CB', 'B:LYS:61:O', 'B:VAL:133:CG2', 'B:LYS:82:NZ', 'B:ASN:139:CA', 'A:TYR:42:O', 'A:SER:35:OG', 'A:VAL:62:N', 'A:HIS:20:CB', 'A:LEU:106:CG', 'A:ALA:21:C', 'A:LYS:56:CD', 'B:GLY:69:O', 'B:GLN:131:O', 'A:ASP:47:CG', 'A:PHE:117:CA', 'A:VAL:1:CA', 'A:LYS:127:CE', 'B:ASP:99:CB', 'B:PRO:124:CB', 'A:VAL:121:O', 'B:ASN:19:CA', 'B:LEU:96:C', 'B:LYS:66:CA', 'A:CYS:104:CB', 'B:ASP:47:CA', 'B:GLU:26:CA', 'A:HIS:45:ND1', 'A:PRO:95:CG', 'B:GLY:24:C', 'B:VAL:137:CG1', 'B:VAL:113:O', 'B:LEU:110:CD2', 'B:GLN:39:CB', 'B:ASN:139:C', 'A:ARG:31:C', 'B:ASN:80:CA', 'A:LEU:86:CD1', 'B:LEU:105:CD2', 'A:THR:134:O', 'A:TRP:14:CE2', 'B:PRO:125:CG', 'A:ALA:115:N', 'A:LYS:56:O', 'A:TYR:140:CD1', 'B:LYS:61:C', 'A:PHE:33:CB', 'A:SER:52:CB', 'B:PRO:58:CD', 'B:THR:4:CA', 'B:LEU:32:O', 'A:HIS:45:NE2', 'B:ALA:70:O', 'A:GLN:54:C', 'B:LEU:31:CD1', 'B:ASN:102:O', 'B:LEU:14:CA', 'B:TRP:15:CZ2', 'B:GLY:64:C', 'A:VAL:93:O', 'A:PRO:44:C', 'B:ALA:128:CA', 'A:VAL:107:CG1', 'A:THR:39:OG1', 'B:LYS:61:CA', 'B:ALA:138:C', 'B:MET:55:N', 'B:SER:44:N', 'B:GLU:121:CA', 'B:GLY:107:C', 'B:TRP:15:CB', 'A:PHE:46:CE2', 'A:HIS:20:ND1', 'B:ASN:57:O', 'B:HIS:77:ND1', 'A:LEU:29:CG', 'B:LEU:96:O', 'A:SER:138:CA', 'A:GLY:22:CA', 'A:HIS:122:CG', 'B:VAL:1:N', 'B:GLY:56:N', 'B:TRP:37:N', 'A:GLU:23:N', 'A:ALA:115:CA', 'B:LEU:88:CG', 'A:ASN:78:OD1', 'A:SER:49:N', 'B:GLY:107:N', 'B:PRO:100:CA', 'A:ALA:12:O', 'A:PRO:37:O', 'B:LYS:132:CA', 'A:ALA:115:CB', 'B:VAL:11:O', 'A:ALA:13:C', 'B:GLY:83:CA', 'B:VAL:33:CG2', 'A:ALA:28:N', 'B:ARG:30:CA', 'A:HIS:50:CD2', 'B:VAL:54:N', 'B:PRO:125:N', 'B:VAL:54:CB', 'B:GLU:7:O', 'B:PRO:58:N', 'B:GLU:101:OE2', 'B:TYR:145:OH', 'A:SER:102:C', 'A:TYR:140:OH', 'B:LYS:65:CD', 'B:LEU:48:N', 'B:VAL:11:CG1', 'A:GLY:57:C', 'B:LEU:141:CB', 'B:LEU:28:CG', 'A:GLN:54:CB', 'B:LYS:17:CG', 'A:THR:39:CG2', 'B:HIS:2:ND1', 'B:GLN:39:N', 'B:HIS:116:N', 'B:PHE:42:C', 'A:PHE:117:CB', 'A:VAL:55:CB', 'B:VAL:11:C', 'A:TYR:24:CB', 'B:CYS:112:SG', 'B:VAL:113:CG1', 'A:SER:49:O', 'B:VAL:67:CG2', 'B:GLY:107:CA', 'B:LYS:8:O', 'B:PHE:85:CZ', 'A:HIS:45:CG', 'A:ASP:47:N', 'B:ASN:102:OD1', 'B:PHE:122:CB', 'B:LYS:65:C', 'B:ASP:99:CG', 'B:MET:55:SD', 'B:PHE:71:CB', 'B:VAL:33:CA', 'A:SER:81:OG', 'B:VAL:54:CG1', 'A:HIS:50:CG', 'B:HIS:143:CB', 'B:LEU:96:CD1', 'A:ASN:9:N', 'A:LYS:11:CB', 'B:TRP:15:CD2', 'A:TYR:140:CE1', 'A:LYS:139:N', 'B:LEU:114:CG', 'B:GLU:7:OE1', 'B:GLU:6:OE2', 'B:GLY:46:N', 'B:LYS:66:CB', 'A:ALA:53:O', 'B:GLU:90:CB', 'A:SER:3:OG', 'A:PHE:36:CZ', 'B:VAL:60:O', 'B:ALA:10:C', 'B:PRO:125:CB', 'B:HIS:77:CG', 'A:LEU:129:N', 'A:LYS:16:CG', 'B:THR:50:O', 'B:PHE:122:CA', 'B:PHE:71:CD2', 'A:LYS:127:CD', 'A:TYR:140:CD2', 'A:ARG:141:O', 'A:VAL:70:CB', 'B:PHE:85:N', 'B:LEU:31:C', 'A:HIS:122:CB', 'B:GLU:121:C', 'B:HIS:77:N', 'A:HIS:58:CD2', 'B:VAL:126:N', 'B:LEU:141:CG', 'B:LEU:48:CD2', 'A:SER:131:CB', 'A:HIS:58:CA', 'B:GLN:131:CG', 'B:GLY:136:N', 'A:VAL:17:CA', 'B:PHE:71:CZ', 'A:LYS:127:CG', 'B:GLU:101:CA', 'A:TYR:140:C', 'A:ASN:9:CG', 'A:PRO:4:CA', 'B:VAL:134:CB', 'B:HIS:97:O', 'B:VAL:98:CA', 'B:VAL:98:CG2', 'B:ALA:129:CA', 'A:LEU:113:N', 'A:VAL:70:CG2', 'A:VAL:62:CG1', 'B:HIS:97:NE2', 'B:GLU:90:C', 'B:ASP:21:OD2', 'B:VAL:60:CA', 'A:CYS:104:O', 'B:LYS:59:N', 'A:ASP:64:O', 'A:ALA:79:N', 'B:LEU:78:CB', 'B:PHE:85:CB', 'B:ASP:47:C', 'A:HIS:89:CD2', 'A:VAL:135:N', 'B:TYR:35:CE2', 'B:ALA:13:CA', 'B:ALA:142:CA', 'B:VAL:98:O', 'B:ALA:142:O', 'B:ASN:139:CB', 'B:MET:55:C', 'A:PHE:36:N', 'A:PHE:46:CG', 'B:CYS:93:CA', 'B:ARG:40:CZ', 'A:HIS:112:C', 'A:PRO:114:CB', 'A:THR:41:C', 'B:LEU:141:CA', 'B:ARG:104:CZ', 'B:LYS:120:C', 'A:SER:131:C', 'B:HIS:63:O', 'B:HIS:143:CA', 'A:HIS:87:O', 'B:LEU:81:CD1', 'B:LEU:88:N', 'B:ALA:128:C', 'A:VAL:107:O', 'B:VAL:109:CG2', 'B:VAL:137:CB', 'A:GLU:116:CB', 'A:LEU:125:N', 'B:VAL:33:C', 'A:SER:52:O', 'B:ALA:53:CA', 'B:MET:55:O', 'B:PHE:122:CD1', 'B:THR:87:CB', 'A:ALA:65:CA', 'A:LEU:136:CB', 'A:LEU:136:CD1', 'A:ARG:31:CZ', 'B:HIS:2:CE1', 'B:THR:84:N', 'B:GLY:64:O', 'A:PRO:119:N', 'B:GLU:6:CA', 'B:GLY:25:N', 'B:VAL:67:C', 'B:ASP:73:N', 'B:ASN:108:CB', 'A:LEU:83:C', 'A:SER:52:N', 'A:THR:67:CB', 'A:GLU:30:N', 'B:GLU:26:N', 'B:HIS:117:ND1', 'A:ALA:71:C', 'A:PHE:128:CE1', 'A:TRP:14:CE3', 'A:PHE:98:N', 'B:THR:38:CG2', 'A:ALA:5:CA', 'A:LEU:105:C', 'B:PRO:51:CG', 'B:LEU:28:CB', 'A:GLU:27:OE1', 'B:HIS:116:CD2', 'B:VAL:133:N', 'B:HIS:63:CE1', 'A:ASN:97:CA', 'A:LEU:129:CB', 'A:PRO:114:CD', 'B:GLU:26:CB', 'A:THR:134:CG2', 'A:CYS:104:C', 'A:PRO:95:CA', 'A:SER:84:CA', 'A:PHE:36:O', 'B:ALA:138:O', 'A:LEU:113:CB', 'B:ASN:19:C', 'B:HIS:116:C', 'A:LEU:109:CD1', 'A:HIS:20:CG', 'A:LEU:113:CG', 'B:SER:72:OG', 'A:ALA:88:N', 'A:ASN:97:C', 'A:HIS:72:N', 'B:ALA:129:CB', 'A:LEU:91:N', 'A:LEU:83:N', 'B:TYR:145:CE1', 'A:SER:3:CB', 'B:PHE:118:CA', 'B:TYR:145:CG', 'B:HIS:92:NE2', 'A:PRO:95:CD', 'A:VAL:10:C', 'A:SER:133:N', 'B:PHE:85:O', 'B:TYR:130:CE1', 'B:THR:38:CA', 'A:PHE:43:CB', 'A:HIS:112:NE2', 'A:LYS:99:NZ', 'B:ALA:53:N', 'A:SER:138:CB', 'B:ALA:13:C', 'B:ARG:30:NE', 'B:GLN:131:NE2', 'A:THR:39:N', 'A:ASN:68:CB', 'B:ASP:21:OD1', 'B:HIS:77:CA', 'B:ARG:30:CD', 'B:TYR:130:N', 'B:LEU:14:CB', 'B:VAL:113:CG2', 'B:LYS:17:CA', 'B:VAL:20:CG2', 'B:LEU:14:C', 'A:LEU:80:CD2', 'B:ASN:57:N', 'B:LYS:132:CG', 'B:HIS:2:CB', 'A:TRP:14:CZ3', 'A:ASP:75:C', 'B:GLY:56:O', 'B:LYS:59:CA', 'B:PHE:71:N', 'A:ARG:92:CZ', 'A:PRO:44:CD', 'A:ASN:68:C', 'B:LEU:32:CG', 'B:MET:55:CE', 'B:ASP:73:CG', 'A:SER:84:OG', 'A:ARG:92:NH2', 'B:GLN:39:O', 'A:PRO:4:CG', 'A:VAL:70:CA', 'B:PHE:45:CA', 'A:ALA:111:CA', 'B:PHE:45:CZ', 'A:ASP:64:CA', 'A:LYS:16:C', 'A:LEU:83:O', 'B:LYS:17:CE', 'A:ARG:92:NE', 'A:HIS:58:CG', 'A:LEU:125:CD1', 'A:ARG:31:N', 'B:PHE:122:CG', 'B:ALA:13:O', 'B:GLY:69:CA', 'B:LEU:81:CG', 'A:HIS:58:ND1', 'A:LYS:40:CE', 'B:HIS:2:CG', 'B:VAL:54:CG2', 'A:PHE:117:CZ', 'B:ASP:73:CA', 'A:GLN:54:CD', 'A:SER:84:C', 'B:VAL:126:C', 'A:LEU:129:O', 'A:HIS:58:NE2', 'B:LEU:110:CA', 'B:GLY:119:C', 'A:VAL:73:C', 'B:ASP:52:OD1', 'A:PHE:98:CZ', 'A:PHE:128:CE2', 'A:LYS:16:CA', 'A:PHE:98:CB', 'A:ASP:85:CB', 'B:HIS:117:CD2', 'B:LYS:66:CE', 'B:ASP:79:O', 'A:ASN:78:CB', 'A:SER:138:O', 'B:GLY:29:CA', 'A:THR:108:CA', 'A:LEU:2:O', 'B:LYS:66:N', 'A:VAL:107:CB', 'A:PRO:114:N', 'A:HIS:20:CE1', 'A:THR:8:CA', 'B:LEU:14:N', 'A:LEU:48:C', 'B:PRO:124:CG', 'A:PHE:36:CD2', 'A:SER:35:N', 'B:VAL:18:C', 'A:VAL:1:N', 'A:THR:38:C', 'A:ALA:111:CB', 'B:THR:38:O', 'A:PHE:46:O', 'B:VAL:67:CB', 'B:LYS:66:NZ', 'A:THR:8:C', 'A:MET:32:CE', 'A:ARG:92:CB', 'A:VAL:135:CG2', 'A:VAL:96:CA', 'A:LYS:60:CG', 'B:GLN:131:OE1', 'A:ALA:13:N', 'B:LYS:95:NZ', 'A:TYR:42:CD2', 'B:TYR:130:CD2', 'A:LYS:60:NZ', 'B:LYS:66:O', 'A:HIS:89:CG', 'A:VAL:17:CG1', 'B:VAL:23:N', 'B:GLU:43:CB', 'A:ALA:63:C', 'A:TRP:14:CH2', 'B:GLU:90:CA', 'B:PHE:85:CE1', 'B:PHE:45:CE2', 'A:LYS:16:CE', 'B:HIS:77:O', 'B:PHE:85:CE2', 'B:LEU:141:CD1', 'A:PHE:43:CE2', 'A:LEU:105:CD1', 'B:VAL:34:CA', 'A:VAL:121:CB', 'A:PHE:128:CZ', 'A:ALA:71:O', 'A:LEU:86:CG', 'A:LEU:113:O', 'B:TYR:145:C', 'A:PRO:77:CB', 'B:LEU:81:CD2', 'A:LYS:16:CD', 'A:PHE:33:CA', 'A:ARG:141:CD', 'A:ARG:92:O', 'A:LEU:136:CG', 'B:LEU:75:CG', 'A:HIS:50:CE1', 'B:ASN:19:CB', 'A:TYR:42:N', 'A:ALA:5:O', 'A:LEU:101:CG', 'B:LYS:8:CD', 'A:TYR:42:CZ', 'B:LEU:78:N', 'B:LEU:14:CD2', 'B:LYS:132:N', 'B:ASP:21:N', 'B:THR:4:O', 'A:ALA:69:C', 'A:MET:76:CB', 'B:LYS:144:CD', 'B:PHE:103:N', 'A:GLY:25:N', 'B:VAL:133:CB', 'A:ALA:110:O', 'B:GLU:90:OE1', 'A:VAL:17:O', 'A:PRO:119:CB', 'A:GLY:51:N', 'B:VAL:54:C', 'A:ALA:110:N', 'B:LEU:32:CA', 'B:SER:9:OG', 'A:ASN:68:OD1', 'A:GLY:18:CA', 'A:ASP:74:N', 'A:ASP:75:O', 'A:THR:118:O', 'B:LEU:88:CD1', 'B:PHE:41:CA', 'A:LYS:90:CA', 'B:LYS:17:N', 'B:LEU:114:CA', 'B:GLN:127:CD', 'B:ASN:108:ND2', 'A:VAL:55:CA', 'B:ARG:104:NH2', 'A:ALA:19:O', 'A:ARG:31:CB', 'A:LEU:2:CG', 'A:LEU:105:N', 'A:GLY:57:N', 'A:TYR:42:CA', 'B:LEU:78:CA', 'B:THR:50:C', 'B:HIS:116:ND1', 'B:GLY:46:CA', 'B:ARG:104:CB', 'A:ASP:6:C', 'A:THR:41:CA', 'B:GLU:7:CD', 'B:PHE:42:O', 'A:LEU:105:CG', 'A:VAL:121:CG1', 'A:LEU:101:CD2', 'A:ALA:69:CB', 'B:PRO:100:N', 'B:HIS:146:NE2', 'B:LEU:3:O', 'B:VAL:33:CB', 'B:LEU:81:CB', 'B:SER:89:CA', 'A:TYR:140:O', 'A:TYR:42:C', 'B:GLN:127:CA', 'B:LYS:65:O', 'A:TYR:24:CD1', 'A:LEU:125:C', 'B:ALA:128:CB', 'B:LEU:75:CA', 'B:GLU:101:CG', 'A:THR:67:OG1', 'B:VAL:137:N', 'B:THR:123:OG1', 'B:LEU:32:CD1', 'B:ASP:47:OD2', 'B:GLY:24:CA', 'A:ASP:74:O', 'A:ASN:68:O', 'A:PHE:128:O', 'B:LEU:48:CD1', 'B:PHE:71:CD1', 'A:ASN:68:N', 'B:GLU:6:CG', 'B:LYS:144:NZ', 'B:CYS:112:N', 'B:PHE:118:CD2', 'A:ALA:82:CB', 'A:HIS:58:N', 'A:LEU:109:CB', 'B:GLY:46:O', 'B:PHE:42:CA', 'A:VAL:121:N', 'A:PHE:98:CE1', 'B:GLU:90:N', 'B:GLU:6:C', 'A:VAL:107:CA', 'B:VAL:137:CA', 'B:LYS:66:C', 'B:TRP:15:CG', 'A:THR:8:OG1', 'B:ASN:80:OD1', 'A:GLY:57:CA', 'B:HIS:2:NE2', 'A:ALA:26:O', 'A:ASP:64:CB', 'A:VAL:93:CG1', 'B:PHE:42:CD2', 'B:LEU:31:CG', 'B:ALA:62:CB', 'B:ALA:13:CB', 'A:HIS:20:C', 'B:ALA:86:C', 'B:HIS:92:CG', 'A:GLU:27:CA', 'A:LEU:29:CD1', 'A:VAL:96:CG1', 'A:LEU:105:CB', 'A:ALA:111:C', 'A:LYS:11:CG', 'A:HIS:45:C', 'B:HIS:92:CE1', 'B:VAL:109:CA', 'A:VAL:70:N', 'B:HIS:146:CD2', 'B:HIS:117:CG', 'B:LEU:106:CG', 'A:GLU:23:CB', 'A:SER:49:CB', 'B:ALA:142:C', 'A:VAL:70:CG1', 'B:THR:84:CA', 'B:ASP:73:OD1', 'A:LEU:129:C', 'B:HIS:97:C', 'B:GLN:39:CG', 'A:ALA:65:C', 'A:ASP:64:N', 'B:PHE:122:CE1', 'A:SER:35:CA', 'A:GLY:18:N', 'A:SER:124:C', 'B:LYS:120:CG', 'B:TYR:145:CE2', 'A:VAL:96:CB', 'B:THR:123:O', 'A:PHE:46:CE1', 'A:HIS:103:NE2', 'B:HIS:116:NE2', 'A:ALA:13:CA', 'B:PHE:122:CZ', 'B:PRO:36:CA', 'A:ALA:71:CA', 'A:PHE:117:CD2', 'A:TYR:24:CA', 'A:LEU:129:CD2', 'B:SER:49:N', 'B:GLU:43:C', 'A:THR:67:CA', 'B:LYS:65:NZ', 'A:LEU:105:CD2', 'B:ALA:135:CA', 'B:ASP:73:OD2', 'A:ARG:92:N', 'B:PRO:125:CD', 'B:ALA:10:O', 'A:THR:137:N', 'B:VAL:109:O', 'B:TRP:37:CZ3', 'A:HIS:87:CE1', 'B:LEU:110:CB', 'A:LYS:99:CA', 'B:HIS:63:CA', 'B:HIS:146:CB', 'A:HIS:45:O', 'A:LEU:29:C', 'A:THR:108:CG2', 'B:GLY:56:CA', 'A:VAL:132:CG1', 'B:PRO:58:O', 'A:MET:76:CE', 'A:ASP:6:CA', 'A:THR:38:CA', 'A:LYS:7:CD', 'B:ARG:40:CB', 'B:LYS:61:CE', 'B:ASN:80:N', 'A:TYR:140:CE2', 'B:SER:72:O', 'B:HIS:63:CD2', 'A:HIS:58:CE1', 'B:GLU:121:OE2', 'B:LEU:105:N', 'B:ARG:104:CG', 'A:ALA:63:CB', 'B:PRO:5:CD', 'A:ASN:97:CB', 'A:PHE:36:CA', 'B:PRO:5:C', 'A:HIS:112:CB', 'B:CYS:93:C', 'A:ARG:141:NH2', 'B:GLY:119:CA', 'A:ALA:21:O', 'A:VAL:73:CA', 'B:LEU:28:N', 'B:PHE:118:O', 'B:ALA:140:C', 'B:LYS:95:CE', 'A:ASP:75:CG', 'B:ASP:52:CA', 'B:GLY:16:C', 'A:HIS:103:CE1', 'B:HIS:143:CG', 'B:VAL:18:CA', 'B:GLN:39:OE1', 'B:VAL:126:CA', 'A:ALA:79:O', 'B:LEU:32:C', 'B:HIS:117:C', 'A:ALA:82:N', 'A:LYS:90:CE', 'A:PHE:33:CE1', 'A:THR:108:O', 'B:TYR:145:CB', 'B:VAL:60:CG2', 'B:PHE:41:CE1', 'B:LEU:91:CG', 'B:LEU:3:CA', 'A:LYS:16:NZ', 'B:HIS:92:O', 'B:LEU:78:CD2', 'A:SER:52:CA', 'B:PHE:103:CZ', 'B:ARG:40:O', 'B:LEU:110:N', 'B:LEU:75:CB', 'B:HIS:143:O', 'B:VAL:11:CA', 'B:VAL:134:C', 'B:PRO:125:C', 'A:HIS:72:CB', 'B:GLU:101:C', 'A:ASP:94:OD1', 'B:GLU:26:C', 'A:GLU:27:O', 'B:ALA:115:CA', 'A:THR:137:CB', 'B:THR:12:OG1', 'A:GLN:54:O', 'B:HIS:63:CG', 'B:ALA:138:CB', 'A:ALA:21:CA', 'A:TYR:140:CB', 'B:THR:12:N', 'B:PRO:100:C', 'B:ASP:99:OD1', 'B:ARG:104:N', 'A:PHE:43:CG', 'A:VAL:17:C', 'B:ALA:70:CA', 'A:THR:118:CG2', 'A:THR:118:C', 'B:ALA:27:N', 'A:GLU:116:N', 'A:LYS:99:O', 'A:SER:102:N', 'B:LYS:144:N', 'A:PHE:128:N', 'A:PRO:119:CG', 'A:ALA:123:C', 'B:SER:49:CB', 'B:HIS:117:N', 'B:GLU:6:OE1', 'B:HIS:117:O', 'A:GLU:30:CD', 'B:SER:44:CA', 'A:TYR:42:OH', 'A:ARG:92:CG', 'B:PHE:103:CD2', 'A:MET:32:CA', 'B:VAL:23:CA', 'B:ALA:53:CB', 'B:TYR:145:O', 'A:LEU:29:CA', 'B:ASP:99:O', 'B:LYS:132:CD', 'B:PHE:45:CE1', 'B:LEU:48:O', 'B:LEU:91:O', 'A:HIS:45:CA', 'B:ASP:79:CA', 'B:HIS:97:CG', 'B:LEU:105:O', 'A:LYS:139:CE', 'B:LEU:3:CD2', 'A:LEU:100:CB', 'A:TYR:24:CG', 'B:PRO:124:CA', 'A:VAL:1:CG2', 'B:HIS:146:ND1', 'B:PHE:41:CZ', 'A:ALA:130:O', 'B:VAL:67:O', 'B:LEU:28:CA', 'B:LEU:48:CB', 'B:GLY:119:N', 'A:LYS:11:CE', 'B:HIS:116:CA', 'A:THR:108:N', 'A:HIS:112:CE1', 'B:THR:50:N', 'B:CYS:93:SG', 'B:HIS:116:CG', 'A:PRO:119:O', 'A:LEU:101:O', 'B:GLU:121:O', 'B:PRO:51:N', 'A:PHE:36:CE1', 'A:ALA:28:O', 'A:LYS:61:CD', 'B:THR:87:N', 'B:HIS:146:C', 'B:PRO:124:N', 'A:TYR:24:CD2', 'A:HIS:72:CE1', 'A:LEU:101:C', 'A:ARG:141:N', 'A:VAL:55:CG1', 'A:PHE:33:CG', 'B:GLU:43:OE1', 'B:PHE:118:CB', 'B:THR:87:O', 'B:GLY:74:C', 'B:TRP:37:CB', 'A:LEU:113:C', 'A:VAL:132:CB', 'B:TYR:35:CA', 'A:LYS:60:N', 'B:PHE:41:CB', 'A:LYS:127:NZ', 'B:VAL:109:C'].
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Found 1069 nodes in the chain subgraph.
DEBUG:graphein.protein.subgraphs:Creating subgraph from nodes: ['A:LEU:91:CD2', 'A:VAL:93:CA', 'A:SER:138:C', 'A:THR:67:CB', 'A:HIS:87:ND1', 'A:GLU:30:N', 'A:ASN:78:CA', 'A:ALA:71:C', 'A:PRO:95:O', 'A:PHE:128:CE1', 'A:TRP:14:CE3', 'A:PHE:98:N', 'A:ALA:120:CA', 'A:ALA:5:CA', 'B:LEU:105', 'B:HIS:92', 'A:LEU:105:C', 'A:PRO:119:CA', 'C:SER:35', 'B:ALA:86', 'A:LEU:100:CG', 'A:HIS:122:N', 'A:LEU:2:CB', 'A:LEU:86:CB', 'A:HIS:122:O', 'A:LYS:127:C', 'A:GLU:27:OE1', 'A:VAL:107:CG2', 'A:ALA:115:C', 'B:HIS:143', 'A:ASN:78:O', 'A:ASN:97:CA', 'A:LEU:129:CB', 'A:LEU:113:CD2', 'A:LYS:11:C', 'A:CYS:104:SG', 'A:PRO:114:CD', 'A:SER:52:C', 'A:LYS:90:CG', 'A:GLN:54:CA', 'A:LEU:2:CA', 'A:THR:134:CG2', 'A:ALA:12:CB', 'A:CYS:104:C', 'A:PRO:95:CA', 'A:THR:118:CB', 'A:THR:137:OG1', 'A:SER:84:CA', 'A:PHE:36:O', 'A:SER:81:CB', 'A:VAL:73:CB', 'C:HIS:20', 'A:LYS:61:N', 'A:LEU:113:CB', 'A:PHE:98:CA', 'A:LYS:99:CE', 'A:LEU:109:N', 'A:PRO:119:CD', 'A:ARG:31:NH1', 'A:LEU:109:CD1', 'A:VAL:73:N', 'A:LEU:2:CD2', 'C:ASP:6', 'A:HIS:20:CG', 'A:LEU:100:O', 'A:LEU:113:CG', 'A:LYS:56:N', 'A:MET:32:O', 'B:ALA:115', 'A:ALA:88:N', 'A:ASN:97:C', 'A:GLY:15:O', 'A:HIS:72:N', 'A:GLU:116:CG', 'A:LYS:40:C', 'A:LEU:91:N', 'A:LEU:83:N', 'A:LEU:125:CB', 'B:PHE:85', 'A:ASP:85:CA', 'A:SER:3:CB', 'A:ALA:110:CA', 'B:HIS:117', 'C:VAL:1', 'A:PHE:43:CZ', 'A:GLU:116:CD', 'A:PRO:95:CD', 'A:VAL:10:CG1', 'A:VAL:10:C', 'A:ALA:120:CB', 'A:ALA:26:CB', 'A:PRO:77:CD', 'A:LEU:29:N', 'A:MET:76:CG', 'A:LEU:83:CD2', 'A:LYS:16:CB', 'A:LYS:60:O', 'A:ASN:9:O', 'A:ASN:97:CG', 'B:VAL:133', 'A:SER:133:N', 'A:LYS:56:C', 'A:THR:118:OG1', 'A:PHE:43:CB', 'A:ALA:69:O', 'A:LYS:99:NZ', 'A:HIS:112:NE2', 'A:ASN:9:CB', 'A:THR:67:C', 'C:SER:52', 'A:HIS:89:ND1', 'C:MET:32', 'A:SER:138:CB', 'A:THR:8:CG2', 'B:VAL:113', 'A:THR:39:N', 'A:GLU:27:C', 'A:THR:39:CA', 'A:ASN:68:CB', 'A:THR:41:N', 'A:HIS:45:CB', 'A:HIS:45:CD2', 'A:VAL:107:N', 'B:LYS:132', 'A:LYS:7:O', 'A:PRO:37:CA', 'A:LYS:61:CA', 'C:LYS:7', 'A:THR:38:OG1', 'C:HIS:45', 'A:LEU:109:CD2', 'A:THR:41:CG2', 'A:PHE:128:CG', 'A:ARG:31:CG', 'A:ALA:120:N', 'A:SER:102:OG', 'A:LEU:66:C', 'A:THR:137:CA', 'A:ARG:141:CG', 'C:ALA:28', 'A:LYS:16:N', 'A:LEU:80:CD2', 'A:THR:137:O', 'A:ASP:85:C', 'A:HIS:103:CB', 'A:SER:133:C', 'A:ALA:130:C', 'A:TRP:14:CZ3', 'A:ASP:75:C', 'A:LEU:66:CB', 'C:GLN:54', 'A:VAL:96:C', 'A:HIS:112:CA', 'A:ALA:26:N', 'A:VAL:132:O', 'A:SER:138:OG', 'C:SER:49', 'A:VAL:10:CA', 'A:ARG:92:CZ', 'A:PHE:33:C', 'A:LEU:100:C', 'A:LYS:7:C', 'A:ALA:5:CB', 'C:TRP:14', 'A:PRO:44:CD', 'A:ASN:68:C', 'A:ASN:97:O', 'A:SER:52:OG', 'A:TRP:14:NE1', 'A:LEU:34:O', 'A:PRO:37:CD', 'A:SER:84:OG', 'A:ARG:92:NH2', 'A:ASP:85:OD2', 'A:LEU:2:C', 'A:PRO:4:CG', 'A:VAL:70:CA', 'B:ASN:102', 'A:PRO:114:CA', 'A:ALA:123:N', 'A:ARG:31:NE', 'A:LEU:106:C', 'A:ALA:111:CA', 'A:HIS:72:CA', 'A:GLY:51:CA', 'A:ASP:85:OD1', 'B:GLY:107', 'A:VAL:73:O', 'A:PRO:119:C', 'A:ASP:64:CA', 'A:LEU:80:CB', 'A:PRO:95:C', 'A:LYS:16:C', 'A:SER:102:O', 'A:PRO:44:CA', 'A:LEU:66:CD1', 'C:ASN:68', 'A:ARG:92:CD', 'A:LEU:83:O', 'A:ALA:79:CA', 'A:LYS:99:N', 'A:ARG:92:NE', 'A:ASP:126:C', 'A:HIS:20:CA', 'A:LYS:61:NZ', 'A:THR:67:O', 'A:GLU:116:C', 'A:HIS:58:CG', 'A:ALA:13:O', 'A:TRP:14:O', 'A:ASP:6:OD2', 'A:VAL:1:CG1', 'B:LEU:88', 'A:LEU:125:CD1', 'A:SER:35:CB', 'C:GLY:18', 'A:LYS:61:CB', 'A:ALA:88:CA', 'A:ARG:31:N', 'A:LEU:100:N', 'A:PHE:36:CB', 'A:LEU:101:N', 'C:PHE:33', 'A:ASP:85:CG', 'A:THR:38:CB', 'A:PHE:98:CD2', 'A:PHE:36:CG', 'A:ALA:123:O', 'A:ASP:47:CB', 'B:THR:123', 'A:HIS:58:ND1', 'A:LYS:40:CE', 'C:ALA:19', 'A:PHE:117:CZ', 'A:GLN:54:CD', 'A:SER:81:N', 'A:SER:84:C', 'A:PHE:117:CE2', 'A:THR:108:C', 'A:LEU:129:O', 'A:HIS:58:NE2', 'A:TRP:14:N', 'C:TYR:42', 'A:ALA:12:N', 'A:PHE:98:CD1', 'A:VAL:73:C', 'A:ALA:79:C', 'A:ASP:94:CG', 'A:LEU:109:CA', 'A:GLU:23:C', 'A:PRO:77:O', 'A:PHE:98:CZ', 'A:ASP:74:CB', 'A:PHE:46:C', 'A:PHE:128:CE2', 'A:LYS:16:CA', 'A:PHE:98:CB', 'A:ASP:85:CB', 'B:ALA:140', 'B:VAL:111', 'A:ARG:92:C', 'C:THR:67', 'B:LEU:91', 'A:ALA:71:N', 'A:HIS:89:CB', 'A:HIS:50:C', 'A:LEU:136:N', 'A:ASN:78:CB', 'A:GLU:30:O', 'A:ARG:141:CZ', 'A:PRO:95:N', 'A:LEU:105:CA', 'A:HIS:50:ND1', 'A:SER:138:O', 'A:LYS:90:C', 'A:ALA:111:O', 'A:SER:35:C', 'A:LEU:136:O', 'A:HIS:103:ND1', 'A:THR:108:CA', 'A:LEU:2:O', 'A:LYS:11:CD', 'A:LEU:29:CD2', 'A:VAL:107:CB', 'B:GLU:90', 'B:GLU:121', 'A:LEU:109:CG', 'A:PRO:114:N', 'A:HIS:20:CE1', 'C:PHE:46', 'A:SER:124:OG', 'A:ALA:13:CB', 'A:THR:8:CA', 'A:LEU:48:C', 'A:GLY:15:CA', 'A:VAL:10:N', 'A:ALA:110:C', 'A:THR:137:C', 'A:LEU:91:CD1', 'A:PHE:36:CD2', 'C:GLU:27', 'A:SER:35:N', 'A:LEU:83:CD1', 'A:VAL:1:N', 'A:LEU:86:N', 'A:THR:38:C', 'A:ALA:5:C', 'A:GLY:18:O', 'A:GLN:54:OE1', 'A:PHE:98:CE2', 'A:ALA:111:CB', 'A:LEU:136:CA', 'A:PHE:46:O', 'A:SER:133:CA', 'A:GLU:23:O', 'A:PRO:77:C', 'A:THR:8:C', 'A:TRP:14:CG', 'A:MET:32:CE', 'A:LEU:80:N', 'A:ARG:92:CB', 'A:SER:84:N', 'A:TRP:14:C', 'A:LYS:61:O', 'A:LEU:83:CB', 'A:PRO:4:O', 'A:VAL:96:CA', 'A:VAL:135:CG2', 'A:LYS:60:CG', 'A:LEU:91:C', 'C:GLY:22', 'A:ALA:28:C', 'A:ALA:13:N', 'A:ARG:31:NH2', 'A:LEU:86:O', 'A:LEU:106:CB', 'A:HIS:122:NE2', 'A:SER:131:O', 'A:LYS:56:NZ', 'A:VAL:10:O', 'A:TYR:42:CD2', 'A:LYS:7:CE', 'A:PHE:36:CE2', 'A:PRO:37:CG', 'A:HIS:50:CB', 'A:LYS:60:NZ', 'A:ALA:69:CA', 'A:TYR:42:CG', 'A:HIS:89:CE1', 'A:ALA:21:CB', 'A:HIS:89:CG', 'A:VAL:17:CG1', 'A:LEU:48:N', 'A:PHE:117:O', 'A:LYS:60:C', 'B:VAL:126', 'A:SER:124:N', 'A:LEU:66:N', 'A:LEU:86:C', 'A:HIS:112:CD2', 'A:ALA:63:C', 'A:TRP:14:CH2', 'A:SER:35:O', 'A:ALA:19:N', 'A:ASN:9:ND2', 'A:PHE:33:N', 'A:LEU:80:O', 'A:THR:38:CG2', 'A:MET:32:N', 'A:LYS:60:CD', 'A:SER:49:CA', 'C:GLY:51', 'A:LYS:127:O', 'A:LEU:80:CG', 'C:VAL:17', 'A:PHE:98:O', 'A:LYS:16:CE', 'A:LYS:61:CE', 'A:HIS:103:CG', 'B:LYS:95', 'A:PHE:43:CE2', 'A:LEU:105:CD1', 'A:LYS:7:N', 'A:HIS:45:CE1', 'A:ASP:75:OD2', 'A:ALA:82:O', 'A:PHE:98:CG', 'A:VAL:121:CB', 'A:PHE:128:CZ', 'A:ALA:71:O', 'A:LEU:129:CD1', 'A:ARG:141:C', 'A:LEU:86:CG', 'A:HIS:72:O', 'A:ASP:47:CA', 'A:ASP:64:OD1', 'A:HIS:103:C', 'A:LEU:113:O', 'A:ARG:31:O', 'A:ALA:53:N', 'A:LYS:139:C', 'A:SER:3:CA', 'A:PRO:77:CB', 'A:GLU:27:CD', 'A:ALA:19:C', 'A:ASP:6:CG', 'A:PHE:117:CG', 'A:PHE:98:C', 'C:VAL:70', 'A:LYS:16:CD', 'A:LEU:80:C', 'C:LEU:29', 'A:PHE:33:CA', 'A:ARG:141:CD', 'A:GLU:23:OE1', 'C:VAL:55', 'A:ARG:92:O', 'A:PHE:36:CD1', 'A:ASN:68:CA', 'A:ALA:28:CA', 'A:HIS:103:O', 'A:LEU:136:CG', 'A:PRO:37:N', 'A:TYR:42:CE1', 'A:SER:49:C', 'A:LEU:48:CD2', 'A:LEU:2:N', 'A:ALA:63:CA', 'C:ALA:71', 'A:SER:124:CB', 'A:HIS:50:CE1', 'A:TYR:42:CE2', 'A:ALA:19:CA', 'A:MET:76:C', 'A:ASP:94:N', 'A:TYR:42:N', 'A:ALA:5:O', 'A:LEU:101:CG', 'A:ALA:71:CB', 'C:ALA:53', 'C:THR:39', 'A:TYR:42:CZ', 'A:GLY:22:N', 'B:CYS:93', 'A:GLY:22:C', 'A:ALA:26:C', 'A:VAL:121:CG2', 'A:THR:134:CB', 'A:ASP:94:CA', 'A:GLY:18:C', 'A:PRO:4:CD', 'A:LYS:139:CB', 'A:PRO:44:N', 'A:THR:118:CA', 'A:ALA:69:C', 'A:LEU:101:CA', 'A:MET:76:CB', 'A:SER:138:N', 'A:ALA:12:C', 'A:ARG:141:CB', 'A:VAL:96:O', 'A:TYR:24:C', 'A:LEU:34:C', 'A:LYS:11:CA', 'A:PHE:43:CA', 'A:PHE:46:CB', 'A:GLY:25:N', 'A:TYR:140:N', 'A:ALA:110:O', 'A:LYS:60:CA', 'A:ASN:78:C', 'A:TRP:14:CD1', 'A:VAL:17:O', 'A:PRO:119:CB', 'A:GLY:51:N', 'A:LEU:34:N', 'B:HIS:97', 'A:THR:67:CG2', 'A:THR:41:OG1', 'A:SER:131:N', 'A:VAL:10:CB', 'A:VAL:121:CA', 'C:LEU:48', 'A:ALA:110:N', 'A:PHE:46:CD2', 'A:VAL:132:N', 'A:ASN:68:OD1', 'A:LEU:83:CA', 'A:GLY:18:CA', 'A:GLU:30:CB', 'A:VAL:55:N', 'A:LYS:99:CG', 'A:ARG:141:NH1', 'A:VAL:55:CG2', 'A:ALA:21:N', 'A:ASP:74:N', 'A:VAL:93:CB', 'A:CYS:104:CA', 'A:HIS:72:ND1', 'A:ALA:63:N', 'A:ASP:75:O', 'A:HIS:87:CD2', 'A:THR:118:O', 'A:ASN:9:CA', 'A:LEU:101:CD1', 'A:LYS:90:CA', 'A:PHE:128:CB', 'A:ASP:47:OD1', 'A:ASP:47:OD2', 'A:ALA:88:O', 'A:ASP:47:O', 'A:ALA:12:CA', 'A:ASP:64:CG', 'A:TRP:14:CA', 'A:PRO:114:C', 'A:LYS:61:C', 'A:ASN:78:CG', 'A:VAL:55:CA', 'A:ALA:88:C', 'A:TYR:140:CA', 'C:HIS:50', 'A:PHE:117:N', 'B:THR:87', 'A:VAL:1:O', 'C:GLY:57', 'A:ASP:85:O', 'A:ALA:123:CB', 'A:ARG:31:CA', 'A:LEU:106:O', 'A:ALA:19:O', 'A:HIS:72:CD2', 'A:HIS:112:ND1', 'A:GLU:23:CG', 'A:LEU:48:CD1', 'A:ASP:126:OD1', 'A:ARG:31:CB', 'A:LEU:2:CG', 'A:LEU:105:N', 'A:LYS:139:CA', 'B:GLY:136', 'B:GLU:101', 'A:GLY:57:N', 'A:LEU:113:CD1', 'A:VAL:62:O', 'A:TRP:14:CB', 'A:TYR:42:CA', 'A:THR:38:O', 'A:PHE:33:O', 'A:PRO:95:CB', 'A:GLY:51:O', 'A:LEU:91:CA', 'A:TYR:140:CG', 'A:ASN:68:CG', 'A:PHE:128:C', 'A:ALA:69:N', 'A:PHE:43:N', 'A:LEU:48:O', 'A:THR:39:C', 'A:ASP:6:C', 'A:HIS:58:O', 'A:PHE:33:CD1', 'A:LEU:34:CA', 'C:SER:3', 'A:THR:41:CA', 'A:PHE:46:CZ', 'A:SER:133:O', 'A:THR:8:O', 'A:PRO:77:N', 'A:ALA:63:O', 'A:LEU:105:CG', 'A:LEU:136:C', 'A:LYS:16:O', 'A:LEU:80:CD1', 'A:VAL:121:CG1', 'B:ARG:104', 'A:VAL:96:CG2', 'A:HIS:20:CD2', 'A:VAL:62:C', 'A:LEU:101:CD2', 'A:TRP:14:CD2', 'A:TYR:42:CD1', 'A:ALA:130:CB', 'A:VAL:17:CB', 'A:LYS:40:O', 'A:ALA:53:CB', 'A:ALA:69:CB', 'A:THR:134:CA', 'A:GLY:57:O', 'A:SER:52:N', 'A:LYS:56:CE', 'C:VAL:62', 'A:ASP:64:OD2', 'A:ASN:9:C', 'A:HIS:87:CA', 'A:HIS:87:N', 'A:VAL:93:CG2', 'A:VAL:93:N', 'C:HIS:58', 'A:ARG:31:CD', 'A:TYR:140:O', 'A:HIS:122:ND1', 'A:LEU:66:O', 'A:PRO:77:CG', 'A:THR:134:C', 'A:PHE:43:CD2', 'A:ASP:47:C', 'A:VAL:73:CG2', 'A:ASP:75:N', 'A:HIS:112:N', 'A:HIS:87:CG', 'A:TYR:42:C', 'A:GLY:59:N', 'A:TYR:24:CD1', 'A:GLY:59:O', 'A:GLU:23:OE2', 'A:MET:32:C', 'A:HIS:89:CA', 'A:LEU:125:C', 'B:LYS:144', 'A:SER:133:OG', 'B:THR:84', 'A:GLY:59:CA', 'A:GLU:30:OE2', 'B:LYS:120', 'A:HIS:45:N', 'A:LEU:48:CA', 'A:VAL:93:C', 'A:SER:81:O', 'A:LEU:101:CB', 'A:ASP:6:CB', 'A:TYR:24:OH', 'A:THR:67:OG1', 'A:ALA:26:CA', 'A:GLU:23:CD', 'A:TRP:14:CZ2', 'A:PHE:43:CD1', 'C:THR:8', 'A:THR:39:O', 'A:LEU:106:N', 'A:LEU:66:CG', 'A:VAL:1:C', 'A:ASP:6:O', 'A:GLY:25:CA', 'A:HIS:50:N', 'A:LEU:80:CA', 'A:ALA:65:N', 'A:ALA:120:O', 'C:ARG:31', 'A:GLU:27:CG', 'A:ASP:74:O', 'A:ASN:68:O', 'A:PHE:128:O', 'A:VAL:1:CB', 'A:SER:131:OG', 'A:HIS:87:CB', 'A:HIS:20:NE2', 'A:PRO:44:CB', 'A:ASN:68:N', 'A:GLY:15:N', 'A:GLU:116:OE1', 'C:THR:41', 'A:THR:41:O', 'A:GLY:51:C', 'A:GLU:30:CG', 'C:ALA:12', 'A:PHE:117:CD1', 'A:ASP:74:OD1', 'B:HIS:116', 'A:LYS:139:CG', 'A:PRO:77:CA', 'B:LEU:110', 'A:PHE:128:CA', 'A:LEU:91:CB', 'A:PRO:44:CG', 'A:ALA:82:CB', 'A:LYS:61:CG', 'A:SER:131:CA', 'B:LEU:141', 'A:HIS:58:N', 'A:LEU:109:CB', 'A:ASN:97:OD1', 'B:LEU:106', 'A:GLY:25:O', 'A:VAL:121:N', 'A:ASP:94:CB', 'C:ALA:69', 'A:HIS:103:CD2', 'A:HIS:20:O', 'A:THR:108:CB', 'A:THR:108:OG1', 'A:LYS:40:CB', 'A:VAL:55:C', 'A:LEU:100:CD2', 'A:THR:8:N', 'A:PHE:98:CE1', 'A:VAL:107:CA', 'A:LEU:109:C', 'A:LEU:109:O', 'A:LEU:34:CD2', 'A:VAL:107:C', 'A:THR:8:OG1', 'A:GLY:57:CA', 'A:ALA:19:CB', 'A:ALA:26:O', 'A:ASP:64:CB', 'A:VAL:93:CG1', 'A:LYS:99:CD', 'A:VAL:17:CG2', 'A:ALA:120:C', 'A:HIS:122:C', 'C:THR:38', 'A:LYS:90:CB', 'A:HIS:20:C', 'A:ASP:126:O', 'B:ALA:129', 'B:ALA:142', 'A:HIS:20:N', 'A:LEU:66:CA', 'A:LYS:40:NZ', 'A:TYR:42:CB', 'A:LYS:60:CE', 'A:GLU:27:CA', 'A:LEU:29:CD1', 'A:LYS:139:CD', 'A:VAL:96:CG1', 'A:LEU:105:CB', 'A:HIS:122:CE1', 'C:ALA:5', 'A:TYR:42:O', 'A:SER:35:OG', 'A:ALA:111:C', 'A:VAL:62:N', 'A:HIS:20:CB', 'C:PRO:44', 'A:PRO:44:O', 'A:LEU:106:CG', 'A:LYS:11:CG', 'A:ALA:21:C', 'A:SER:3:O', 'A:LYS:40:CD', 'A:HIS:45:C', 'A:LYS:56:CD', 'A:GLN:54:NE2', 'A:ASP:64:C', 'A:VAL:70:N', 'A:SER:81:CA', 'A:LYS:40:CG', 'A:ASP:85:N', 'A:ASP:94:C', 'A:LEU:86:CD2', 'A:ASP:47:CG', 'A:PHE:117:CA', 'A:VAL:1:CA', 'A:SER:124:O', 'B:GLY:83', 'A:LYS:127:CE', 'A:VAL:132:C', 'A:HIS:103:N', 'B:TYR:130', 'A:ALA:115:O', 'A:GLU:23:CB', 'B:VAL:134', 'A:SER:49:CB', 'A:VAL:73:CG1', 'A:VAL:121:O', 'A:VAL:96:N', 'A:LEU:34:CD1', 'A:MET:76:CA', 'A:THR:118:N', 'A:VAL:70:CG1', 'A:CYS:104:CB', 'C:ALA:26', 'A:HIS:45:ND1', 'A:PRO:95:CG', 'C:GLY:59', 'A:HIS:89:NE2', 'A:HIS:103:CA', 'A:LYS:56:CB', 'A:LEU:29:O', 'A:HIS:72:NE2', 'A:LEU:129:C', 'A:ARG:31:C', 'A:ALA:65:C', 'A:HIS:89:N', 'B:ASP:99', 'A:LYS:7:CA', 'B:PHE:118', 'A:ASP:64:N', 'A:LEU:86:CD1', 'C:LYS:16', 'A:THR:134:O', 'A:TRP:14:CE2', 'A:ASP:74:CG', 'A:SER:35:CA', 'A:GLY:18:N', 'A:SER:124:C', 'A:ALA:115:N', 'A:LYS:56:O', 'A:VAL:96:CB', 'A:TYR:140:CD1', 'A:PHE:33:CB', 'A:PHE:46:CE1', 'A:ASP:126:CG', 'A:SER:52:CB', 'A:HIS:103:NE2', 'A:ALA:13:CA', 'A:ASP:126:CB', 'A:ASP:126:OD2', 'A:HIS:45:NE2', 'B:LYS:82', 'A:PHE:46:CA', 'A:GLN:54:C', 'C:LEU:2', 'C:LEU:66', 'A:LYS:11:NZ', 'A:ALA:71:CA', 'A:PHE:117:CD2', 'A:LEU:129:CA', 'A:PRO:4:N', 'A:TYR:24:CA', 'B:GLN:127', 'A:VAL:93:O', 'A:LEU:129:CD2', 'C:ALA:65', 'A:PRO:44:C', 'A:VAL:107:CG1', 'A:ALA:53:CA', 'A:THR:39:OG1', 'C:VAL:10', 'A:THR:67:CA', 'A:LEU:105:CD2', 'A:LEU:29:CB', 'A:LEU:129:CG', 'A:VAL:135:CA', 'A:LEU:136:CD2', 'A:LEU:34:CG', 'A:LYS:7:CG', 'A:PHE:46:CE2', 'A:TYR:24:CE1', 'A:ALA:111:N', 'A:HIS:20:ND1', 'A:ARG:92:N', 'A:ARG:141:OXT', 'A:LEU:48:CG', 'A:THR:137:N', 'A:HIS:50:NE2', 'A:LEU:29:CG', 'A:ASP:6:OD1', 'A:HIS:87:CE1', 'A:HIS:89:C', 'A:LYS:90:O', 'A:LYS:99:CA', 'A:SER:138:CA', 'A:PHE:33:CZ', 'A:GLY:22:CA', 'A:VAL:62:CB', 'A:LEU:91:O', 'A:HIS:122:CG', 'B:ALA:135', 'A:HIS:45:O', 'A:LEU:29:C', 'A:THR:108:CG2', 'C:GLY:25', 'A:VAL:132:CG1', 'A:LYS:40:N', 'A:GLU:23:N', 'A:ALA:115:CA', 'A:MET:76:CE', 'A:ASP:6:CA', 'A:ASP:94:O', 'A:HIS:122:CD2', 'A:PRO:114:CG', 'B:CYS:112', 'A:VAL:55:O', 'B:PHE:103', 'A:ASN:78:OD1', 'A:SER:49:N', 'C:LYS:56', 'C:ASN:9', 'A:THR:38:CA', 'A:ASP:74:OD2', 'A:LYS:7:CD', 'A:ALA:12:O', 'A:HIS:122:CA', 'B:SER:89', 'B:PRO:100', 'C:ALA:13', 'A:PRO:37:O', 'A:ALA:53:C', 'A:ASN:78:N', 'B:GLY:119', 'A:ALA:115:CB', 'A:ALA:5:N', 'A:TYR:140:CE2', 'A:ALA:13:C', 'A:HIS:58:CE1', 'A:LEU:125:CA', 'A:ALA:28:N', 'A:GLN:54:CG', 'A:HIS:112:CG', 'A:LYS:139:O', 'A:VAL:62:CA', 'A:GLU:27:N', 'A:HIS:50:CD2', 'A:LYS:56:CA', 'A:PHE:33:CE2', 'A:PRO:37:CB', 'A:ALA:79:CB', 'B:VAL:109', 'A:ALA:63:CB', 'C:TYR:24', 'A:SER:49:OG', 'A:ASN:68:ND2', 'A:ASN:97:CB', 'A:LYS:99:CB', 'A:PHE:36:CA', 'A:LYS:40:CA', 'A:MET:76:N', 'A:ALA:130:N', 'A:THR:137:CG2', 'C:GLU:23', 'C:LYS:60', 'A:HIS:112:CB', 'A:GLY:59:C', 'A:SER:102:C', 'A:TYR:140:OH', 'A:ARG:141:NE', 'A:PHE:36:C', 'A:ARG:141:NH2', 'A:ALA:21:O', 'A:GLY:57:C', 'A:ARG:92:NH1', 'A:VAL:73:CA', 'A:PRO:37:C', 'A:GLN:54:CB', 'A:THR:39:CG2', 'C:LYS:11', 'A:PRO:4:C', 'A:GLU:116:OE2', 'A:ASP:75:CG', 'A:LEU:83:CG', 'A:PHE:117:CB', 'A:MET:32:SD', 'A:VAL:55:CB', 'A:TYR:24:CB', 'B:TYR:145', 'A:SER:49:O', 'A:MET:32:CB', 'A:CYS:104:N', 'A:HIS:103:CE1', 'A:LYS:60:CB', 'A:ALA:79:O', 'A:HIS:89:O', 'A:LYS:90:N', 'B:VAL:98', 'A:ASP:126:N', 'A:ARG:92:CA', 'B:ASN:139', 'A:HIS:45:CG', 'A:ASP:47:N', 'A:ALA:82:N', 'A:LYS:90:CD', 'A:LYS:90:CE', 'A:PHE:33:CE1', 'A:SER:84:CB', 'A:THR:108:O', 'A:ALA:82:C', 'A:SER:81:C', 'C:LEU:34', 'A:GLU:23:CA', 'A:GLU:30:CA', 'A:ARG:141:CA', 'A:PHE:46:CD1', 'A:LYS:16:NZ', 'A:PHE:117:CE1', 'A:PHE:43:O', 'C:GLU:30', 'A:SER:52:CA', 'A:ALA:88:CB', 'A:GLU:27:CB', 'A:SER:81:OG', 'A:LEU:100:CA', 'A:SER:133:CB', 'A:HIS:50:CG', 'A:PRO:4:CB', 'A:ASN:9:N', 'A:THR:39:CB', 'A:LYS:11:CB', 'A:ASP:74:C', 'A:ASP:94:OD2', 'A:TYR:140:CE1', 'A:LYS:139:N', 'A:HIS:72:CB', 'A:ASP:94:OD1', 'C:ASP:47', 'A:GLU:27:O', 'A:ALA:28:CB', 'A:ASP:75:CB', 'A:PRO:114:O', 'A:THR:137:CB', 'A:VAL:62:CG2', 'C:ALA:21', 'A:LEU:91:CG', 'A:TYR:140:CZ', 'A:LEU:106:CD1', 'A:ALA:53:O', 'A:LYS:7:CB', 'A:GLU:30:OE1', 'A:SER:3:OG', 'A:PHE:36:CZ', 'A:GLU:30:C', 'A:GLN:54:O', 'A:PHE:128:CD2', 'A:SER:102:CB', 'A:LEU:129:N', 'A:LYS:16:CG', 'A:PHE:43:C', 'A:HIS:87:C', 'A:PHE:128:CD1', 'A:LYS:139:NZ', 'A:ALA:21:CA', 'A:TYR:140:CB', 'A:LYS:127:CD', 'B:LEU:96', 'A:TYR:140:CD2', 'A:LEU:105:O', 'A:ARG:141:O', 'A:PHE:43:CG', 'A:VAL:17:C', 'A:SER:84:O', 'A:THR:118:CG2', 'A:HIS:72:C', 'A:VAL:70:C', 'A:VAL:70:CB', 'A:LEU:66:CD2', 'A:THR:118:C', 'A:VAL:10:CG2', 'A:ALA:65:CB', 'A:MET:76:O', 'A:GLU:116:N', 'A:ALA:123:CA', 'A:VAL:70:O', 'A:HIS:122:CB', 'A:LEU:106:CA', 'A:LYS:99:O', 'A:GLY:22:O', 'A:ASN:97:ND2', 'A:SER:102:N', 'B:ALA:138', 'A:HIS:58:CD2', 'A:VAL:135:CB', 'A:ASP:75:CA', 'A:LEU:34:CB', 'A:ASN:97:N', 'A:ALA:130:CA', 'A:VAL:135:CG1', 'A:PHE:128:N', 'A:SER:131:CB', 'A:VAL:17:N', 'A:PRO:119:CG', 'A:HIS:58:CA', 'A:LEU:125:CG', 'A:LYS:127:CA', 'A:VAL:121:C', 'A:ALA:123:C', 'A:VAL:17:CA', 'A:LYS:127:N', 'A:GLU:30:CD', 'C:LYS:61', 'C:PRO:4', 'B:PHE:122', 'A:TYR:42:OH', 'A:LYS:127:CG', 'A:LYS:127:NZ', 'A:TYR:140:C', 'C:PHE:43', 'A:HIS:50:O', 'A:ASN:9:CG', 'A:PRO:4:CA', 'A:ARG:92:CG', 'A:TYR:24:O', 'B:PRO:124', 'A:MET:32:CA', 'A:GLU:27:OE2', 'A:GLU:116:CA', 'A:LEU:29:CA', 'A:LEU:113:CA', 'A:LEU:106:CD2', 'B:HIS:146', 'A:LYS:11:O', 'C:GLY:15', 'A:GLY:25:C', 'A:LYS:99:C', 'A:HIS:58:C', 'A:HIS:45:CA', 'A:VAL:135:C', 'A:LEU:113:N', 'A:LYS:139:CE', 'C:PRO:37', 'A:VAL:70:CG2', 'A:VAL:62:CG1', 'A:HIS:87:NE2', 'A:LEU:100:CB', 'A:THR:134:N', 'A:TYR:24:CG', 'A:THR:8:CB', 'A:ASP:75:OD1', 'A:CYS:104:O', 'A:VAL:1:CG2', 'A:HIS:58:CB', 'A:ASP:64:O', 'A:ALA:79:N', 'A:THR:67:N', 'A:PHE:33:CD2', 'A:SER:3:N', 'A:ALA:130:O', 'A:HIS:89:CD2', 'A:VAL:135:N', 'A:SER:3:C', 'A:LEU:2:CD1', 'A:VAL:135:O', 'A:LYS:11:CE', 'A:GLU:116:O', 'A:THR:108:N', 'A:ASN:9:OD1', 'A:HIS:112:CE1', 'A:ALA:82:CA', 'C:LYS:40', 'A:MET:32:CG', 'A:ASP:74:CA', 'A:PHE:36:N', 'A:PHE:117:C', 'C:ALA:63', 'A:PHE:46:CG', 'A:PRO:119:O', 'A:LYS:90:NZ', 'A:SER:124:CA', 'A:HIS:112:C', 'A:PRO:114:CB', 'A:LEU:101:O', 'A:TYR:24:CE2', 'A:TYR:24:CZ', 'A:LYS:11:N', 'A:PHE:36:CE1', 'A:ALA:28:O', 'A:LYS:61:CD', 'A:HIS:72:CG', 'A:THR:41:C', 'A:LEU:125:CD2', 'A:THR:38:N', 'A:SER:131:C', 'A:LEU:48:CB', 'A:PHE:46:N', 'A:ASP:126:CA', 'A:HIS:87:O', 'A:VAL:132:CA', 'A:TYR:24:CD2', 'A:MET:76:SD', 'B:ASP:94', 'A:PHE:43:CE1', 'A:HIS:50:CA', 'A:VAL:107:O', 'A:HIS:72:CE1', 'A:ALA:65:O', 'B:VAL:137', 'A:HIS:112:O', 'A:VAL:132:CG2', 'B:PRO:125', 'A:LEU:101:C', 'C:PHE:36', 'A:LYS:7:NZ', 'A:ARG:141:N', 'A:VAL:55:CG1', 'A:LEU:125:O', 'A:PHE:33:CG', 'A:ASP:6:N', 'A:GLU:116:CB', 'A:LEU:125:N', 'A:SER:52:O', 'A:LYS:56:CG', 'A:THR:134:OG1', 'A:GLY:15:C', 'A:LEU:100:CD1', 'A:SER:102:CA', 'B:ASN:108', 'A:LEU:113:C', 'A:THR:41:CB', 'A:GLN:54:N', 'A:ALA:65:CA', 'A:VAL:132:CB', 'A:LEU:136:CB', 'A:LEU:136:CD1', 'A:ARG:31:CZ', 'B:ALA:128', 'A:TYR:24:N', 'A:ASN:78:ND2', 'B:LEU:114', 'A:LYS:60:N', 'A:LEU:86:CA', 'B:GLN:131', 'A:PRO:119:N', 'A:ALA:110:CB', 'A:LEU:83:C', 'A:LYS:127:CB', 'C:ASP:64'].